等A世界火车爆炸事件发生，A世界的源代码计划开始启动，A世界的柯尔特被不断的投放到无尽的B世界，找寻A世界火车爆炸的真凶。
这些B世界因为是A世界的平行世界，所以火车上都被恐怖分子设置了炸弹，A世界的柯尔特将B世界火车上的所有乘客都审问了一遍，最后终于找到了恐怖分子德里克·佛洛斯特。
A世界的柯尔特意识被回收，拉特利奇博士利用柯尔特获得的信息制止了第二次核弹爆炸，功成名就。然后博士违反最初的约定，命令古德温将柯尔特的意识格式化，以待执行下一次任务，在博士的概念里，柯尔特的意识已经成了他功成名就的神器。
其他人都去庆祝了，只有古德温还在和A世界的柯尔特聊天，因为古德温收到过X世界柯尔特发送的短信，知道“源代码”计划的厉害，所以她最后被A世界的特尔特说服，答应了他“送我回去，中止我的生命”的要求，支走了旁边的同事，将其送进了C世界拯救火车上死去的民众，然后在八分钟结束前中断了A世界柯尔特残躯的维生装置，终止了他的生命。
A世界的柯尔特意识来到C世界（最后一个B世界），轻车熟路的解决了火车上的炸弹，抓住了恐怖分子并将其控制，然后报警。八分钟之后，这个世界没有毁灭，A世界的柯尔特意识也没有消失，他变成了C世界的肖恩·芬特雷斯
电影结尾的时候，C世界的肖恩·芬特雷斯给C世界的古德温发送了一条短信，请求她拯救C世界的柯尔特·斯蒂文斯。
而因为C世界的恐怖袭击被C世界的肖恩·芬特雷斯的制止，所以这个世界的“源代码”计划还没有真正成功过。
或许等下一次恐怖袭击，C世界的柯尔特·斯蒂文斯被派去执行任务，结局还是会被C世界的古德温拯救。
如此往复循环。
无穷无尽。
这就是《源代码》的世界。
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