2007年8月27日，暗网「暗职介绍所」被关闭。与此同时，名古屋地方检察院正式开始对此案进行公诉准备。2007年9月14日，三人分别被名古屋地方检察院提起公诉:
川岸健治:强盗杀人罪，非法监禁罪，尸体遗.弃罪，强奸未遂
神田司:强盗杀人罪，非法监禁罪，尸体遗弃罪
堀庆末:强盗杀人罪，非法监禁罪，尸体遗弃
三人都对指控供认不讳，但拒绝对被害者矶谷利惠的家人道歉。
矶谷富美子发起了「要求三人死刑」的请愿活动。在一年时间里，这一活动征集到了33万2806人的署名表示支持。
2008年9月25日，本案第一次开庭审判。在庭审中，川岸、神田和堀三名被告，都彼此推诿，将罪行的策划、施行都推卸到其他人身上。当日法庭宣布休庭再审。
2008年11月5日，在第五次开庭审判中，川岸如实供述了他们三人要挟矶谷利惠说出银行卡密码的事实。在神田用菜刀和胶带折磨利惠之后，利惠说出的密码「2960」，当即被川岸记在了手机.上并拨通了通话键。这一细节在川岸的手机通话记录上有如实的反应。
之后8月25日早晨，三人在回家途中曾经停在路过的ATM机，并留下了使用利惠的储蓄卡的记录。然而，三人随后发现2960的密码是错误的。这一切都被ATM机的摄像头拍摄了下
在之后的庭审过程中，三个原本是齐心协力作案的嫌犯，却开始了互相攻击。当公诉人问到川岸:「在整个作案过程中，你是什么角
色?」的时候，川岸回答道:
「我就好像是在看惊悚片一-样，从头到尾都在旁观。」
然而在被告席上的神田和堀却大声喊叫到:「都是你一一个人策划的!你装什么好人?!」
而川岸也当庭反驳:「我从未杀过人，反倒是你，第一天见面的时候就承认自己杀过两个人，埋在了群马县的山里，现在警方也没破案!」
获得了新的犯罪线索的警方，马上开始了对神田司的进一步调查。然而，在之后的审问中，神田承认自己当时只是在吹嘘而已。
而关于具体杀害矶谷利惠的经过，三人的描述也有颇多出入。
川岸的证词是这样说的:「当时我在车外，看到神田和堀两个人走进车里，要勒死利惠，于是我只好回到车里给他们帮忙，但我只是按住她的腿而已。」
但神田的证词是:「当时我在车外抽烟，看到川岸进到车里准备强奸她，我阻止了他。之后堀和川岸就把她勒死了。」
堀的证词里，也把自己的罪责说得较轻:「我看到川岸第一个走进车，准备强奸利惠，但是利惠的反抗很激烈，而且开始叫喊。于是我和川岸便一起勒死了她。」
但是，警方之后在胶带、锤子上发现的神田的指纹，以及川岸、堀手.上留下的搏斗痕迹，还是最终还原了当晚他们三人残忍杀害利惠的真实过程。
2008年12月11日，第14次开庭。在辩护人问到「是否想要对被害者的亲属说些什么」的时候，川岸的反应非常冷淡，他说:
「我觉得她也是运气不好，我们也是运气不好。如果硬要我道歉的话，我也可以道歉，但是如果对方不接受的话，道歉也没什么意义。如果她妈妈想要法庭判我死刑的话，我也没什么意见。」
这样的态度，可以说是毫无反省吧。
而在之后的开庭审判中，检方出示了两封神田在被逮捕后发出的信件，收件人分别是川岸，以及利惠当时的男朋友。
给川岸的信中是这样写的:「如果你出去了，可记得别碰.上我的朋友们啊。」信中表明了他对川岸自首行为的威胁。这封信于8月26日寄出，然而并未送到川岸的手中，而是被看守所截获后交给了检方。
给利惠的男友的信中，神田是这样写的:「你女朋友真会演戏，在车里还跟我们说晕车，其实不过是想逃跑罢了。看她吓得满身大汗，真是笑死我了，装样子我可比她装得好得多。我拿着菜刀架在她脖子，上的时候，她吓得浑身乱抖，可能得有十级地震的感觉吧，哈哈。」在残忍地杀害了被害者之后，还发出这样一封伤害她的亲人的信件，实在是令人发指。
2009年1月20日，检方提交了最后的公诉结「案犯无视被害人的苦苦哀求，选择了如同活埋和殴打的虐杀方式，让被害者遭受了地同活埋和殴打的虐杀方式，让被害者遭受了地狱般的折磨。从最初的抢劫计划开始，案犯们毫不犹豫地将案件变成了抢劫杀人，却丝毫没有体现出任何的负罪感。这起震撼全社会的凶恶事件，影响极其恶劣。为了达到自己利欲熏心的目的，如此地轻视他人的性命，反映出了案犯们极强的犯罪冲动和反社会行为倾向。作为公诉方，我们不认为他们具有任何的改过自新的可能性。
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