英年早逝
元兴元年十二月二十二日（公元106年2月13日），刘肇病死于洛阳章德前殿，时年二十七岁。[] 刘肇驾崩后，他出生仅一百余日的儿子刘隆继位，即汉殇帝。
延平元年（公元106年）三月初五日，刘肇被安葬于慎陵（位于今河南孟津），定谥号为孝和皇帝，庙号为穆宗[] 。初平元年（公元190年），经有司奏请，汉献帝废除了刘肇在内的四帝的庙号[] 。
政治
改革察举
汉武帝时期规定，无论郡国大小，每年举孝廉二人，这个规定从汉武帝一直到东汉和帝维持了两百多年，直到刘肇亲政，才进行了改革和完善。[]
当时，人口50-60万的大郡每年举孝廉二人，而人口20万的小郡也是每年举二人，刘肇发现，各郡人口数量不同，而每年分配的名额相同，就造成了选官上的不公平。于是，永元四年（公元92年）刘肇诛杀窦氏外戚后，召开朝会与公卿大臣商议改革措施，最终采纳太尉丁鸿与司空刘方的建议，按照人口数量分配选举名额：人口满20万每年举孝廉一人，满40万每年举孝廉两人，满60万每年举三人，满80万举四人，满100万举五人，满120万举六人。而不满20万的每两年举一人，不满10万的每三年举一人，] 从而促进了汉代察举选官的公平性。
然而，由于幽州、并州、凉州等偏远地区户口相对较少，且处于边境地带，劳役繁重，读书的士子、品行能力出众的官吏进入仕途的路子比较狭窄，刘肇考虑到，安抚这些边远的地区应以人为本。于是，永元十三年（公元101年）刘肇又对察举改革作出了进一步调整，规定：边郡地区，人口10万以上的郡国，每年举荐孝廉一人；不满10万人的，每两年举孝廉一人，5万人以下的，每三年举荐廉一人，[] 从而纠正了边远小郡长期以来也需岁举2人所造成 “蛮夷错杂为数”的负面影响，小边郡与内郡一样，人口数与选举数挂钩，但享有更大的优惠。 在这种更加务实的选法下，有助于调动边郡选举效率，改变“束修良吏，进仕路狭”的状况，标志着以孝廉为主体的察举制已相当完善。
选官用贤
刘肇当政时期，多次下诏纳贤[] 。刘肇深知吏治对一个政权的重要性，非常重视官吏的选拔任用。当政时期，曾四次专门下诏纳贤，并且亲自策问，选用官员[] 。
宽和为政
刘肇当政时期，在法制上主张宽刑[] ，任用的掌管刑狱的廷尉陈宠，便是一个富于同情心的仁爱之人，每次断案，都依据经典，而“务从宽恕”[] 。
刘肇对有过失之人，也能根据情况，从宽处理。永元九年（公元97年），窦太后去世。由于宫廷紧守秘密，汉和帝为梁贵人所生的事实始终没予公开。窦太后死后，梁家才敢奏明朝廷，为梁贵人讨一个说法。这时，汉和帝也才知道了自己的身世之谜。但在如何安置窦太后的问题上，三公上奏：“请依光武帝黜吕太后故事，贬窦太后尊号，不宜合葬先帝”。刘肇念及窦太后对自己的养育之恩，认为“恩不忍离，义不忍亏”，不应有所降黜，于是不降尊号，追谥章德皇后，对生母梁贵人、养母宋贵人的问题也都妥善安置。梁贵人被追封皇太后。
爱民为本
刘肇体恤民众疾苦，多次诏令理冤狱，恤鳏寡，矜孤弱，薄赋敛，告诫上下官吏认真思考造成天灾人祸的自身原因。而他也常常以此自责，如永元八年（公元96年）京城洛阳地区发生蝗灾，他下诏首先说：“蝗虫之异，殆不虚生，万方有罪，在予一人。”忧民之心，殷殷可见。[] 岭南（今广东地区）出产生龙眼、荔枝，为了满足朝廷需要，往往“十里一置，五里一候，昼夜传送”，经风历险，劳民伤财。唐羌上书，请求停止，刘肇批示：“远国珍羞，本以荐奉宗庙，苟有伤害，岂爱民之本？其敕太官勿复受献！”爱民之意，发自肺腑。[]
宦官政策
在刘肇夺回政权的过程中，参与者除了清河王刘庆与大臣丁鸿之外，宦官郑众也帮助刘肇在《汉书·外戚传》中寻找皇帝诛杀外戚的故事，为刘肇的决策提供了更多参考[] 。虽然郑众提出“亟行其诛”的建议并未被刘肇采纳[] ，但当时大多宦官都依附窦氏外戚，唯独郑众一心忠于汉室，不巴结窦氏一党，得到了汉和帝的信任。
刘肇夺回权力后，派郑众到皇后所居的长秋宫任职，担任大长秋，成为阴皇后的近侍。而在策勋班赏的过程中，郑众总是推辞的多，接受的少，这种谦逊仁爱之心，很得刘肇的赞赏。因此，刘肇常与他商量事情。《后汉书》作者范晔认为东汉“中官用权，自（郑）众始焉”[] ，但也有学者提出异议，指出和帝时期宦官郑众并无多大权力，郑众担任的大长秋仅仅是管理后宫事务，郑众本人直到永元十四年（公元102年）才被封为郸乡侯，食邑也只有一千五百户[] ；且宦官封侯并非刘肇首创，西汉时期吕后就曾给宦官封侯[] 。
经济
经济上，刘肇多次下诏赈济灾民[] 、安置流民[] ，并减免赋税[] ；要求勿违农时，以保证农业生产时间[] 。在他统治时期，东汉垦田面积达732万多顷（公元105年），为东汉一代之最；户籍人口达5325万多人[] 。
抚恤百姓
永元五年（公元93年）二月，刘肇下令将京师洛阳上林苑、广成苑的果园借给贫民，让他们随意采摘，不收税。[] 永元十一年（公元99年）二月，刘肇派人巡视各郡国，下令让受灾不能养活自己的人到山林池泽中捕捞采集食物，不收税。[]
永元十六年（公元104年）春正月，刘肇下诏对有田业却匮乏不能自农的贫民，发放粮食种子。夏四月，派三府掾分行四州，为没有耕牛的贫民，提供一定费用为其雇牛耕种，从而促进了牛耕的普及。[]
惩办豪强
永元五年（公元93年）二月，刘肇考虑到去年秋麦收成不好，担心百姓粮食不够，便要求各郡国上报贫困不能自给的户口人数。同时指出“以前郡国上报的贫民，用衣鞋和炊具当饭钱，而豪强却以此谋利。”于是刘肇下旨查办。如果有郡国长官不能亲自耕种，反而愁扰百姓，若有再犯的，二千石的长官先坐牢。
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