但他在奏请前未事先与刚上任的王之臣商议。
王之臣本就反对这一安排，二人由此产生不和，袁崇焕甚至一度请求辞职。
后来在明廷的调解下，袁崇焕上疏自责，同意让满桂镇守山海关，赵率教移镇宁远，此事才暂时平息。
但二人之间的分歧并未彻底消除。
此后，袁崇焕与王之臣在辽东治理与军事策略上的分歧愈发明显。
例如，袁崇焕主张贯彻“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的构想，计划在关外大力推行军屯，却遭到王之臣的反对，明廷也未批准这一方案。
此外，努尔哈赤死后，袁崇焕欲在后金汗位更迭之际“趁机进剿”。
先利用自己便宜行事的权力，派遣李喇嘛前往沈阳，以吊祭努尔哈赤为名窥探后金虚实。
后金新汗皇太极趁机提出议和请求，袁崇焕有意答应，打算“因而间之”（趁机离间后金内部关系）。
王之臣却坚决反对派遣吊祭使者与后金议和，认为此举会令明朝的藩属蒙古与朝鲜心寒。
当时当权的大太监魏忠贤支持袁崇焕的主张，于是明朝与后金从十二月起开始议和交涉。
在此期间，袁崇焕先主持修建松山、杏山二城，后又修建锦州、大凌河、小凌河三城。
为获得更多支持，袁崇焕的立场逐渐向“阉党”倾斜，自十月下旬起，他几乎每次上疏都会称颂魏忠贤一番，甚至表示“臣今春宁远之战，则厂臣（魏忠贤）之所谋也”。
天启七年（1627年）二月，王之臣因与袁崇焕分歧过大，称病请求辞职，明廷批准其请求，并空缺督师之位，由辽东巡抚袁崇焕一人主持辽东事务。
袁崇焕上疏推辞，并提出“守为正着、战为奇着、款为旁着”的战略方针，明廷未同意其辞职请求，仍命他主持辽事。
就在此时，后金入侵朝鲜（即“丁卯之役”）的消息传来。
事实上，袁崇焕此前已从明朝潜伏在后金的内应刘兴祚那里得知这一消息，但并无证据表明他按照刘兴祚的建议提醒朝鲜做好防备。
等到后金入侵朝鲜的消息正式传开后，袁崇焕命令水营都司徐勇曾、张斌良、汪翥各率领二十艘战船、五百名兵士作为先锋，东援朝鲜，然而朝鲜方面在三月初便与后金达成和议，明军援兵未及发挥作用。
三月十一日，天启帝听从兵部尚书冯嘉会的建议，命袁崇焕趁后金“远掠巢虚之时，挑选关宁精锐，择智勇之将，轻骑入捣，大兵陈河，相机续济，以牵奴后而纾属国之急”。
袁崇焕随即派遣总兵赵率教及副总兵左辅、朱梅等率领九千人精锐前往三岔河一带执行“捣剿”任务，随后又派参将徐琏率领一千名水兵东援朝鲜。
但这些行动仅为虚张声势，并未对后金形成有效牵制。
四月，袁崇焕上疏为自己辩解，称后金“十万掠鲜、十万居守”，并非兵力空虚。
直接“捣剿”风险过大，只能在确保山海关与宁远安全的前提下，让赵率教等人伺机行动，这一说法未能消除朝廷内外的质疑。
与此同时，明朝与后金的议和交涉彻底破裂。
皇太极指责袁崇焕“诈称和好，乘间葺城”。
认为明朝借议和之名暗中修建锦州等城，实为备战，遂于五月亲率大军进攻新筑的锦州等城。
袁崇焕迅速调整部署，命赵率教及左辅、朱梅移驻锦州，加强防守。
五月十二日，后金军首次攻城，赵率教等人率领守军顽强抵抗，成功击退后金攻势。
此后，皇太极改变策略，对锦州采取围而不攻之策，试图耗尽城内粮草。
袁崇焕见状，抽调宁远兵力，派满桂、尤世禄等将领率军两次救援锦州，却均被后金军阻拦，未能抵达锦州城下。
五月二十七日，皇太极在留兵继续包围锦州后，亲率数万大军转而进攻宁远。
面对后金的突袭，袁崇焕与满桂在守城方略上爆发激烈冲突：
袁崇焕主张沿用宁远之战“坚壁清野、凭城固守”的打法，依托城池与红夷大炮的优势消耗敌军；
满桂则认为应主动出城迎战，挫敌锐气，二人争论愈发激烈，满桂甚至在争执中折断袁崇焕的令箭。
最终，双方各退一步，袁崇焕坐镇宁远城中统筹调度，满桂、尤世禄、祖大寿等将领率领精锐出城，在城外列阵迎敌，红夷大炮则从城上提供火力支援。
二十八、二十九两日，后金军多次发动猛攻，明军将士奋勇杀敌，加上大炮的威力，后金军伤亡惨重，始终无法突破明军防线。
皇太极见宁远久攻不下，又担心锦州守军出城夹击，只得率军撤回，转而再次围攻锦州。
六月初，赵率教率领锦州守军抓住时机反击，后金军久攻锦州、宁远皆失利，士气低落，皇太极无奈之下，只得下令撤军。
撤军前还拆毁了尚未完工的大凌河、小凌河两城，此次战役即“宁锦之战”。
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