在逆流过程中，联军遭遇了由熵钥主宰制造的「记忆吞噬者」。这些怪物形如扭曲的时钟，能将人的记忆碎片剥离并转化为攻击。战斗中，一位机械修仙人的记忆被吞噬，竟当场退化回孩童状态，只会用稚嫩的声音念叨着战斗口诀。关键时刻，零枢将自己的部分意识数据注入孩童体内，才让其恢复战斗能力。
终于抵达时间之河源头，众人发现「时间齿轮」被锁在一座由因果律构成的牢笼中。牢笼的开启条件是解开「因果悖论谜题」：若要拿到齿轮，就必须先摧毁齿轮；若不摧毁，就永远无法拿到。秦佳豪通过多次因果重构，创造出「因果循环」的特殊状态——在拿到齿轮的瞬间，将其传送到过去的自己手中，成功破解谜题。
装上时间齿轮后，维度坐标罗盘启动，联军定位到返回主宇宙的通道。但此时熵钥主宰完全苏醒，操控概念黑洞将整片雏形空间卷入混乱漩涡。秦佳豪与队友们将真理之匙、永恒之种和罗盘的力量结合，发动「维度共振炮」，在黑洞表面轰出缺口。在撤退过程中，弦音为掩护众人，独自留下用银丝网络缠住黑洞边缘，她的身影在剧烈的能量冲击下渐渐透明化。
成功返回主宇宙后，万界同盟发现星树枢纽因维度旅行发生异变——永恒之种开始结出蕴含高维力量的果实，真理之匙则悬浮在枢纽上空，成为能观测其他维度的「眼睛」。而在宇宙暗处，那个手持棱镜的神秘观测者将新生成的混沌方程式投入星门，喃喃自语：“游戏的第二幕，该换个更有趣的剧本了……” 与此同时，在联军的庆功宴上，秦佳豪收到了一条来自未知维度的信息，署名是消失的弦音，内容只有一句话：“别担心，我在时间的褶皱里找到了新的乐谱。”
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