高宗李治也宠爱他，因李弘病故，立李贤为太子。
经过两年，高宗李治又下诏改年号，改“仪凤”为“调露”。
李治领着武皇后去了东都洛阳，命太子李贤监国。
武皇后害死王皇后、萧淑妃，虽然一时得胜，内心深处不安宁。
她常常睡梦中，梦见王皇后、萧淑妃披头散发，满脸是血来见她，每次都还是她们受刑时的样子，特别恐怖。
后来武皇后越发多疑，明明醒着，也觉得她们就站在身边，因此心虚想躲避。
特地在长安太极宫东北，重修大明宫。（又名蓬莱宫)，大明宫从高祖李渊时开始修，以后曾停工。
大明宫修造得很华丽，比太极宫宏大壮阔几倍。
一经修好，武皇后就搬过去居住。
高宗李治有风湿病，太极宫地势低，雨季潮湿 。大明宫地势高，夏季清凉干爽， 李治也愿意搬过去住。
朝廷把太极宫称为“西内”，把新宫称为“东内”。
武皇后本想搬了家，免得冤鬼天天纠缠。没想到了大明宫，到两个鬼魂仍然跟随着她。
武皇后无可奈何，引巫师道人入宫赶鬼。
正谏大夫明崇俨，擅长通鬼神的道法，会用神术给李治医治风眩病。李治和武皇后都特别信任他。他对武皇后说：
“建议皇后迁住东都洛阳，定能彻底避免鬼祟。”
武皇后于是劝说李治迁住洛阳，李治同意。
等到武皇后和李治迁住洛阳，果然心神安宁，厉鬼不见了。
李治和武皇后一住几个月，听说太子李贤居守长安， 处理朝政井井有条，明确公正，为世人称赞，高宗李治也欣慰。
明崇俨秘密告诉武皇后：
“太子李贤命中福薄，今后不能继任皇位，只有英王李哲长得特别像他爷爷太宗皇帝，有帝王之相，能担当大富贵。
两个儿子选择适合的那一个，才可平安无事。”
武皇后信任明崇俨能力超人，能通鬼神，能知未来，从此她也认为李贤当太子不合适，暗暗有后悔的意思。
但是李贤没有过错，武皇后勉强容忍。
武皇后亲自撰写《孝子传》《少阳政范》两本书，送给李贤阅读。
书中有教育训斥李贤的意思，李贤聪明过人，看出母亲别有用心，母子间有了矛盾。
第二年，李治又改年号“永隆”，他和武皇后还住在洛阳。
明崇俨有事从洛阳出发赶往长安。
他虽然号称有神，可是神灵保护他自己很不灵，他在路上被盗匪截杀，一命呜呼。
武皇后怀疑是李贤派人杀的明崇俨，发动司法警力投捕凶犯，几个月下来毫无结果。
皇宫有流言说：
“李贤不是武皇后所生，是武皇后的姐姐韩国夫人和皇上生的儿子。”
李贤心生疑虑，内心恐惧，自暴自弃地堕落，产生生了沉迷于美酒和女色的想法。天天醉心歌舞宴乐，亲昵女色。
他曾赏赐家奴男宠赵道生金帛，司仪郎韦承庆劝阻，李贤不听，训斥韦承庆：
“少管闲事！再管闲事赶你出东宫！”
韦承庆于是报知武皇后，武皇后召太子李贤到洛阳。
且派薛元超、裴炎、高智周三人，去搜查李贤居住的东宫，授以密嘱。
三人在东宫搜查，搜出黑铁铠甲几百件，即作为谋反罪证。他们审讯太子同党时，诱令赵道生诬告太子李贤。赵道生说：
“明崇俨是太子李贤吩咐我领人去杀死的。”
武皇后说：
“我要不徇私情，大义灭亲！李贤谋杀忠臣，图谋反叛罪不可赦！”
高宗李治为李贤求情，只废李贤为庶人。幽禁李贤在宫中别室，立英王李哲为太子。
没多久又流放李贤去巴州。
秋风阵阵，天气寒凉，被流放的李贤和妻子仆从都穿着单薄的衣服，冻得瑟瑟发抖。
太子李哲看了实在不忍心，请求父皇李治恩准，赐给他们秋冬衣服。
李贤在流放巴州时，感慨母子亲情在权利斗争下荡然无存，写了《黄台瓜辞》。
他把母亲武皇后比喻为藤蔓，藤蔓上结了个瓜比喻武皇后生的四个儿子。
李贤感伤四兄弟在权利争斗下性命朝不保夕，希望武皇后看到后有所醒悟。
他写的《黄台瓜辞》里说：
种瓜黄台下，
瓜熟子离离。
一摘使瓜好，
再摘令瓜稀。
三摘尚自可，
摘绝抱蔓归。
684年，酷吏丘神绩把早已废为庶人的李贤关在一个小黑屋里，逼他自尽。
李贤死时年仅二十九岁。
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