夜色如墨，毛利侦探事务所的窗户透出温暖的灯光。柯南刚挂断朱蒂的电话，眉头紧锁。
“波本……”他在心中默念这个名字，眼神凝重。
与此同时，阿笠博士家。灰原哀正坐在窗边看书，突然打了个冷颤，一种莫名的压迫感悄然爬上心头。
第二天，少年侦探团带着一年级A班的杉浦开人来到博士家。开人神情紧张地委托道：“我爸爸是木马庄公寓的所有人，最近有三个住户很可疑，我担心他们在策划坏事……”
当天下午，柯南、工藤夜一、灰原哀和侦探团赶到木马庄，却发现公寓已被大火烧成废墟。警方在现场找到了开人的日记，里面将三名可疑住户记为“红、白、黄”三种颜色的人，其中“黄色的人”有重大纵火嫌疑。
当三名房客出现在现场时，灰原哀突然感到一股强烈的压迫感，仿佛黑暗组织的气息就在附近。工藤夜一立刻将她护在身后，但那感觉又瞬间消失了。
三名房客中，最神秘的是东都大学研究生冲矢昴。他自称最喜欢和最讨厌的颜色都是黑色，并指出柯南的推理方式类似福尔摩斯的《铜山毛榉案件》，表明自己也是福尔摩斯迷。
通过分析，柯南和冲矢昴发现开人是按车辆颜色给房客命名的：冲矢昴的红色消防车对应“红色的人”；细井的白色救护车对应“白色的人”；真壁的黄色工程车对应“黄色的人”。
真相很快水落石出。真壁吟也因在家埋箱子被开人父亲发现，争吵中将其推下楼，误以为杀人，遂纵火掩盖罪行。所幸开人父亲只是重伤，并无生命危险。
案件结束后，冲矢昴请求住在阿笠博士家，被灰原哀拒绝。柯南征得工藤夜一同意后，让他住到了新一家。几天后，小兰和园子去新一家打扫，误将冲矢昴认作小偷，幸好夜一及时出现化解了误会。
而在城市的某个角落，一双冰冷的眼睛正注视着这一切。一个低沉的声音在黑暗中响起：“看来，游戏开始了。波本，祝你好运。”
冲矢昴住进新一家后，柯南和夜一对他保持着警惕。冲矢昴白天在附近的东都大学做研究，晚上则喜欢在新一家的书房看书，尤其是福尔摩斯探案集。
一天傍晚，柯南放学回家，发现冲矢昴正站在阳台，望着远处的天空出神。
"在想什么？"柯南走过去问道。
"在想今天的天气真不错，适合散步。"冲矢昴转过身，微笑着说，"不过，东京的天空总是被高楼大厦分割得支离破碎，不像伦敦，能看到完整的天空。"
柯南注意到他提到了伦敦，心中微微一动。这个冲矢昴，似乎对英国文化情有独钟。
"你去过伦敦？"柯南试探着问。
"只是在书上看到过。"冲矢昴推了推眼镜，"福尔摩斯的故乡，总有一种特别的魅力。"
柯南没有再追问，只是若有所思地点了点头。
与此同时，在东京的另一处地方，一辆黑色的轿车停在偏僻的巷子里。车内坐着两个男人，其中一人戴着墨镜，正通过耳机听着什么。
"目标最近有什么异常举动？"墨镜男问道。
"没有明显异常。"耳机里传来一个低沉的声音，"她每天按时上学放学，偶尔去阿笠博士家。值得注意的是，工藤新一的家最近住进了一个新的男人。"
"哦？是谁？"
"东都大学研究生，冲矢昴。表面上看只是个普通的学者，但我总觉得这个人不简单。"
墨镜男沉默了片刻，嘴角微微上扬："有意思。看来我得亲自去会会这位冲矢昴先生了。"
周末，小兰提议去新一家看看，顺便帮夜一和冲矢昴打扫卫生。园子欣然同意，还调侃说要看看那位"新住户"到底长什么样。
两人来到新一家门口，按了门铃，却没有人应答。
"可能出去了吧。"小兰说道，正准备离开，却发现门虚掩着。
"咦？门没锁。"园子推开门，"我们进去等吧。"
两人走进客厅，发现里面空无一人。
"有人在家吗？"小兰喊道。
没有回应。
园子好奇地四处张望："这就是工藤新一的家啊，果然很有侦探的风格。"
突然，书房传来一阵轻微的声响。
"有人！"小兰警觉地摆出空手道架势。
两人小心翼翼地走向书房，推开门，只见冲矢昴正站在书架前，手里拿着一本书。
"啊！小偷！"园子尖叫一声。
冲矢昴被吓了一跳，转过身来："你们是谁？怎么进来的？"
"这话应该我们问你才对！"小兰厉声说道，"你好大的胆子，竟敢闯工藤新一的家！"
冲矢昴这才认出她们："哦，是小兰小姐和园子小姐啊。误会，都是误会！"
"误会？"园子双手叉腰，"你一个陌生人在别人家里，还说误会？"
就在这时，工藤夜一从卧室走了出来："好了好了，都是自己人。"
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