袁崇焕的主张虽然正确，然而和顶头上司争论了一场之后，意见不蒙采纳，竟径自去向最高行政首长投诉。越级呈报是官场大忌，他做官的方式却大大不对了。这又是他蛮劲的表现之一。
这时宁远之北的十三山有败卒难民十余万人，给清兵困住了不能出来。朝廷叫大学士孙承宗设法解救。袁崇焕申请由自己带兵五千进驻宁远作声援。另派骁将到十三山去救回溃散了的部队和难民。王在晋觉得这个军事行动太冒险，不加采纳。结果十余万败卒难民都被清兵俘虏，只有六千人逃回。
满清这时在经济上实行奴隶制度，女真人当兵打仗，以抢劫财物为主要工作，认为男子汉耕田种地是耻辱，所以俘虏了汉人和朝鲜人来耕种。汉人、朝鲜人的奴隶是可以买卖的，当时价格是每个精壮汉人约为十八两银子，或换耕牛一头⑦。十三山的十多万汉人被俘虏了去，都成为奴隶，固然受苦不堪，同时更大大增加了满清的经济力量。
那时袁崇焕仍是极力主张筑城宁远。朝廷中的大臣都反对，认为宁远太远，守不住。大学士孙承宗是个有见识之人，亲自出关巡视，了解具体情况，接受了袁崇焕的看法。
不久孙承宗代王在晋作辽东主帅。天启二年九月，孙承宗派袁崇焕与副将满桂带兵驻守宁远，这是袁崇焕领军的开始。
满桂是蒙古人，骁勇善战。从那时起，他和袁崇焕的命运就永远结合在一起，再也分不开了。一个蒙古武将，一个广东统帅，都是十分刚硬、十分倔强的脾气。两人一起经历了多次生死患难，也有过不知多少次激烈的争吵。一直到死，两人仍是在争吵。但在两人的内心，却又一定是互相钦佩。那既是英雄重英雄的心情，又知道在抗拒清兵大敌之时，非仰仗对方的力量不可。高明的组织才能和正确的战略决策是必要的，亲临前敌、殊死决战的刚勇也是必要的。
宁远在山海关外二百余里，只守八里和守到二百多里以外，战略形势当然大有区别。
宁远现在叫作兴城，有铁路经过，是锦州与山海关之间的中间站。地滨连山湾，与葫芦岛相距甚近。我真盼望将来总有一日能到兴城去住几天，好好的看看这个地方。
天启三年九月，袁崇焕到达宁远。
本来，孙承宗已派游击祖大寿在宁远筑城，但祖大寿料想明军一定守不住的，只筑了十分之一，敷衍了事。
袁崇焕到后，当即大张旗鼓、雷厉风行的进行筑城，立了规格：城墙高三丈二尺，城雉再高六尺，城墙墙址广三丈，派祖大寿等督工。袁崇焕与将士同甘共苦，善待百姓，当他们是家人父兄一般，所以筑城时人人尽力。次年完工，城高墙厚，成为关外的重镇。这座城墙是袁崇焕一生功业的基础。这座城墙把满清重兵挡在山海关外达二十一年之久，如果不是吴三桂把清兵引进关来，不知道还要阻挡多少年。
关外终于有了一个安全的地方。这些年来，辽东辽西的汉人流离失所，若是给满洲人掳去，便成了奴隶，于是关外的汉人纷纷涌到，远近视为乐土，人口大增。宁远城一筑成，明朝的国防前线向北推移了二百余里。
袁崇焕同时开始整饬军纪，他发现一名校官虚报兵额，吞没粮饷，蛮子脾气发作，当即将他杀了。但按照规定，他是无权擅自处斩军官的。孙承宗大怒，骂他越权。袁崇焕叩头谢罪。孙承宗也就算了。他后来擅杀毛文龙，在这时可说已伏下了因子。
孙承宗也是个积极进取型的人物，这时向朝廷请饷二十四万两，准备对清军发动进攻。孙承宗是教天启皇帝读书的老师，天启对老师很不错，立刻就批准了。但兵部尚书与工部尚书互相商议说：“军饷一足，此人就要妄动了。”所以决定不让他“饷足”，采取公文旅行的拖延办法，使孙承宗的战略无法进行。孙承宗于是进行屯田政策，由军士自耕自食，却也得到很大的成效。
天启四年，袁崇焕与大将马世龙、王世钦等率领一万二千名骑兵步兵东巡广宁。广宁即今北镇县，在锦州之北，离满清重镇沈阳已不远了。袁崇焕还没有和清兵交过手，这次已含有主动挑战的意味。但清兵没有应战。袁崇焕一军经大凌河的出口十三山，从海道还宁远。这时清兵已退出十三山。袁崇焕这次陆海出巡，写了一首诗，题目是《偕诸将游海岛》，不说“率诸将”而说“偕诸将”，不说“巡海岛”而说“游海岛”，颇有儒将的雅量高致。诗中很清楚的抒写了他的心情：是战是守的方略苦受朝廷牵制，不能自由，见到大好河山，更加深了忧愁。对荣华富贵我早已看得极淡，满腔忠愤，却只怕别人要说是杞人忧天。外敌的侵犯最后总是能平定的，但朝廷中争权夺利的斗争却实是大患，不知几时方能停止？看到天上浮云，冷清清的月亮，又想到我父亲逝世，伤心得肠也要断了⑧。
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