1895年（光绪二十一年），参加上海“强学会”。次年，与黄遵宪办《时务报》，自任经理，延梁启超主编。曾着文宣传资产阶级民权思想。后改为《昌言报》，不久停刊。
1898年创《时务日报》于上海，旋易名《中外日报》，拥护清政府实行“新政”。曾支持上海人民反对法人侵占“四明公所公墓”。
1901年《辛丑条约》签订后，俄军久驻奉天（今沈阳市）不撤，他愤然致电中外，慷慨力争。
1904年任内阁中书。1907年在北京办《京报》。1910年（宣统二年）办《刍言报》。着有《汪穰卿遗着》《汪穰卿笔记》等。
蔡元培到京后，开始听到的消息是因为经费困难，缓派赴欧留学人员。他将给清廷学部的留德申请呈上后，便耐心等待。经多方打听，不久便搞清楚了，原来“愿赴欧美者人数太少，派送之事竟搁置不办”，蔡元培的同乡肖伯棠，缪献甫极力劝说他自费留学，并慨然代为筹资。
蔡元培于是一方面应译学馆馆长章一山之聘，出任该馆国文教员。一方面向学部申请自费留学，等待批准。
1907年4月，清政府任命孙宝琦为驻德公使，这为蔡元培赴德提供了机会。孙宝琦的弟弟孙宝暄与蔡元培是故交，由孙宝暄从中介绍，蔡元培到孙宝琦家登门拜访，求孙宝琦帮忙，在驻德使馆安排一任职，帮助他实现留德的心愿。
孙宝琦早就认识蔡元培，并且印象极佳。不但一口答应帮忙，为免于影响他的学习，给他安排了个虚职。除了为蔡元培去德国提供方便外，实际是每月资助学费30两(合42银圆)。
与此同时，蔡元培还通过挚友张元济与上海商务印书馆商洽，特约他在德国为该馆翻译德文着作，每月付给稿酬100银圆。这两笔收入远不能解决蔡元培在德国的费用和国内妻儿的家用，但蔡元培迫切的心情使他也顾不了许多。
很快，蔡元培抛家别子，于6月随孙宝琦一行前往德国，开始了他的首次欧洲之行。
据统计，清末留德的中国学生前后总计有114人，其中官费生87名，自费生27名，年龄多数不到25岁。在早期众多的留学生中并不乏自费生，但是，蔡元培可谓是不依赖国内支持、“半工半读”的第一个留学生。而且当时的蔡元培已是年近四旬，年纪远远超过其他留学生。
蔡元培在德国第一年居住在柏林，由于经济拮据，生活非常艰苦，他曾以“半佣半丐之生涯”来形容自己的这段德国求学生活。
为解决在德国生活和求学的费用，蔡元培在孙宝琦的介绍下，为时在柏林留学的唐绍仪之侄等四人做国学家庭教师，月薪100马克(合55银圆)。
在为他人补习国学获得一定生活费用的同时，蔡元培还要请老师为自己补习德语。蔡元培虽在青岛时学过德语，但远没过关。德语那生疏的文法、拗口的发音对年近四十的蔡元培来说，学习起来艰难程度可以想见。
蔡元培初到德国时住在柏林，主要补习德语，为考柏林大学作准备。
1908年暑假，蔡元培便申请就读德国最有名的柏林大学，但因不能提供中学毕业证书而无法注册入学，他只好离开柏林前往莱比锡大学。没有进入德国最有名的柏林大学当然遗憾，但莱比锡大学也属当时的尖子大学，建于1409年，是德国最古老的大学之一，拥有哲学家和实验心理学创始人冯特和历史学家兰普来西等一批一流的学者。当蔡元培来到莱比锡大学时，正是大学500年校庆的前夕，也是莱比锡大学最为辉煌的时期，学生人数达到人之众。
关于这段经历，蔡元培曾自述：“我在柏林一年，每日若干时学习德语，若干时教国学，若干时为商务编书，若干时应酬同学，实苦应接不暇。德语进步甚缓，若长此因循，一无所得而归国，岂不可惜！适同学齐君宗颐持使馆介绍函向柏林大学报名，该大学非送验中学毕业证不可，遂改往来比锡（Leipzig）进大学。”?
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