在城外数十里远的一个河岩边， 刘汝魁带领着数千亲兵，走在每个流民的棚户区里，给所有的流民发放清热解毒的草药，包括金银花、连翘、黄莲、苍术、白芷、冰片。不管有没有症状的人全都可以熬煮这些草药来喝，以提前抵抗疫气的侵入肌体。
而流民中也无论男女大小，全都被刘汝魁组织起来，开始整顿卫生，清除垃圾，焚烧人畜尸体，消灭老鼠、蟑螂、虱子……衣物和生活器具都要用烧开的开水烫过。
高一功将粥厂又增加了数十处，为了不使那么多流民集中，以免密集的人群更易染上鼠瘟，也为了减少饥民中的争夺食物的现象出现。
流民的棚户区分散开来了，施粥也要分散开来。这对于大顺军在放赈和维持秩序方面也带来了更大的挑战，需要不断增加兵力、增加人手。为了能够更好地实现在流民中的管理，高一功不得不采用了明朝的里甲制度
明朝的里甲制度是明太祖朱元璋在洪武十四年（1381年）推行的一套基层户籍管理与赋役组织体系。它不仅是国家征税派役的工具，更是连接皇权与乡村社会的治理基石。
以110户为一里，其中10户为里长户，其余100户分为10甲，每甲10户，甲有甲首。
里长户由壮劳力较多的10户担任，负责一里的管理事务，三月一轮换。
里长负责所在的一里的人员管理，上传下达，分发草药、生石灰、衣物被服等，在施粥的时候也帮助维持秩序，有时还协助大顺军维持地方治安，防范盗贼等。
里甲制度实行后，流民中乱纷纷，互不相识的局面立刻得到解决，各家各户，梳理得井井有条。在整理人口、登记核实时，还意外地抓到了数十名清军的细作。这些奸细随即被押解入城，经审讯后公开处刑。
流民越来越多，棚户区像野草一样，从城西蔓延到城南，又从城南铺到了北面的河滩地上。原先集中施粥的法子不灵了——东头的流民走半个时辰到粥棚，队伍还没排上，西头的棚子又闹起事来。高一功站在城墙上往下望，密密麻麻的窝棚一眼看不到头，心里直发愁。
“不能再这么挤在一处了。”他把手下的几个头目叫到跟前，“分，必须分片。东边归一营管，西边归二营管，各管各的地界，各设各的粥棚。”
分片之后，问题反而更大了。流民来自天南地北，彼此不认识，今天是这一拨人，明天又添了新面孔，谁是谁根本分不清。施粥的时候，有人一天领三回，有人连一口都没捞着。更麻烦的是，夜里时常有陌生面孔在棚户区转悠，问是哪个棚的，支支吾吾说不上来。高一功不得不从本就吃紧的兵力中抽出人手，一个棚区一个棚区地巡逻，累得将士们脚不沾地，还是顾不过来。
这天傍晚，一个年轻的读书人模样的人在粥棚边上站了许久，他白色面皮，没有胡须。戴着头巾，身上穿着一套蓝直裰。脚上是一双布鞋，虽然破了，但是还很干净。
看着大顺军手忙脚乱地维持秩序，刘汝魁等人蒙头乱撞，终于忍不住走上前去，对负责放赈的刘汝魁拱了拱手。
“军爷，在下有句话，不知当讲不当讲。”
刘汝魁正被几个争粥的流民吵得头大，没好气地看了他一眼：“说吧。”
“军爷这般分发，费心费力，却是事倍功半。何不仿效本朝旧制，用里甲之法？”年轻的秀才不紧不慢地说，“一百一十户为一里，十户为里长，百户分十甲。流民虽多，一旦编户齐民，各安其位，谁管谁、谁听谁，一目了然。施粥、发药、分衣物，只消吩咐里长甲首，自上而下，片刻便通达各家各户。就连巡逻守夜之事，也可让各甲轮值，军爷便可省下大半心力。”
刘汝魁一听，如拔云见雾。也不管什么礼贤下士，当即扯着他去见高一功。高一功仔细问了章程，越听越觉得在理。他当即拍板，就在流民中推行里甲制，请那位年轻秀才——姓刘，名中藻，原是山东寿光的禀生，进过学，但是想再参加科举时，崇祯帝已经吊死在煤山上了。后来清虏入关，占领山东，他就逃了出来。一路行乞当流民，企图到南京去，在弘光朝廷下谋个一官半职，以报效朝廷。结果走到河南时，弘光朝廷就灭亡了。
他以前在山东时，也做过总账房，负责编册造簿。
消息一传开，流民中有人叫好，也有人犯嘀咕。编了里甲，是不是就要摊税派役了？刘中藻站出来解释：“诸位乡亲，眼下只是为方便管理，不征一文钱，不派一分工，只求大家有粥同食，有难同当。”众人这才安下心来。
编册的活计从第二天一早开始。高一功调了二十名识字的士卒，又从流民中挑出几个认字的后生，分成五组，挨片登记。每户几口人、男女各多少、从何处来、有无伤病，一一问清，记在册上。
登记到城西南的一片窝棚时，几个形迹可疑的人引起了负责登记的士卒陈大柱的注意。那几人自称从山东来，说话却带着明显的辽东口音。陈大柱多了个心眼，又问他是山东哪个县的，他支支吾吾半天，说是什么“寿光县”。陈大柱笑了——他就是寿光县人，那地方的口音，他听了一辈子，绝不是这个味儿。
这几人被带到一边由刘汝魁亲自盘问。越问越是破绽百出，让人怀疑。刘汝魁挥手让守卫的大顺军士卒将他们拿下，关押起来。先是严刑拷打，后是威逼利诱。
不到半个时辰，他们就招了：自己是清军派来的细作，奉命混入流民中打探大顺军虚实，像他这样混进来的，还有一百多人。
这下炸了锅。高一功下令彻查，里甲编制正好派上了大用场。各里长甲首拿着花名册逐一核对，陌生的、对不上号的、行踪可疑的，一一揪出来。前后三天，共拿获清军细作一百三十七人。经高一功亲自审讯，供认不讳，当即押到城外公开处斩。
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