崇祯皇帝的怒火，一旦被点燃，便如燎原之火，迅速席卷了整个京师。关于毒杀太医、图谋刺驾的调查结果（无论其是否完全属实），以及那场发生在承天门外的对抗，都成了他彻底清洗朝堂、巩固权力的最佳借口。
冰冷的谕旨，一道接一道地从深宫发出，带着不容置疑的杀伐之气：
“罪妇李氏，原封康妃，久居冷宫，不思悔改，反暗中勾结其弟李善财及朝中逆臣，毒杀太医，图谋弑君，罪大恶极！着……即刻废黜其所有封号，于冷宫内赐三尺白绫，自尽！其父家、母家、妻家（若有）三族以内，凡在京者，一体处斩！在外者，着地方官府一体擒拿正法！”
“罪臣郑三俊，原任吏部尚书、内阁大学士，身为天官首辅（指其吏部尚书之职），本应忠心王事，辅佐朕躬，却包藏祸心，与李氏逆党、陈演逆党暗中勾结，图谋不轨，罪在不赦！着……将其夷平十族！明日午时三刻，押赴西市菜口，明正典刑，以儆效尤！其妻女……贬入教坊司，永世为奴！”
“此二案，由锦衣卫、东厂、内行厂、刑部、大理寺联合执行！即刻查抄其家产，所有田契、商铺、金银、古玩、字画，尽数封存，点算入库！有敢于阻挠、藏匿人犯或财物者，以同罪论处！”
圣旨一下，京师震动！株连九族！夷平十族！赐死皇妃！斩杀天官！这一连串酷烈无情的判决，让所有人都感受到了皇帝那不留丝毫余地的铁血决心！
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旨意传出，厂卫率先而动！
东厂番役在承天门外大开杀戒的余威尚在，新设的内行厂番役和整肃后的锦衣卫缇骑，便如同出鞘的利刃，兵分两路，从东华门、西华门鱼贯而出，直扑郑三俊府邸和李氏在京亲族的各处宅院。西厂提督曹化淳麾下的掌刑千户，也领了一队人马，向刚刚入阁的冯铨和东厂提督王承恩行礼报备后，迅速加入了这场遍及全城的抓捕与抄家行动之中。锦衣卫指挥使李若链更是亲自坐镇北镇抚司，调兵遣将，部署着这场规模浩大的抓捕行动，务求将所有“逆党”一网打尽。
相比于厂卫的雷厉风行，刑部和大理寺这两个传统的司法衙门，则显得异常尴尬和被动。接到协同办差的圣旨，两衙门的高层官员——其中大多与东林党有着千丝万缕的联系，甚至对郑三俊颇为敬重——心中又惊又惧，却又不敢公然抗旨。最终，他们只能采取了象征性的配合，各自派遣了少量品级低下、无甚背景的衙役和书吏，跟在厂卫后面“协助”登记、搬运财物，将这趟注定要背负骂名的差事，甩给了那些无关紧要的边缘人物。
崇祯对此心知肚明，却也乐见其成。正好借此机会，绕开那些盘根错节的高层官员，直接与这些渴望上爬、却苦无门路的底层吏员建立联系，施以小恩小惠，将他们收为己用。
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就在京城因大肆抓捕而陷入一片混乱之时，坤宁宫内，周皇后也得知了皇帝对李康妃和郑三俊的最终处置。当听到“九族”、“十族”这些字眼时，她惊愕得几乎站立不稳！她可以理解皇帝对叛逆者的愤怒，但如此酷烈的株连，甚至要赐死一位先帝的妃嫔（尽管已被打入冷宫），这……这实在是有违人伦，也大大超出了她的想象！
“不行！本宫要去见陛下！至少……至少要为那些无辜的妇孺求情！” 她心中只有一个念头，不顾宫女的劝阻，便急匆匆地朝着冷宫的方向走去，希望能赶在旨意送达之前，做最后的努力。
然而，在通往冷宫的宫道上，她却迎面遇上了一队由方正化亲自带领的内行厂番役，正押解着披头散发、哭哭啼啼的李康妃（西李）往外走！
“住手！” 周皇后厉声呵止，拦在了队伍前面。
那李康妃见到皇后，如同见到了救星，立刻扑倒在地，抱着皇后的腿哀哭求救：“皇后娘娘！救救臣妾！臣妾冤枉啊！陛下……陛下要杀臣妾！求娘娘看在同为姐妹的份上，在陛下面前替臣妾求求情吧！”
方正化见状，眉头一皱，示意手下番役上前，想要将李康妃拉开，继续押解。
“放肆！” 周皇后凤目圆睁，猛地上前一步，竟扬手给了方正化一个响亮的耳光！“方正化！你好大的胆子！竟敢在本宫面前，对皇贵妃（她有意提高了称呼）动粗？！谁给你的权力？！”
方正化捂着脸，又惊又怒，却不敢发作，只能躬身道：“奴才不敢！奴才是奉……奉陛下旨意……”
“陛下的旨意？” 周皇后冷笑一声，抓住了她认为的关键点，“陛下的旨意，可曾经过内阁票拟？可有内阁辅臣副署？没有票拟副署，便只是中旨！按祖制，中旨岂能用来废黜、赐死皇妃？！你身为司礼监大珰，难道连这点规矩都不懂吗？！” 她试图用传统的制度，来阻止这场在她看来过于残酷的行动。
就在两人争执不下之际，一个冰冷的声音传来：“朕的旨意，何时需要经过内阁票拟了？”
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