锦衣卫衙门的结构其实很简单，总衙之下，下辖南北镇抚司两个镇抚衙门，然后便是若干千户所衙门。另有负责銮仪的大汉将军营。
若论权力，除了总衙之外，北镇抚司权力最大，大到甚至可以越过锦衣卫指挥使直接向皇上负责，原因便是因为北镇抚司设有臭名昭着的诏狱。这让北镇抚司可以在皇帝的许可之下，私自拥有逮捕、刑讯、处决之权，而不必经过司法机构。无论是谁，甚至是皇亲国戚，都可直接抓捕。
在某种程度上，北镇抚司的权力甚至大于总衙，便是因为设有诏狱之故。诏狱之中滥用酷刑，宛如地狱一般，进去的人基本上很难活着出来。即便有幸运者活着出来，那也起码被扒个几层皮，出来后也会成为废人。
诏狱处置的一般都是朝廷官员，所以，在朝廷官员之中，对于诏狱的厌恶和攻讦一直不断，深恶痛绝。
弘治皇帝即位之后，北镇抚司权力大减，已经不像是他父皇宪宗皇帝乃至之前的先皇时期那么无所顾忌肆意妄为，但诏狱的恶名是洗刷不掉的。故而朱佑樘不想让张延龄去北镇抚司衙门任职，便是这个缘故。虽然北镇抚司确实权力很大。
而南镇抚司便是锦衣卫衙门中的另类了。虽和北镇抚司是平级的衙门，但是在职责上却天差地别。南镇抚司的主要职责是负责锦衣卫衙门的法纪军纪以及内部的一些后勤性事务。说白了，南镇抚司衙门是锦衣卫衙门内部的风纪督查部门。
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