八月二十一，司马尚之在慈湖（今安徽马鞍山市东北）迎战庾楷手下大将汝南太守段方，经过一番激战，司马尚之斩杀段方。
九月初二，司马尚之在采石矶以人数上的绝对优势大败庾楷，庾楷率残兵向西投奔荆州军桓玄部。
三路大军去其一路，司马元显刚刚松了一口气，荆州水军便到了。
殷仲堪的先锋官桓玄在建康要塞白石（今江苏南京市金川门外，幕府山南麓）大破司马尚之朝廷水师。
桓玄、杨佺期部兵临石头城，与守城的王恺（王坦之长子）展开了激烈地攻防大战。
十日后，刘牢之的北府军乘船从东方而来，来到石头城下。
桓玄、杨佺期大喜过望，以为来了援军，没想到北府军却向荆州军发起了进攻，打得猝不及防的荆州军落花流水，退守蔡洲（今江苏南京市西南，魏晋时期为长江沙洲）。
刘牢之反水了！
早在司马尚之和庾楷大战，荆州水军快到石头城时，机警聪颖的司马元显敏锐地捕捉到一个外人不易察觉的细节。
古往今来的重大战役，胜利一方的将领看似用兵如神，神鬼莫测，其实细细抛开来讲也是就不再神秘了，只不过决策者比别人看得更细致罢了。
因为在京口的王恭部离建康只不过三五天的路程，而荆州军到建康最起码得半个月以上。
两地同时发兵，现在荆州军已经快到建康，而王恭的北府军却还在路上慢吞吞地行走。
司马元显赶忙派细作去暗中探访，得知北府军的首领刘牢之对此次征讨心怀不满，而且因王恭多年来对他傲视羞辱，视他为召之即来，挥之即去的鹰犬，视北府军为他的私人武装，更是积怨已久。
所以行动非常缓慢，船队在长江上逆行游荡漂流，进两丈退一丈。
司马元显赶忙派庐江太守高素秘密乘小舟带着他的亲笔信来到北府军船上，面见刘牢之游说。
两人见面，高素动之以情，晓之以理。
司马元显在信中讲到，如果刘牢之脱离叛乱队伍，反戈一击，事成之后，王恭现在所有的职位、封号一律转授给他，此事相王司马道子已经允诺。
原本在谢玄死后，论资排辈，北府军的老大刘牢之就该做这个徐州刺史之位，没想到先来了司马恬，后空降来了王恭。
他早已对这个职位垂涎三尺，并且愤愤不平，见了司马元显的信，心道，王恭你敢造反朝廷，我怎么就不敢造反你？
当即，刘牢之在和北府军重要将领的儿子刘敬宣、女婿高雅之、外甥何无忌商量后，决定背叛王恭的“清君侧”大军，毅然投靠大晋朝廷。
于是刘牢之当即斩杀王恭派来北府军中监督他的帐下督颜延，然后当众宣布了这项决定。
在陆路上率领军队赶往建康的王恭大军，深夜受到北府军竺朗之、何无忌部的突袭。
王恭部全线溃败，土崩瓦解。
王恭单人单骑逃回广陵，又被东莞太守高雅之关闭了城门，他再逃往曲阿（今江苏镇江市丹阳市）。
恰遇曲阿人殷确，是王恭的老部下，用船载着王恭打算投奔桓玄。
在长塘湖（今江苏溧阳市东北、金坛市南之长荡湖）被人告发，遭朝廷军队逮捕。
司马元显得知王恭被擒，怕再生意外，火速派人前往拦截，在倪塘（今江苏南京市江宁区附近）遇到押着王恭来建康的部队，下令将王恭就地斩首。
是夜，行刑前，王恭从容不迫地梳理着自己的头发和胡须，神色平静如常。
他对司马元显派来监督施刑的官员道：“我自己的昏庸在于轻率地相信别人，才到了今天这个地步。不过追究本意，我哪里是不忠于朝廷啊！但愿百代以后的人们能知道有过我王恭这个人。”
他和他的两个儿子以及其他被俘部将全部被处死。
头颅被挂在倪塘堡垒墙上示众。
王恭死后，紧接着朝廷的任命诏书来到刘牢之军中，刘牢之全盘接任了王恭的所有职务，但诏书后面还有一句话就是要求他率北府军驰援建康，进攻荆州军。
所以，桓玄、杨佺期率荆州军正在围攻石头城时，被突如其来的“友军”被打得大败，退往蔡洲。
朝廷军和荆州军在建康西南对峙起来。
司马元显成功地击退了三路叛军的两路，登上了石头城，向西望去，只见长江两岸漫山遍野全是荆州军，充斥京畿，声势浩大。
他不禁冷汗叠冒，腿肚子发抖，暗暗心生惊惧之感。
这该如何是好，怎么才能击退荆州军呢？
于是又转动起他那颗灵活的脑袋瓜子，细细分析起来，眼前的这帮荆州军名义上是殷仲堪统帅的人马，实际是由三个不同部分组成的。
一，王恭的国子学铁哥们殷仲堪。
二，当年权臣桓温的儿子桓玄，因朝廷忌惮桓家势力再次崛起，多年来没给桓玄任何官职做，他只承袭了桓温的南郡公爵位，属于荆州当地豪强地头蛇。
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