那一天，自来也带着鸣人离开，回到了水门老师他们曾经住过的地方，期间清尘去看望了鸣人几次也帮忙照顾，除了日常的照顾外，目的还有一个，就是查探鸣人体内的查克拉。
几经忙碌后，却没能探查到鸣人体内的阿修罗查克拉，清尘想到过几个原因，一个是鸣人现在还小，查克拉还没提炼出来，所以鸣人和阿修罗的查克拉查探不到应该是正常现象，一个或许是水门老师设下的封印有关，虽然很想验证一下，但自来也在一旁边，让他无法下手，要等一个合适的机会才行。
时间悄然流逝，木叶的生活还算平稳，却一点也不悠闲，除了照顾鸣人外便一直奔波于宇智波一族。
宇智波一族的情报收集能力倒也不赖，即使被监视起来依旧能够网罗忍界不少情报。
然而就在清尘如往常一样洗洗睡了的时候，村子发生了一件大事！
名动忍界的三忍之一大蛇丸叛逃了，被三代火影发现时还在做着惨无人道的人体实验，消息传到正在照顾鸣人的自来也那里，由于消息太过震撼，他一时也没缓过劲来，将鸣人交给暗部后匆忙离去。
那名暗部看着怀中哭泣的鸣人，心中出现几许无奈。
此时，追击大蛇丸的人不仅有猿飞日斩，还有清尘，飞在天空中很快就发现了大蛇丸的行踪。
“好久不见，大蛇丸大人！”清尘突然降落在大蛇丸必经之路，大蛇丸吃惊且意外，他记得团藏之前和他提起，清尘已经被一个自称宇智波斑的家伙猎杀，自己为此还惋惜了很长时间。
看来是在实验室待得太久，有些消息被他错过。
“呵呵，是清尘啊，确实是好久不见，还以为从此再也见不到你，没想到第一个追上来的会是你，还真是惊喜，只可惜现在不是叙旧的时候。”尽管大蛇丸表现得像一个多年不见的老朋友脸色镇静，心里却提起十二分戒备，清尘的实力他见识过，招式很难缠，动静也大。
“放心吧！我不是来抓捕你的！”清尘立刻说明来意。
“哦？”大蛇丸疑惑的盯着清尘，生性多疑的他怀疑清尘别有用心。
清尘点了点头表示自己确实没有说谎，再次说道，“你叛逃的事对村子影响太大，抓捕你由自来也大人亲自出手最为合适，毕竟你们都是三代火影的弟子。”
“原来如此！那可能会让他失望了，不过在他来之前我们倒是可以聊一聊…清尘…你给我的感觉很特别，以你的天赋留在木叶实在太浪费了，不如跟着我离开，我带你探寻生命的奥秘，比待在木叶这种腐朽的村子里好多了。
或许你还不知道自己的处境，没有四代的庇护，即使你再有天赋，但对当权者来说太难控制是不能被允许的，你以后很难在木叶立足，即使再天才的你，也逃不过被随时被牺牲的命运……”
大蛇丸还没说完，便感知到自来也的查克拉，目光落在清尘身边。自来也…还是来了。
自来也一落地便针锋相对，说道，“大蛇丸！别在这里危言耸听！”
见只有自来也追来，大蛇丸多少松了一口气。
清尘知道原因，猿飞日斩念及旧情还是下不去手，最终将追击大蛇丸的任务交给自来也。
“危言耸听？自来也你明明什么都知道，却还是那么天真！”
自来也现在只想将大蛇丸带回去，他知道他说不过大蛇丸，便不再这个话题上多做解释，转言道：“没想到你最终还是走到这一步，跟我回村吧！我已经知道你为什么会叛逃了，只要你真心悔改，老头子会从轻处置的！”
大蛇丸摇了摇头，冷嘲热讽道，“就说你还是那么天真，自来也啊…算了！我们都有自己要走的路，我的路…早已有了方向…回不去的。”
只见大蛇丸砰的一声化成白烟，原来只是一道分身，竟然不知不觉的利用分身拖延时间。随着大蛇丸的分身散去，第一次谈判宣告失败，自来也知道简单的劝说已经行不通，唯有强硬的手段才能将大蛇丸带回来。
在离开前不忘叮嘱清尘，“清尘！麻烦你回去后和老头子说，我一定会将大蛇丸带回村子，也希望他能好好照顾鸣人。”说完便消失在黑暗中。
……
就这样清尘独自一人回了村，将自来也的话带给猿飞日斩，在猿飞日斩的脸上看不到以往焕发的容光，整个人尽显老态。
后来，清尘问到关于鸣人的抚养问题，猿飞日斩的回答是已经重新安置起来，并且没有他的授意任何人不得随意接近，其中还包括清尘在内。
这时清尘目光一凝，在猿飞日斩身上感觉到一股陌生和疏远，嗯了一声便离开了，他没有回家，而是看向远方，那里是根部所在的位置。
为了将来的计划，有时候兵行险招是必要的。
片刻间，清尘出现在根部大门。
在他出现的那一刻，根部忍者便立刻感知到有人闯入，
清尘这时神情冷漠，似乎变了一个人，他也没有刻意隐藏，十几人瞬间将他围得水泄不通，“这里是根部禁地，无关人员不得靠近！”
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