如此一来，宰相尤其是首相的权力就被分化和弱化，而皇帝则是开始直接垂直领导三省。如果像明朝那样直接废掉宰相制度，那么皇帝就更是可以直接垂直领导六部，当然，这事要到后来的朱元璋来办。不过，在此次的改革中，掌管军事的枢密院却是浑身连一根毫毛都没动，军政分离仍然雷打不动的国策。
在分化了宰相的权力并让六部重新成为职能部门之后，神宗又将改革的大手伸向了具体的各个职能部门。他下令将各省、部、台、寺、监等行政机构的所有无具体职事的官员一并罢免，因为从此以后这些都是正经办事的衙门，而这些衙门不养混子。同时，他还下令对各个机构的官员进行定编和定职，也就是规定了各部门的官员名额并划分了具体的职能和职责。
在此基础上，神宗再又下令对政府部门当中职能重叠的机构予以裁撤或合并。这其中最重大的几项变革就是将三司进行了裁撤并将其职能划分到户部和工部，从此号称大宋计相的“三司使”这个官职就不复存在。再者就是将负责考核官员政绩的审官院并入吏部，将负责刑狱复核的审刑院并入刑部，从而以此让兵部、吏部、工部、刑部、户部和礼部的职能得到明确并以此达到“董正官制之实”之目的。总而言之，这次改革让三省六部再度回归正规化和实权化，而不再是之前的挂羊头卖狗肉甚至干脆就是不卖肉。
综上所述，元丰改制让皇权得到了进一步加强，相权则被严重削弱，官员队伍和行政机构得到了精简，各部官员的职责得到了明确，行政办事的效率得到了一定程度的提高，而官员队伍的精简也为国家财政节省了一大笔的支出。
当然，凡事都是有利有弊，这种改革虽然强化了皇权，但弱化相权的后果就是在皇帝之下再没有人能够有权独立做出决策。在某些特殊情况下，这不但没有提升行政的办事效率，反而还造成了问题的久拖不决，因为除了皇帝没有人具有最终的拍板权。
元丰改制更深远意义则在于在王安石和宋神宗的接力下，宋朝不但完成了对社会层面的全面改革，而且也完成了对国家行政层面的全面改革。经过这一轮的变法和改革，宋朝踢开了国库空虚和军队战斗力不足的绊脚石，同时冗兵、冗官和冗费这三座此前将宋朝压得喘不过气以至于举步维艰的大山也被一举踏平，整个国家的整体面貌由此全然一新。从这个层面来说，宋神宗和王安石所主导的改革大业无疑是极其成功的。
诚然，如此大的动作就像是给一个沉珂甚久的病人下了一剂猛药，在这个过程中会产生一些阵痛自然是不可避免，这一点我们谁都无可否认。但是，作为国家的最高统治者，你的立足点必须要比绝大多数的人都高，你的眼光必须要比绝大多数的人都远，意即所谓的全局意识，你的每一个行为和决策都必须以此为准点，而这也是为政者和主政者所必备的政治素养和战略眼光。
作为一个合格乃至是优秀的政治家，治国理政绝不是在聚光灯下说学逗唱，面对各个阶层和利益集团的诉求，如果你想让所有人都满意，那么你终将一事无成。这世上没有任何一个政治家可以做到让所有人满意，所谓的全民一致拥护无一例外都是在自欺欺人。鱼和熊掌不可兼得，用在政治领域这话就是真理，且是无可辩驳的真理。换言之，任何一项改革都不可避免地会损害和牺牲一部分人的利益，但危局之下必须要有人为大局和长远利益而做出牺牲。壮士求生尚可自断臂腕，况国事乎？
当然，为君为相者乃至于任何一个手执权柄的人也可以鼠目寸光地只为眼前的利弊得失而挥动手中的权杖，或是他纯粹就只知道为个人和所处阶级的利益服务，但这种“只管生前锦衣玉食不管死后洪水滔天”的人注定会背负千古罪人的骂名。然而，这种人也会被历代称颂，被他们的同类、被各个历史时期的既得利益者所称颂。
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