仁寿元年（公元601年，辛酉年）
春天，正月乙酉初一，大赦天下，更改年号。
任命尚书右仆射杨素为左仆射，纳言苏威为右仆射。
丁酉日，改封河南王杨昭为晋王。
突厥的步迦可汗侵犯边塞，在恒安打败了代州总管韩弘。
任命晋王杨昭为内史令。
二月乙卯初一，发生日食。
夏天，五月己丑日，突厥有男女共九万人前来投降。
六月乙卯日，派遣十六位使者巡视各地风俗民情。
乙丑日，下诏说天下学校的学生数量多但质量不精，只留下国子学的七十名学生，太学、四门学以及州县学都予以废除。前殿内将军河间人刘炫上奏表恳切劝谏，皇上没有听从。秋天，七月戊戌日，将国子学改名为太学。
当初，皇上接受北周禅让，担心民心不服，所以经常宣扬一些祥瑞征兆来彰显天命，那些伪造祥瑞进献的人，多得数都数不清。冬天，十一月己丑日，在南郊举行祭祀，就像封禅的礼仪一样，祭文里详细叙述了前后出现的祥瑞，以此来答谢上天。
山獠发动叛乱，朝廷任命卫尉少卿洛阳人卫文昇为资州刺史去镇守安抚。卫文昇本名玄，人们习惯称呼他的字。他刚到任时，獠人正在攻打大牢镇，卫文昇独自一人骑马来到他们的营地，对他们说：“我是刺史，奉了天子的诏令来安抚你们，不要害怕！”一群獠人都不敢乱动。接着卫文昇向他们说明利害关系，首领们听了很感动，就撤兵离开了，前后归附的獠人有十多万。皇上非常高兴，赏赐给卫文昇两千匹细绢。壬辰日，任命卫文昇为遂州总管。
潮州、成州等五个州的獠人造反，高州酋长冯盎快马赶到京城，请求前去讨伐。皇上让杨素和冯盎一起讨论贼寇的形势，杨素感叹道：“真没想到蛮夷之中竟有这样的人才！”随即派遣冯盎征调长江、岭南的军队前去攻打。叛乱平定后，任命冯盎为汉阳太守。
下诏任命杨素为云州道行军元帅，长孙晟为受降使者，协助启民可汗向北攻打步迦可汗。
仁寿二年（公元602年，壬戌年）
春天，三月己亥日，皇上前往仁寿宫。
突厥的思力俟斤等人向南渡过黄河，掳掠了启民可汗的男女六千口以及各种牲畜二十多万头后离去。杨素率领各路军队追击，辗转作战六十多里，大败突厥，突厥向北逃窜。杨素继续追击，夜里追上了突厥。他担心突厥逃脱，就让骑兵稍微滞后，自己带着两名骑兵和投降的两名突厥人，和突厥队伍并行，突厥人没有察觉。等突厥人停下来安营，还没安顿好的时候，杨素催促后面的骑兵突然袭击，又一次大败突厥，把所有被掳掠的人和牲畜都夺回，归还给启民可汗。从这以后，突厥远远地逃走，沙漠以南地区再也没有突厥人来侵扰抢劫了。杨素因战功晋升他的儿子杨玄感为柱国，赐杨玄纵淮南公的爵位。
兵部尚书柳述，是柳庆的孙子，娶了兰陵公主。他倚仗着皇上的宠爱，骄横任性，连杨素这样的大臣都不放在眼里。皇上问符玺直长万年人韦云起：“外面有什么不好的事情，你可以说一说。”柳述当时就在旁边侍奉，韦云起上奏说：“柳述骄横跋扈，又没经历过什么大事，军事机要这么重要的职责，他担当不了。就因为他是公主的丈夫，才身居要职。我担心大家会议论陛下‘选官不看贤能，只偏爱自己亲近的人’，这可是很不好的事情。”皇上觉得他说得很对，回头对柳述说：“云起说的话，就像治病的药石，你应该把他当成老师和朋友。”秋天，七月丙戌日，下诏让朝廷内外的官员各自举荐自己了解的人才。柳述举荐了韦云起，韦云起被任命为通事舍人。
益州总管蜀王杨秀，容貌英俊，身材魁梧，有胆气，喜欢武艺。皇上常常对独孤皇后说：“杨秀最终肯定不得善终，我在世的时候他大概不敢怎样，但等我去世，他和兄弟们在一起，肯定会造反。”大将军刘哙去讨伐西爨的时候，皇上命令上开府仪同三司杨武通带兵随后进发。杨秀任命宠信的万智光为杨武通的行军司马。皇上认为杨秀用人不当，就责备了他，还对大臣们说：“破坏我定下的规矩的，就是子孙。这就好比老虎，其他东西伤害不了它，反而会被它毛里的小虫子啃食。”于是削减了杨秀统领的部分权力。
自从长史元岩去世后，杨秀逐渐变得奢侈，超越了自己的身份，他制造浑天仪，还抓捕了很多山獠人充作宦官，他的车马服饰，都仿照皇帝的规格。
等到太子杨勇因为被人进谗言而被废，晋王杨广成为太子，杨秀心里很不服气。太子杨广担心杨秀终究会成为后患，就暗中让杨素寻找杨秀的罪过，然后在皇上面前诋毁他。皇上于是征召杨秀入朝，杨秀犹豫不决，想称病不去。总管司马源师劝谏他，杨秀生气地说：“这是我家的事，跟你有什么关系！”源师流着泪回答说：“我有幸参与王府的事务，怎么敢不尽心！皇上有诏令征召大王，已经过去好些日子了，现在您还拖延着不去。百姓不了解大王的心意，万一产生什么不好的议论，朝廷内外都疑惑惊骇，到时候皇上发下严厉的诏书，派来使者问责，大王您怎么解释清楚呢？希望大王仔细考虑！”朝廷担心杨秀会生变故，戊子日，任命原州总管独孤楷为益州总管，让他快马去接替杨秀。独孤楷到了之后，杨秀还是不肯走；独孤楷劝说了很久，杨秀才上路。独孤楷察觉到杨秀有反悔的神色，就带兵做好防备；杨秀走了四十多里，打算回来袭击独孤楷，侦察后得知对方有防备，才作罢。
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