自夏商周三代以来，历朝历代都有大臣们朋党现象。汉代的党人，大多是品德高尚的君子；唐代的党人，小人占多数，但其中不乏有才干者；宋代的党人，君子居多。然而，一旦朝堂上朋党之论兴起，必然与国家命运紧密相关，直至国家衰败灭亡。那些才智出众、品行正直的士人，本应是社会所仰赖的栋梁，却被冠以党派之名。于是，他们的智慧和策略，都用于彼此内耗倾轧，无暇顾及国家大事。并且，指责别人结党的人，自己往往也是有党派的。这个党派衰落，那个党派兴盛，后起的党派往往还不如前。这种祸患蔓延影响宗庙社稷安危，本就是意料之中之事。
到了明朝，在万历皇帝即位之前，尚未有明确的党派名称。直到四明人沈一贯担任内阁首辅，他自恃才华，不愿屈居人下，而当时，一批贤良之士如顾宪成、孙丕扬、邹元标、赵南星等人，他们耿直自负，时常与内阁意见相左。沈一贯的追随者多为言官，而顾宪成在东林书院讲学，吸引了众多重臣名流前往，这便是东林党形成的开端。关于确立皇位继承人的争论兴起时，当时的重臣名流们都认为按照长幼顺序确立太子是天经地义的，纷纷上书请求尽早确立太子。这是理所当然的道理，谏言者的无功可居，听到的人也不能将此指认为罪错。然而，皇帝认为他们是有意拥护太子是期待将来能因此获得富贵，所以对于群臣上书谈论这个事情很不高兴，当然即使他们不谈论，皇帝也不会主动去做。假如他们请求的这件事当时就得到皇帝批准同意，不仅后来皇帝与儿子之间不会产生隔阂猜忌，而且朝臣们也不会因此事被指责为丧失气节。
当时，大臣们的初次请求未获皇帝允许，再次请求则遭到了皇帝严厉贬谪，此后甚至有多大臣因此被廷杖，皇帝对这些贤良之士非常仇视，极力打击严惩他们。尽管皇帝本性仁慈，内心并无恶意，只是希望平息争论，但这样一来反而引起更多议论。于是，内阁诸辅臣中，只有山阴人王家屏、归德人沈鲤与言官们一道坚持请求，皇帝未予采纳，二人因此被贬归乡里。其余如沈一贯、申时行、王锡爵等人，表面上以调和为名，也未曾没有委婉且坚持地向皇帝提出这些请求，但其实心中也认为言官们多事。皇帝认为这些大臣鼓动舆论，内阁也以同样理由指责他们。然而，言官们的进言忠言逆耳，而调和者们的言辞则显得甜美好听，于是皇帝就将言官们视作不怀好意的结党之人。
申时行性情宽和，他所贬黜的人不久就会被重新起用，而沈一贯则仗权好胜，被他贬黜的人虽然离开了官场，名声反而更高，东林党人的名声因此传遍天下，他们的言论被视为公正理性的意见，即便朝廷也常常以他们的看法来衡量是非。东林党成员逐渐增多，其中不乏追求名利、急于求成之人。起初东林党的领袖人物都是君子，后来越来越多的好名之徒、浮躁之人也依附于东林党。由此，关于淮扬巡抚抚李三才的不利舆论就开始兴起。
淮扬巡抚李三才是西安附近之人，年轻时就声名显赫，所到之处都颇有威望，但他虽有才华，却品行不端。当他担任淮扬巡抚时，觊觎更高的职位，广泛结交宾客。这些人每日都在顾宪成身边称赞他，顾宪成因此对他产生了好感，也替他宣扬声誉。那些指责李三才的人，认为他给东林党人带来了污点，李三才便利用权谋之术与那些人针锋相对，朝廷舆论对他的谴责批评也更为强烈，东林党也因此受到很大牵连。
不久，朝廷发生了妖书案，并兴起大狱，清流派大臣因此面临极大的危险。接着发生了“梃击案”，朝廷两党之间的矛盾更加尖锐。所谓“妖书”，是指《续忧危竑议》这本书，无人知晓其真正作者是谁，大致内容是说虽然夺取年纪最大皇子的储君之位很难，但当今世上豪杰如沈一贯（四明人）等人能够辅助此事成功，这似乎是出自清流派大臣之口，目的是为了倾覆沈一贯等人下台。也有人说这是奸人伪造，意图陷害郭正域（明朝大臣）。郭正域当时是清流派大臣领袖，备受内阁忌惮痛恨。当时，皇帝极为震怒，倾尽各种手段对郭正域进行严厉调查，搜查其住所及其身边人，最终未能找到任何证据，于是将此案归咎于皦生光（生员，因经常敲诈官员，被众人集体指认伪妖书作者）并将他下狱，但最终也未能查明真相。
所谓“梃击案”，是指张差手持棍棒闯入太子居住的青宫，声称要向皇帝告发两位宦官，这两位宦官是郑贵妃派遣建造寺庙的人。巡按御史刘廷元上报奏疏称：从张差的表现看，他像是疯癫之人，但其背后动机令人十分怀疑。于是刘光复等人支持张差疯癫的说法，而刑部主事王之采在狱中审讯张差，得出结论认为幕后主使者是郑贵。朝野顿时一片哗然，认为皇亲国戚间竟有像专诸（春秋时期着名刺客）刺杀吴王僚一样的行刺之事发生。郑贵妃也深感恐惧，向皇帝申诉自己的冤屈。皇帝命令她亲自向东宫太子说明情况。郑贵妃看到太子后极力为自己辩解，于是太子上奏请求皇帝出面，在众臣面前为她澄清事实。皇帝与太子都反复向众臣解释此事与郑贵妃无关，最终将那两个宦官及张差定罪，其他人员则不再追究。当张差案发生时，朝廷内外都无法不对郑贵妃产生怀疑，因为此案恰好与郑贵妃身边宦官有关，且他直接闯入太子居所，仿佛是故意安排好的。王之采的奏疏言之凿凿，或许是因为他对两位宦官极度痛恨，所以故意将梃击案栽赃给他们，真实情况也不得而知，而刘廷元等人因此对王之采尤为痛恨。王之采平时品行不端，刘廷元与韩浚等人便借考核之机对他严加处置。因为太子身边的护卫力量薄弱，以至于外人能够轻易闯入，这种情况不能再继续下去，朝臣们都担忧会有意外发生，对太子不利，皇亲国戚的忧虑警惕 ，也是绝对不会少的。然而，因此此事涉及宫禁秘密，难以定案，只能采取像汉朝时田叔烧毁梁王涉案证据那样的调停和稀泥的策略。关于此案持两种不同说法的人相互倾轧，都务必要将对方送到刑罚部门赶尽杀绝，这是何等用心！
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