此时，两党已经势不两立。万历辛亥年（公元1611年）的京察由孙丕扬主持，曹于汴、汤兆京协助，但他们所处理贬谪的汤宾尹、王绍徽等人，都是攻击东林党之人。王绍徽有清高声望，而汤宾尹则以才华闻名，因此秦聚奎直接指责这次京察不公。到了万历丁巳年（公元1617年）的京察，郑继之主持，徐绍吉、韩浚协助，所处理贬谪的又都是东林党人。当时世人公认的清流派，几乎被一网打尽。那时，叶向高离职，方从哲独自担任内阁首辅，他平庸无能，无所作为，皇帝对于奏疏全都留中不发，不做任何处理，只要言官一弹劾，被弹劾者就会自行离职，不再遵从皇帝的旨意。言官的权势越来越重，形成了齐、楚、浙三派鼎立的局面。齐派以亓诗教、韩浚等人为首，楚派以官应震、吴亮嗣等人为首，浙派以刘廷元、姚宗文等人为首，他们的势力十分嚣张。汤宾尹等人贼暗中操控这些派系，因此还出现了宣党、昆党等不同的党派名称。
所谓“宣党”，指的是汤宾尹，所谓“昆党”，指的是顾天峻。顾天峻、高亢自视甚高，而汤宾尹品行恶劣。万历庚戌年（公元1610年）的科举，如韩敬、钱谦益、王象春、邹之麟等人都有才名，他们急于求富贵，互相嫉妒争斗。邹之麟依附韩敬，想谋求吏部职务未成，于是反过来攻击韩敬。因此，邹之麟、钱谦益都被当时的权贵所压制。礼部主事夏嘉遇最初也曾受到当时权贵的推崇，但他与邹之麟交好，也因此受到了压制。
这时，官军在辽东四路失利的消息传来。赵兴邦当时担任兵部官员，仍然负责主持科学会试，邹之麟、夏嘉遇因此就弹劾他，并牵连到亓诗教。言官们因此联合上疏弹劾夏嘉遇，赵兴邦迅速升任级别较高的朝廷中枢官员，其势力更加嚣张，而朝廷舆论更加愤怒。御史詹世济帮助夏嘉遇攻击赵兴邦，而赵兴邦的势力则逐渐衰退。神宗皇帝驾崩，光宗皇帝即位，首先征召叶向高入朝辅政，内阁大臣刘一燝、朝廷重臣周嘉谟都将征召提拔名流大臣作为首要任务，像邹元标、赵南星、曹于汴等人，都成为选拔官员的吏部高级官员，当时依附东林党的人，就算是闲居田间之人也能成为高官，而齐、楚、浙三派此前掌权的人物，都被贬黜，在万历年间，朝野上下一度认为国家呈现出如同宋朝元佑年间那样繁荣昌盛的局面。
然而，那些依附东林党以求晋升的官僚们，只关心自己的快速升迁，朝廷中新增的高级官员数量众多，已不能满足人们的期望。在赵南星担任吏部尚书期间，高攀龙、杨涟、左光斗等人都担任了御史，魏大中为吏科都给事中，邹维连、夏嘉遇、程国祥等人为吏部司官，他们清廉激进，虽在论事时有些苛刻，但更引起了其他人的敌视。
当时大太监魏忠贤暗中掌握了朝政大权，起初他也曾欣赏这些贤良之士，但因他们的刚直不阿，最后对他们产生了深深的厌恶。周宗建、侯震旸等人相继弹劾魏忠贤和其亲信客氏。客氏是熹宗皇帝的乳母，私下里与魏忠贤保持着夫妻关系。熹宗皇帝对国家事务几乎全然不管，宫中事务全由魏忠贤和客氏掌控。叶向高本打算调解双方矛盾，但东林党人坚决要求将魏忠贤逐出朝廷。杨涟列举魏忠贤二十四项大罪的奏疏上呈，使双方成为不共戴天的仇敌。
叶向高很快离职，局势发生了巨大变化。起初，魏忠贤当庭杖责工部主事万燝，以此震慑朝臣，随后又因夏嘉遇、魏大中与御史陈九畴的争执，立即对他们进行贬谪，随后又将东林党人全部逐出朝廷，并掀起一场大狱，酿成了清流大臣的浩劫，国家几乎陷入危亡。尽管此事有魏忠贤的奸佞同党如崔呈秀等人暗中作祟，但东林党人也不能说毫无责任。他们虽高谈阔论，但在实务上却无所建树，因名利地位的争夺又导致内部猜忌滋生。他们对于异己分子，即使是清廉之士也要排挤；对于依附自己的人，即使是污浊之辈也要接纳。即使那些东林党的领袖人物，尽管直言敢谏、值得尊重，但嫉恨他们的人也很多。
魏忠贤得势后，大量任用奸邪之徒如崔呈秀等人，在全国上下如同疯狂般作恶，四处出击兴起大狱。杨涟、左光斗、魏大中、周顺昌、周宗建、李应升等人被投入诏狱，饱受酷刑而死，天下人为之痛惜。但仍有大量人称颂魏忠贤的“功德”，请求为他立祠祭祀，朝廷群臣无论上疏还是私议，都必以皇帝与魏忠贤并称。魏忠贤一门中有三人封公封侯，权势之大远超刘瑾十倍，人们在他面前无不小心翼翼地站立，不敢轻举妄动。此时，忧国之士已经感到国家有改朝换代的趋势。
尽管崔呈秀等人虽然凶恶，但实际上才智平庸，不值一提。熹宗皇帝驾崩后，魏忠贤呼唤崔呈秀密谋许久，却无计可施。崇祯皇帝即位后，神明自持，魏忠贤一党虽然在朝廷内外遍布，但他们并未察觉自己已处于劣势。朝中大臣钱元悫、陆澄源以及贡士钱嘉征等人先后弹劾魏忠贤，魏忠贤和崔呈秀最终自缢而死，其党羽都被罢黜，凡是之前被魏忠贤罢黜的大臣，都被朝廷再次起用。
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