龙江关的胜利，其影响远超一次工程的成功。它以一种无可辩驳的方式，向朝野上下宣告了“格物”之学的力量——并非仅仅是战场上的杀人利器，更是能够切实“利国惠民”的强国之道。凌云的名字，连同“天工院”，不再是“奇技淫巧”的代名词，而是与“效率”、“革新”、“实绩”紧密相连。
顺势而为：格物院的崛起
朱棣龙心大悦，对凌云的信任和支持达到了一个新的高度。借此东风，凌云再次上奏，请求正式确立“皇家格物院”的规制、扩大规模，并赋予其独立招生、授课、考核、授予“格物士”出身（一种类似科举功名，但侧重于技术的人才认定）的权力。
这一次，朝堂上的反对声音虽然依旧存在，却显得虚弱了许多。
徐理再次出列，陈述“重工轻文，恐坏士林风气”的老调，但语气已不似以往那般斩钉截铁。
周御史之流虽仍以“背离圣学”攻讦，却难以拿出有力的实证反驳漕运改良带来的巨大效益。
朱棣乾纲独断：“凌云所奏，乃为国储才，兴利除弊之要务。准！即着礼部、工部协理，扩建皇家格物院，准其依制招生授业。所出‘格物士’，经考核优异者，可入工部、将作监、乃至地方工房任职，视同科举正途！”
这道旨意，无疑是在传统科举取士的壁垒上，硬生生凿开了一道口子。虽然“格物士”的地位和前途远不能与进士相比，但它毕竟为无数无法通过科举，却拥有技艺天赋的人才，提供了一条通往仕途和认可的崭新路径，意义非凡。
格物院的招生再次掀起热潮。这一次，前来报名的不仅是工匠子弟和破落书生，更有不少中小地主、商贾之家，甚至是一些低级官吏的子弟，敏锐地嗅到了新的机遇。考核依旧严格，侧重算学、格物原理和动手能力。
凌云亲自参与了部分面试。
面对一个对《九章算术》倒背如流，却对杠杆原理一窍不通的年轻书生，他问道：“若欲移动千斤巨石，给你一根足够长的硬木，你当如何？”
书生茫然。
凌云耐心引导：“可曾留意乡间撬动石碾？”
另一工坊学徒，虽识字不多，却能迅速用木条和绳索搭建出稳固的支架，并清晰解释其受力之理。
凌云颔首：“格物之学，在于明理致用，手脑并重。尔等各有所长，入院后需互补短长。”
院内设立了“机械”、“算理”、“材工”、“化育”（初步涉及化学知识）等学斋。教材由凌云主导，郭衡等人参与，加速编纂，内容深入浅出，强调实证与逻辑。授课方式也令学子们耳目一新：不仅有课堂讲解，更有大量的实验、工坊实习和小组课题。
然而，新旧思想的碰撞在格物院内部也异常激烈。文人子弟鄙薄工匠出身者“粗鄙无文”，工匠子弟则嘲笑对方“手无缚鸡之力”，争吵甚至斗殴时有发生。更有甚者，一些抱有“学成手艺，升官发财”投机心理的学生，对艰苦的基础学习和工坊实习叫苦不迭。
凌云不得不耗费大量精力整饬学风。他亲自训话：“格物之道，首重求真务实！无论尔等出身如何，入院便需忘却门户之见！文人需放下身段，接触斧凿；匠人需勤学文字，明晓数理！手脑分离，空谈误国，亦误自身！”他设立“互助学社”，强制不同背景的学生组成小组，共同完成项目，促进融合。同时，也让马三宝暗中清理了一批心术不正、背景可疑的“害群之马”。
燎原之势与灼伤之痛
就在格物院艰难步入正轨的同时，凌云推动的另一项变革，引发了更直接、更剧烈的社会震荡。
他通过“大明实业总公司”（一个由勋贵、商人投资，天工院以技术入股的雏形股份制企业），开始向江宁、苏州等地的民间织坊，推广经过简化、更适合小规模生产的新式水力纺纱机和飞梭织布机。
效率是惊人的。一台新式纺纱机的工作效率，可抵三十名熟练纺工！一架飞梭织布机的出布速度，是旧式织机的五倍以上！而且布匹质量更加均匀、紧密。
巨大的利益驱使下，一些有远见（或敢于冒险）的商人和织坊主开始引进这些机器。然而，随之而来的，是大量依靠手工纺纱织布为生的家庭织户和小作坊，迅速失去了竞争力。
“机器一响，黄金万两；织机一停，饿殍遍野！”
愤怒的失业织户和传统行会成员，聚集在江宁织造衙门以及府衙前，抗议、请愿，甚至发生了砸毁新式织坊的暴力事件。
“狗官凌云！与民争利！”
“砸了这些妖机！还我饭碗！”
群情汹涌，社会秩序一度面临挑战。
一直隐忍不发的保守派官员，如同嗅到血腥味的鲨鱼，立刻群起而攻之。
徐理在朝会上，痛心疾首，老泪纵横：“陛下！前番漕运之事，老臣或可说是利弊参半。然今日织户之乱，皆因凌云推广机器，夺民之食而起！《孟子》云，‘民之为道也，有恒产者有恒心，无恒产者无恒心’。今无数织户失其恒产，民心惶惶，长此以往，国将不国！此非强国，实乃祸国之举！请陛下明察，立即废止新式织机，严惩凌云，以安民心！”
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