为避免“审核冗余”与“把关不严”两种极端，纪云舟在审核环节增设“分级审核”机制：一般政令由门下省侍郎审核，重大新政诏令需由侍中亲审，涉及律法修订、重大财资调拨的，需联合刑部、户部共同审核，确保政令合规、可行。
新规推行后，首个试点决策“全国新麦种推广方案”落地。户部与礼部联合提出议题，调研团队赴河南、江南等地实地考察，吸纳柳恒、李董的推广经验，形成论证报告；阁议时复盘“分段育苗法”推广成效，快速审定方案；中书省草拟诏令后，门下省联合户部审核资金拨付流程，确保合规；最终诏令签发后，都察院安排御史分赴各地督查，确保推广到位。
地方官员对此反响热烈，浙江布政使秦仲上书：“中枢决策流程规范后，诏令清晰、要求明确，配套措施同步到位，以往‘政令模糊、配套滞后’的问题彻底解决，基层执行效率大幅提升！”
萧燊得知后，下旨嘉奖孟承绪、纪云舟团队：“决策规范则政令畅通，政令畅通则民心凝聚。卿等梳理流程、严控合规，为新政深化筑牢源头根基，功不可没！”
新政深化推进之际，跨部门协同不畅仍是亟待破解之顽疾。此前西北边防军需调配与漕运衔接滞涩、江南治水资金与地方行政协调脱节等问题，虽未酿成大患，却已拖累新政质效。萧燊当机立断，诏令尚书令楚崇澜牵头，建立“跨部门协同联席会议制度”，靶向破解部门壁垒、权责交叉之弊。
楚崇澜制定协同机制核心规则：凡涉及两个及以上部门的新政事项，由牵头部门提请召开协同联席会议，相关部门主官必须参会；会议明确各部门权责、任务节点与衔接流程，形成书面纪要；由尚书省专人跟踪督办，确保各部门按要求推进；每月汇总协同成效，纳入部门考核。
首次协同联席会议聚焦“西北边防后勤保障”议题，秦昭、谢明、于擎、方泽等相关官员参会。会议上，各方梳理出“漕运转陆路衔接滞后”“军饷与粮草调配不同步”等问题，最终敲定：方泽负责将西北军需漕运优先级提升至首位，确保漕船及时转运；谢明负责军饷按月足额拨付，与粮草调配时间精准对接；于擎负责协调边防与地方转运队伍，打通“漕运—陆路”最后一程；秦昭统筹全局，监督保障成效。
协同机制落地未久，便成效彰显——西北边防军需保障效率陡升四成。赵烈特地上书谢恩：“军需供应及时、转运衔接顺畅，将士士气如虹，鞑靼部众再不敢轻易滋扰边境！”此后，协同联席会议又接连破解“全国水利工程资金统筹”“科举新则推广与地方教化协同”等诸多跨部门难题，朝堂运转效能焕然一新。
楚崇澜将协同成效汇总上报，萧燊欣慰道：“部门协同乃新政深化之关键，以往‘各管一摊、互不衔接’的弊病已除，新政推进的质量与效率必将再上台阶。”
新政深化的核心落脚点，始终在于夯实民生根基。萧燊诏令户部、工部、礼部联署办公，全面梳理全国民生短板，最终形成《民生基础工程推进清单》，涵盖农业增产、水利修缮、教化普及、医疗改善四大领域，明确“全域覆盖、分类施策、重点突破”之原则：粮食主产区侧重农技推广与农田水利，水患多发区优先推进河道加固与排涝工程，偏远边地则强化教化资源与医疗保障配置。
农业领域，柳恒的“分段育苗法”与新麦种推广被纳入清单核心内容。户部拨付专项资金，由柳恒牵头组建农技推广团队，分赴全国粮食主产区开展培训；李董在苏州试点“农技站”，为粮农提供技术指导与种子供应，经验快速向全国推广。仅半年，全国新麦种种植面积扩大三成，预计年产量可增加两成。
水利领域，冯衍与江澈统筹全国水利修缮，沿用“分段治理”思路，将全国主要河道划分为十大治理区段，每区段由专人负责，结合地方实际制定修缮方案。江南、河南等地优先完成水利加固，有效防范了汛期水患；西北干旱地区则推进小型灌溉工程建设，缓解农业缺水困境。
教化与医疗领域，礼部修订《地方教化推进细则》，要求各州府设立官学、各县设立私塾，保障寒门子弟入学；同时推行“医官下乡”制度，由太医院牵头，培训地方医官，在各县设立惠民药局，为百姓提供平价医疗服务。苏晚卿负责督导民生政策落实，多次深入地方核查，确保教化与医疗资源真正下沉。
民生工程的扎实推进，让新政红利真正浸润千家万户。河南粮农张老汉手捧饱满的新麦，热泪盈眶：“有农技官手把手指导，又有水利工程护佑，今年收成比往年翻了番！陛下的新政，真是实实在在的惠民之策啊！”这般欣喜之声，遍布大吴疆域的乡野市井。
新政深化阶段，萧燊进一步安排太子萧佑参与中枢决策与民生统筹，提升其系统执政能力。他允许太子列席阁臣议事与跨部门协同联席会议，参与议题讨论；同时让太子牵头“民生诉求调研”，深入各地收集百姓对新政的意见与建议。
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