当那些教授们能够参与学校的管理，不仅仅使他们感到他们和他们的意见对学校很重要，不仅如此，虽然，这很重要。但更大的改变是他们会动脑筋想办法，怎么去把学校办好。而不是像过去那样，学校的事有校长去管，和自己没什么关系。
当教授们的主观能动性被调动起来，将会汇集成怎样的力量呀！
为了进一步健全“教授治校、民主管理”的领导体制，在蔡元培的推动下，1919年，北大又在作为全校最高立法机关和权力机关的“评议会”之外另设了三个机构：
一是行政会议，作为全校的最高行政机构和执行机关，负责实施评议会的各项决议。行政会议的成员的资格也限定为教授，由各专门委员会的委员长及教务长、总务长担任成员，由校长兼任行政会议议长。行政会议下设8个专门委员会，分管各类行政事务，分别是组织、庶务、审计、图书、聘任、仪器、入学、新生指导委员会。各委员会的成员由校长推举，经评议会批准通过。
二是设教务会议及教务处，由各学科的系主任组成，从中推出教务长一名，任期一年，统一领导全校的教学工作。这一时期，担任过北大教务长的有马寅初、顾孟余、胡适等人。
三是设总务处，主管全校的人事和事务工作。总务处的首长亦为教授学者。如以蒋梦麟为总务长兼会计部主任，李大钊任图书部主任，陈世璋任仪器部主任，李辛白为出版部主任，沈士远任校舍、斋务、杂务、卫生部主任，郑寿仁任注册、编志、询问、介绍部主任。
蔡元培设计出的这一套“教授治校”“依法治校”的体制，为北大走上健康、稳定发展的轨道提供了组织上和制度上的保障。在这套体制的护航之下，北大在当时以及后来，都不曾因为政治时局动荡，以及校长人选的更迭，而影响正常的教学秩序和校园秩序。
曾任北大教务长的顾孟余说：“先生(指蔡元培)长校数年，以政治环境关系，在校之时少，而离校之时多。离校之时，校务不但不陷停顿，且能依照计划以进行者，则以先生已树立评议会及各种委员会之制度。”
蔡元培自己也对在北大建立的这套体制很感欣慰。
1920年10月，他赴欧考察教育，与大家话别时说：“我这次出去，若是于本校不免发生困难，我一定不去。但现在校中组织很严密，职员办事很能和衷，职员与学生间，也都是开诚布公，我没有什么不放心的事了。”
什么时候都不用担心因为换领导人和天下大变，这便是一个好的民主制度的伟大之处。因为这个制度制约着领导者，使他们不能任性妄为，更不能胡作非为。
所谓，每个人在自己的职责范围内都是至高无上的，因为那是法律和制度赋予你的权力。但是，同样，一个人也只可以在自己的职责范围内纵横驰骋，超出其职责围便寸步难行，这就是成熟的民主制度。
一个社会，如果不能对个人的权力进行有效的监督和制约，权力必然走向腐败。靠所谓的个人素质，是不可靠的，而且没有监督的权力本身具有很强的腐蚀作用。所谓，在不好的制度下，好人可能变成坏人，在好的制度下，坏人也很难为所欲为。
能够在人前发号施令，这是个人利益的高层次的追求，权力欲对人来说是一般都是很强的一种欲望。而对于手中有权的人，可能最反感的就是对他的限制和监督。有谁不想说了就算，有谁不想一言九鼎。
如果是普通教授提出民主管理学校，有参政议政的愿望，这是很自然的。但是，蔡元培作为校长，作为大权在握的人，主动的进行这样的变革，才更加显得难得可贵。
当年蔡元培时代的北大学生，后任国立中央大学、清华大学校长的罗家伦这样说：“以一个大学来转移一时代学术或社会的风气，进而影响到整个国家的青年思想，恐怕要算蔡孑民时代的北京大学。”
胡适、陶行知的老师，美国着名教育家、哲学家、社会学家、实用主义学派创始人约翰?杜威也说过这样一段话：“拿世界各国的大学校长来比较，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等等，这些校长中，在某些学科上，有卓越贡献的，不乏其人；但是，以一个校长身份，而领导那所大学对一个民族、一个时代，起到转折作用的，除蔡元培而外，恐怕找不出第二个。”?
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