苏轼的那些涉嫌诽谤朝廷的诗词显然不足以同他的项上人头对等，为此御史台把目光锁定在了苏轼写给好友和司马光、范镇等人的书信上。随着这些物证的相继被查实，苏轼就此陷入泥潭难以自拔。如果说诗词尚有解释和回旋的余地，那么苏轼在书信里的畅所欲言就让他跳进黄河也洗不清身背的指控，更何况他并不冤枉，那些书信正是他“诽谤朝廷指斥乘舆”的铁证。
面对御史的讯问，苏轼最开始还能云淡风轻地从容应对，毕竟他是那些诗词的原创者，所有的解释权都在他这里，再加上他这张嘴也着实厉害，一时间他这个监狱初哥还真的是让御史台的那帮官员无可奈何。但是，当办案人员后来将那些书信摆在苏轼的面前并要求他对里面的大不敬之词进行解释时，苏轼却无言以对。
在宋代的民间文学笔记里有一些关于苏轼下狱之后的故事记载。由于嘴硬且声名在外，办案人员不便对苏轼公开用刑，但御史台的大牢可不是什么只讲道理的地方，监狱里的黑幕从古至今都让人感到毛骨悚然。苏轼就深刻地领教了一回什么叫做暗无天日和无法无天，具体的表现就是苏轼的狱友们时常在深夜里听到此起彼伏的独具蜀川口音的叫喊声——哎哟哇！
根据史料的记载，苏轼面对白纸黑字的证据以及主审官的质问最终还是老老实实地承认了对他的一些指控。这倒不是什么软弱，而是一种敢作敢当的精神担当，毕竟全国人民都知道苏轼是一个铁杆的反对新法的保守派，他对指控的承认与否都改变不了这个事实，而他也无意否认这一点。简而言之，苏轼认罪了，虽然他知道这样做的后果是什么。
关于自己有可能会被重处甚至是人头不保，苏轼在这方面还是早就有了思想准备。他同每日前来给自己送饭的儿子苏迈定下了一个约定，那就是如果他真的被确定会被砍头，那么苏迈就会给他送来一顿有大鱼大肉的断头饭。结果有一天苏迈临时有事不能给他送饭，于是就托一位好友代他送饭，但这人不知道苏轼父子之间的这个约定，他也因为是第一次给名满天下的苏轼送饭就想着要整一顿大餐慰劳一下这位文学大宗师。因此，当苏轼看到面前的大鱼大肉时瞬间色变——他以为自己很快就要完蛋了。
为此，苏轼在心情复杂地饱餐了一顿后便在绝望中给自己的弟弟苏辙写了一首“绝命诗”。诗中有云：圣主如天万物春，小臣愚暗自亡身。百年未满先偿债，十口无归更累人。是处青山可埋骨，他时夜雨独伤神。与君今世为兄弟，又结来生未了因。
从这首诗里可以看得出苏轼明显在为自己之前的行为而悔不当初。当然，事实证明这完全就是虚惊一场。
不过，随着苏轼的认罪，御史台这边也在极力怂恿神宗将苏轼法办——杀头。这股风声一经传出，所有关心苏轼命运的人都纷纷行动起来对他展开营救行动，而这时候神宗皇帝的态度就显得至关重要。此时的神宗已经不是二十出头的愣头青，事实上，自从神宗独掌朝纲的那一天起，他可以说得上宋朝自赵光义之后威权最重的一位皇帝。再加上如今的两府大臣当中没有一个敢于违抗神宗的旨意，所以神宗在独断专行这方面可以说是做到了极致，他真正地做到了朝纲独断。
那么，神宗的态度又是怎样呢？在这件事情上，神宗充分展现了他的政治智慧和驭人之术，他从始至终就没想过要杀掉苏轼，但他又故意纵容御史台的官员对苏轼严加审讯和惩办，其目的就是要给苏轼以及像苏轼这样的人一个摄人心魄的下马威。直白地说，神宗在和所有人玩心理战，而最受煎熬的人无疑就是苏轼本人以及他的家人。
在参与营救苏轼的众人当中有很多都是重量级人物，除了苏轼的一众好友以及诸如司马光、张方平、范镇等政界名流外，此时担任直舍人院的王安礼（王安石的弟弟）也利用其皇帝近臣的身份劝神宗对苏轼从宽处理。此外，未来哲宗朝的铁血宰相——那位在变法一事上虽与苏轼政见不同但却与其做了大半生好友的章惇也为营救苏轼而出力不少。
更重量级的人物是在这年十月就崩世的太皇太后曹氏。她以长者之尊力劝神宗务必不能以言治罪于苏轼，更是不能因此而杀了苏轼，因为宋朝自立国以来还没有谁因为口出妄言而掉了脑袋，她希望神宗不要轻易打开这个潘多拉魔盒。
另一个为苏轼求情的大人物远在江南，他便是这时候已经致仕的王安石。王安石这时虽然已经不再涉足政务且过上了悠游自在的养老生活，但苏轼被下狱以及传言其可能会被杀头的事还是让王安石忧心不已。苏轼确实没少在新法上对王安石说三道四，但这二人对彼此的为人和才学却是相互倾慕，王安石当然不希望神宗因为苏轼的一时牢骚和怨愤之词而杀掉这个不世出的一代大才。为此，王安石动用神宗给他的密奏特权特请求神宗对苏轼从轻发落，他直接在密奏里质问神宗：安有圣世而杀才士乎？
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