这场兵变表面上的原因，主要就是“要赏结聚”“挟增月饷”，就是说索要欠饷，聚众闹事；这个时期的军饷，募兵制一般是每年十八两，但是东征平倭是远途作战，有所不同。
当时经略军务的宋应昌将南军的军饷提高了一倍，达到了一年四十多两左右，宋应昌在职的时候，都是按此标准执行，问题是他在第二次抗倭援朝战争前被解职，截止被解职时，军饷并未全部按期发放，这成为了绝大的隐患。
南兵闹事的原因，也并非全是军饷拖欠的原因，还有第一次平倭作战时该得的赏金，毕竟都是提着脑袋拼命去的，仗打赢了，事先答应的赏金却迟迟没有，这当然让人寒心。
宋英昌优待平倭士兵，这是好的，能提高士气，激发战斗力，但他离职时没有做好善后，宋英昌自己也在给内阁首辅王锡爵的书信中说：平壤首级大功未赏，各军志意似不如前，是人事不在我，幸相公留意焉。
这背后却有着更深层的原因；欠饷本是军中常事，士兵不满乃至闹事也并不鲜见，为何立下汗马功劳的南兵会被屠戮？这牵涉到另外一个方面的问题：明军中的南北之争。
蓟镇的南兵其实大多都是戚继光从江南一代招募的子弟兵，前后共有二万余人。
在第一次平倭战争中，吴惟忠率领蓟镇三千七百多名南兵参战，表现出色，有目共睹。
朝鲜人在《朝鲜宣祖实录》中如此评价南兵：“南兵不顾生死，一向直前，吴惟忠之功最高。”
“游击吴惟忠领南兵进攻密德牡丹峰土窟，其军力战，死伤尤多。”
但是，统帅李如松，却是北军的灵魂人物，他在战后的军功分配上，明显偏向北军，把原来南军的战功按到北军头上，比如平壤的“首叙”之功，是吴惟忠奋勇先登，结果到了最后，被归到了北军将领杨元头上。
不得不说，李如松这手做得不地道，南兵将领王必迪甚至直斥李如松“不智不信不仁”，下级当面斥责上级，可想而知南兵的愤怒。
南兵没有得到公正对待，事先许诺的奖赏也不到位，明军内部北兵与南兵之争愈演愈烈，碧蹄馆之战后，因此李如松战意消沉，没有进一步的军事动作，这是一个重要原因。
当年戚继光为何特意要将南兵调到蓟镇，就是想以此作为垂范，整顿北兵的风气，籍此来练兵，戚家军的军纪有目共睹，即使在之后出国的远征中也同样如此。
但戚继光这么做，必然会伤害部分人的利益，同时也造成南北兵之间的矛盾，戚继光在的时候，他的威名赫赫，还不至于表现得很明显，而等戚继光去世以后，大明再无这般名将压阵，这争端导致的裂缝就越来越大。
南北的争端，并不局限于军中，朝堂之上，更是剧烈，张居正、戚继光去世后，继任者多是北方人，等支持南兵的宋英昌被罢官后，南兵更加势单力孤，无人为他们说话，前面答应的饷银，更是不知找谁去要。
而这时候的蓟镇总兵王保，却也是北方人；所以，蓟镇兵变的爆发，就是大明南北地域矛盾的一次爆发，在这次兵变中，缺少支持的南兵被心怀怨恨北方军官诱杀，随后扣上个谋反的罪名，这才是事实的真相。
不过如果再往深层次探究，这就反映出明朝军队制度乃至政治制度的弊端。
明朝军事，从起初的军户制到随后的募兵制，发展到万历晚期，已经运行得越来越艰难，从根源上，又与财政息息相关，仰赖张居正改革十年间，国库得以充实，不过三大征一打，就再也没有恢复。
“皇帝不差饿兵”这个说法，估计深居皇宫的万历没有听说过，崇祯应该也没有听说过，正是他们不断的差“饿兵”，“饿兵”都变成了“贼兵”，最后，大明终于亡于“饿兵”手里。
蓟镇之变，其实可以看做是对万历，对明帝国的一个警告，身为九边重镇之首的蓟镇出了这样的事，一定是哪些制度、哪些环节上出了问题，这样继续下去，大明帝国很危险！
可惜，万历和群臣选择性忽略了、忽视了，甚至这件事的罪魁祸首蓟镇总兵王保，事后受到了什么追究？
什么都没有，王保随后替代董一元镇守辽东，卒于任上，死后赠左都督。
南兵将士们半年前刚刚为国家远征归来，在异国土地上扬名立万，在战争中奋勇当先，可是，这些军人，没有死在战场上，却在驻地被诱杀，何其可悲！
因此而导致的兵无战心，因为这南北之争是上层之争，下层军兵何分南北？这是大明朝内阁斗争的一次延伸，也是党争的延续，后果却让明军基层将士为之承担。
因此蓟镇之变后，戚继光花费十六年时间，苦心积虑构筑的防线很快失去了作用，而在蓟镇事变三十多年后，东奴长驱直入，大明的北边各重镇不堪一击，它们仿佛已失去了屏障作用，只剩一道道边墙。
这样的大明，也难怪会亡，这是万历二十三年的事了，至今已经四十九年了，如果不是杨伊力挽天倾，那么今日，将是明朝灭亡的时间。
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