浙江布政使秦仲闻讯，即刻上书建言：“江南丝绸、瓷器，工艺精湛，深为邻部所喜，可纳入边贸准入名录，既丰富边贸品类，亦能振兴江南手工业；同时江南粮产丰沛，可通过边贸渠道调拨西北，既助力西北赈灾，亦能增加江南粮农收入，一举两得。”边贸司会商赈灾统筹司、户部、工部后，采纳其建议，将优质丝绸、瓷器等纳入准入名录，同步建立江南至西北的边贸粮食流通协同机制，打通粮食运输通道，边贸活力愈发旺盛。
官吏苛剥，乃是边贸乱象与赈灾积弊的共同核心症结，亦是商民百姓最深恶痛之所在。边贸领域，官吏巧立“过路费”“查验费”“通关费”等名目，肆意索贿受贿；赈灾环节，官吏上下其手，贪墨赈灾银粮、克扣赈灾物资，致灾民生计无着，怨声载道。虞谦深知此弊之重，亲率都察院专项督查组，协同边贸司、赈灾统筹司，深入西北沿边诸州府、互市场所与灾区，开展全方位督查，严察“苛捐杂税、索贿受贿、强买强卖、贪墨赈灾银粮”等苛剥行径。
督查组采取“明察暗访”并行之法：明察之时，亮明督查身份，仔细核查边贸赋税、赈灾粮款账目与官吏履职档案，不放过任何蛛丝马迹；暗访之际，督查人员易装为商民、灾民，深入市场摊位、商户之家与灾区村落，与商民、灾民促膝交谈，秘密收集官吏苛剥的实证。仅半月之间，督查组便查实甘州、肃州两地五名官吏借职权之便，在边贸中索贿受贿，在赈灾中克扣粮款的劣迹；另查实凉州一知县胆大包天，公然贪墨赈灾银，致灾区义仓储备空虚，灾民无粮可食。
虞谦怒不可遏，当即下令褫夺诸吏官职，枷锁押解京师，交刑部从严审理；同时于沿边诸地与灾区张贴告示，公示案情与处置结果，以震慑潜藏的贪吏。刑部尚书郑衡亲自主持此案，秉持“执法严明、不避权贵”之原则，依法判处涉案官吏流放、抄家等重刑，且公开宣谕：“边贸领域贪腐苛剥、赈灾环节侵吞民脂，皆为动摇边疆安稳、损害民生根本之重罪，本部必从严惩处，绝不姑息！”
为立长效防范之制，边贸司与都察院联行“边贸廉政公示制”，赈灾统筹司与都察院联行“赈灾廉政公示制”：于诸互市场所、赈灾机构与边贸、地方管理机构，张贴廉政准则，公布督查组与二司举发之途；每月公示边贸赋税、赈灾粮款收支与官吏履职之状，听商民百姓监督；将边贸与赈灾廉政之绩，纳入官吏考核，直连升迁奖惩，考核不合格者即刻调离。
严打苛剥与廉政公示制度的推行，彻底扭转了边贸与赈灾领域的贪腐之风。甘州商户张远感慨道：“往昔为贾，既要应付官吏层层苛剥，又要防备强买强卖，获利如履薄冰；如今官吏不敢妄动，买卖安稳顺畅，生意日渐兴隆，这都是新政带来的福祉啊！”凉州灾区百姓李老汉亦含泪感叹：“往昔受灾，赈灾粮款经官吏克扣，到我们手中所剩无几，只能忍饥挨饿；如今有督查组监督，粮款足额到位，义仓粮食充足，再也不用惧怕灾荒之苦了！”
赋税征管混乱，既阻碍国库增收，亦加重商民负担；赈灾粮款调度无序，既难以应对灾荒急需，亦容易滋生贪腐。谢明与王砚主动牵头，借鉴盐课改革“三重核查制”的成功经验，同步制定《边贸赋税征管细则》与《赈灾粮款调度细则》，边贸细则核心原则定为“轻税惠民、征管透明、应收尽收”，既减轻商民负担，又保障国库税源；赈灾细则核心原则定为“专款专用、精准调度、全程监管”，确保每一分粮款都用在灾民身上。
边贸细则明确规定：边贸商品统一征收“边贸流通税”，税率定为百分之三，较往昔混乱不堪的税率大幅降低；对粮食、农具等民生必需之品，减半征税，以减轻商民与邻部负担，同时助力赈灾粮食流通；设立边贸赋税征管专岗，由户部派驻官吏与边贸司人员协同执掌，实行“交易登记—税额核算—税款缴纳—凭证出具”全流程规范操作，确保征税过程公开透明。
赈灾细则则明确：常平仓积谷依托国库调拨，由户部统筹规划，按各地人口数量、灾荒发生频次核定储备额度，每年秋收后足额补充，灾荒发生时，一方面用于平抑粮价，遏制哄抬物价之风，另一方面用于紧急赈济灾民；义仓储粮仰赖民间捐输，由赈灾统筹司督导地方官开展劝募工作，鼓励乡绅富户慷慨捐献，专备乡邑小灾应急，若义仓储备不足，可由常平仓调拨补充；赈灾粮款实行“三重核查”制度，即赈灾统筹司核查灾情与物资需求、户部核查粮款调拨、都察院核查物资发放，确保专款专用，足额到位。
为杜赋税与赈灾征管中之贪腐之行，二细则均引入“三重核查”之制：边贸司核交易之实，户部派驻之吏核税额、征税款，都察院督查组随机抽查；赈灾统筹司核灾情与物资需求，户部核粮款调拨，都察院督查组赴灾区核查物资发放。同时，于诸互市场所公示赋税细则与税率之表，于各地公示赈灾粮款收支、义仓与常平仓储备之状，使商民百姓明晓详情，尽绝“暗箱操作”。
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