在谈到蔡元培与蒋介石集团的关系时，有人把1928年8月17日蔡元培辞职一事，描述为关键性“转折”：说蔡元培从此出都门而定居沪上，极少来南京，进而与最高当局决裂，成为“反蒋派”代表人物云云。
其实，实际情况要复杂的多。
就在蔡元培宣布辞职的同一天，由他提名为清华大学校长的罗家伦获得国民政府的正式任命。这应该不是巧合。
关于蔡的辞职，上海各报纷纷揣测原因，《时事新报》称：“据知其底细者言，蔡氏辞职实有二因：一系职务纷繁，劳苦太甚；一系趁五次会后，政府改组将有变更，可以及时引退。至有谓蔡因反对大学区制而辞职者，并非事实。”
此一报道，显然意在平息和淡化外间对此事的关注。
约半个月后，蒋介石在上海西摩路宋宅宴请留沪各中央委员，蔡元培与胡汉民、戴季陶、李石曾、李宗仁、宋子文等八人出席。席间议及中.央政.治.会.议改组、五院院长人选等事项。就是在此前后，蔡元培被内定为五院之一的监察院院长。
9月11日，蔡元培致函胡汉民、蒋介石、谭延闓，申明：“监察院院长决不担任，大学院院长决不复职”，同时又郑重表示：“此后愿以中央监察委员资格尽力于党务，以政.治.会.议委员之资格尽力于政务（弟曾辞政.治.会.议委员，然近经谭先生及孔庸之先生转示会中同人意见，弟遵，当取消辞意），以中央研究院院长之资格尽力于教育学术。余生几何，能力有限！果能如此尽力，自问以告无罪。若再苛求，必多贻误。自知甚明，决难迁就。沥诚奉恳，务请玉成。”
关于大学院院长，是南京国民政府那个时期的教育行政首长。1927年7月南京国民政府公布《中华民国大学院组织法》，规定中国民国大学院为全国最高学术教育机关，承国民政府之命管理全国学术及教育行政事宜，不隶属于国民政府；设大学院院长一人，综理全院事务，兼任大学院大学委员会委员长，并为国民政府委员。
首任大学院院长即是蔡元培。
对于蔡元培请辞大学院长，国民党高层曾指派宋子文、孔祥熙等“躬亲赴沪，恳切挽留”。蔡仍坚辞，并“荐贤自代”，起初传闻蔡推荐的人选是易培基（属李石曾的中法系），而后来接替蔡氏职务的则是蒋梦麟。至于监察院长一职，蔡推却不过，只得应允暂居名义，具体院务由副院长陈果夫署理，此种状况延续近一年之久方告结束。
9月下旬，蔡元培与李石曾等同车由沪到宁，同寓张静江宅邸，蔡曾往“总司令部看蒋先生，其时胡展堂等亦在座”。其后，蔡元培由宁返沪，以私人资格力劝同样提出“辞去本兼各职”的于佑任“勿即辞职”。此后，蔡元培来往于沪宁之间，从事政务，其行踪载于当时“京沪各报报端”。
1929年间，蔡元培的国务活动也颇为频繁，他与蒋介石等高层人士的相互往来也时有所见。大体说来，至1930年以后，蔡到南京的次数才逐渐减少。其实，上海一直是除南京之外的一个极重要的政治舞台，一些“党国大老”聚居于此，国民党及国民政府的一些幕后活动常常在此酝酿生成，蔡元培作为国民党政治集团中的资深要员参与其间，其在宁在沪，好像很难成为判断其政治姿态的标识。
在蔡元培的“从政高峰”期间，他的一个重要使命，便是平息学.潮、弥合党内派系纷争。由于他在政界、学界的崇高威望，几乎总是充当“救火者”或“和事佬”的角色。
北京大学师生为反对北平大学区发生风潮，蔡责无旁贷地出面平息，并一度兼任北大校长，使北大安然渡过“多事之秋”。
交通大学出现校长危机，蔡亦暂时兼领，以求平稳过渡。
国民政府的“首都大学”中央大学连续发生学.潮，拒绝和殴伤校长，政府强令解散该大学。其后成立“中央大学整理委员会”，蔡再次救急，出任该委员会的委员长，亲到南京，与学校师生代表沟通。
而对于国民党内层出不穷的派系之争，蔡以元老身份尽力排解，力求化干戈为玉帛，维系政治统一，此种努力在“九一八”事变后国难深重关头，尤具特别意义。
不过，蔡元培也曾经历过风险。这一年12月15日，北平各校南下示威学生与南京本地学生数百人在中央党部门前示威请愿，一时间群情激奋。蔡元培与陈铭枢被委派出来接见学生，蔡未及数语，即被学生拖下殴打，陈则被学生用木棍猛击头部，当场昏厥。
据报载：“蔡年事已高，右臂为学生所强执，推行半里，头部亦受击颇重”，后被解救送往医院，所幸无大碍。这就是后来被有些新闻记者所渲染的“蔡元培遭绑架”事件。蔡元培事后对新闻界发表谈话说，他理解学生忧患国难的情绪，但对“学风沦替”也深感忧虑。
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