然而，上半年尚是和谐共处的景象，下半年却风云突变，脱脱不花与也先之间爆发了激烈的冲突。
脱脱不花，身为成吉思汗的后裔，姓氏孛儿只斤，在草原上拥有天然的号召力。
对也先构成了巨大的威胁。
也先深知此点，决定先下手为强，经过一番较量，终于在半年多的时间里将脱脱不花击败。
关于此事的具体时间，史书虽记载为景泰二年，但经过考证，更可能是发生在景泰三年初。
因为在景泰三年的二月，也先主动向朱祁钰通报了杀死脱脱不花的消息，并献上两匹骏马，意在表明自己已成为草原上的新主宰。
（原文奉上）
瓦刺太师也先弑其主脱脱不花脱脱不花妻也先姊生子也先欲立爲太子不从也先亦疑其通中国遂治兵相攻脱脱不花败走依兀良哈追杀之也先尽收其妻代宗景泰三年壬午瓦剌太师也先报可汗之捷献马二也先杀元裔几尽吞并诸部东至女直西至赤斤蒙古
代宗景泰二年乙丑遗书股脱不花王曰与可汗和好非一世今宜各顺天心勿妄生事端伤好岁使可一二所遣止百十人此朕与可汗之利也瓦刺脱脱不花王归我前使海西镇抚高能等七人庚申股脱不花王书曰自祖宗以来四裔来朝并加恩待比岁可汗太师累使朝贡朝廷嘉厥歆频使还答此亦兴可汗所共知也以天之灵要约如故使至业厚妄劳所赐可汗若可汗妃有金银及金银器血金蟒服文绮等物卽村去
自今但可汗使来民终始善亲决不食言。
然而，朱祁钰坚决拒绝了与也先的贸易提议，这导致了瓦剌内部陷入了一场血腥的内斗。
在景泰五年的十月，也先及其弟弟赛罕王、手下博彦帖木儿相继被杀，大同王则仓皇西逃，瓦剌部落彻底陷入了混乱。
史书虽记载也先死后明朝北方得以安宁，但这只是片面的乐观。
实际上，瓦剌削弱后，黄金家族迅速统一了北方草原，其实力更为强大，对明朝构成了更为严峻的威胁。
（原文奉上）
代宗景奉五年
辛巳赤斤蒙古衙都督阿速上瓦刺也先印甲午瓦刺知院阿刺爲也先大将求太师不许阿刺恶也先践忍荒酒色部稍解散忌阿刺欲讨之恐不乃自遣其子守西番召阿剌二子从先杀阿刺次子阿剌惧诈言兀良哈盗马请召还其长子合击之也先。使赛罕大同二王与根临行觞焉中途其长子亦中死阿剌益怨结罕大同前渡川自後率部落三万觞...也先所数之曰汉儿血在汝身上股脱不花王血也在汝身上兀良人血在汝身上天道好还血在我矣也先曰今??我斋朝与汝退与伯颜帖本儿李罗平章等议帐中有问刺故部曲三人转事也先久也先
不之疑因共趋帐中拔所佩剑剌也先杀伯愿帖木儿等赛罕王闻变领七千人之旣知也先死米去
卜儿答追及射谷之大同王竟四奔也先之张悍愫仓卒死于所部中国自此息层矣。
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