短短三四年之间，从京师戒严到东巡广宁，军事从守势转为攻势，这主要是孙承宗主持之功，而袁崇焕也贡献了很多方略。
孙承宗很赏识他，尽力加以提拔。袁崇焕因功升为兵备副使，再升右参政。孙承宗对他言听计从，委任甚专。
天启五年夏，一切准备就绪，孙承宗根据袁崇焕的策划，派遣诸将分屯锦州、松山、杏山、右屯、大凌河、小凌河诸要塞，又向北推进了二百里，几乎完全收复了辽河以西的旧地，这时宁远又变成内地了。
清兵见敌人稳扎稳打，步步为营的推进，四年之中也不敢来犯。然而进攻的准备工作却做得十分积极，努尔哈赤将京城从太子河右岸的东京城移到了沈阳，以便于南下攻明、西取蒙古，保持充分的出击姿态。
孙承宗有才识，有担当，有气魄，袁崇焕对他既钦佩，又有知遇的感激，这样的上司是极难遇到的。眼见他和孙承宗的共同计划正在一步步的实现，按部就班的收复失地，这几年袁崇焕一定过得十分快乐。他和手下将领满桂、左辅、朱梅、祖大寿、何可纲、赵率教、孙祖寿等人的战斗友谊，也在这些日子中不断加深。
可是好景不常，时局渐渐变坏。天启皇帝熹宗越来越喜欢做木工。魏忠贤的权力越来越大，尽量发挥他地痞流氓性格中的无赖、无知、无耻、以及无法无天。
天启五年，魏忠贤大举屠戮朝廷里的正人君子，将弹劾他二十四条大罪的杨涟下狱。同时下狱的有左光斗、魏大中、袁化中等大臣，所诬陷的罪名是贪污。百姓大愤，数万士民在北京街道上呼叫大哭。魏忠贤不敢正式审讯，命狱卒在监狱中打死了这些大臣。杨涟死得最惨，土囊压身，铁钉贯耳。不久，魏忠贤又杀熊廷弼。
熊廷弼在辽东立有大功，蒙冤入狱，百姓都很同情他。民间流传一部绣像演义小说《辽东传》，描写熊廷弼守辽东的英勇事迹。魏忠贤的徒党中有一个名叫冯铨的，他父亲当年在辽东作布政的官，清兵未到，先就鼠窜南逃。《辽东传》第四十八回有“冯布政父子奔逃”一节，描写冯铨父子弃职而逃的狼狈丑态，可说是当时的“新闻体小说”。
冯铨对这事深为怀恨，又要讨好魏忠贤，于是买了一部《辽东传》放在衣袖里，见到熹宗后，把小说拿出来，诬告说：“这部演义小说是熊廷弼作的，他吹嘘自己的功劳，想要免罪。”熹宗信以为真，登时大怒。大概他看到小说中的绣像将熊廷弼画得威风凛凛，而文字中或许对皇帝还颇有讽刺，于是即刻下旨将熊廷弼斩首，还将他的首级送到各处边界上去给守军观看，那就叫做“传首九边”，说他犯了不战的大罪。然而真正应当负责的王化贞反而不杀。
文字狱也开始发展。江苏太仓的两个文人作诗哀悼熊廷弼，都被加以“诽谤”罪名而处斩。
魏忠贤喜欢文官武将送他贿赂，越多越好。孙承宗带兵十多万，粮饷很多，应当大量克扣下来转奉给他“九千岁”才是。孙承宗不肯这样办，魏忠贤自然不喜欢，于是派了个吹牛拍马的小人高第去代孙承宗作辽东经略。高第一到任，立刻就说关外之地不可守，要撤去关外各城的守御，将部队全部撤入山海关。
这战略之胡涂，真是不可理喻。那时清兵又没有来攻，完全没有撤兵逃命的必要。大概他是怕一旦来攻，非败不可，还是先行撤兵比较安全。
袁崇焕当然极力反对，对高第说：“兵法有进无退。诸城既已收复，怎可随便撤退？锦州、右屯卫一动摇，宁前就震惊，山海关也失了保障。这些外卫城池只要派良将守御，一定不会有危险的。”高第不听，下令宁远、前屯卫也撤兵。袁崇焕倔强得很，抗命不听，说道：“我做的是宁前道的官，守土有责，与城共存亡，决计不撤。”
高第是胆小的书生，袁崇焕虽是他部属，但见他蛮劲发作，声色俱厉的不服从命令，也就不敢对他怎样，只是下令将锦州、右屯、大小凌河、松山、杏山的守兵都撤去了，放弃了粮食十余万石。撤退毫无秩序，军民死亡载道，哭声震野，百姓和将士都是气愤难当。
袁崇焕的父亲早一年死了，按照规矩，儿子必须回家守丧。当时朝廷以军事紧急，下旨不许他回家，命他在职守制，称为“夺情”。这时袁崇焕大怒，上奏章要回家守制。朝廷不准，为了慰抚他，升他为按察使。但这样一来，数年辛辛苦苦的经营毁于一朝。虽然升官，也决不会开心。
可以想象得到，袁崇焕在这段时期中，“×他妈”的广东三字经不知骂了几千百句。他是进士，然而以他的性格而遇上这种事情，不骂三字经何以泄心中之愤？或许高第不敢见他的面，否则被他饱以老拳、殴打上司的事都可能发生。高第，字登之，万历十七年进士。他考试果然“高第登之”，但做大军统帅，却是“要地弃之”。
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