光和末年，黄巾军揭竿而起，天下大乱。曹操被任命为骑都尉，奉命前往颍川征讨贼寇。凭借出色的军事才能，曹操成功平定了颍川的黄巾军，立下赫赫战功，因此被升迁为济南相。济南国下辖十多个县，当地的官吏大多攀附权贵，贪污受贿之风盛行，声名狼藉。曹操到任后，立即展开调查，上奏朝廷，一举罢免了其中八个贪污腐败的官员。同时，他大力整治社会风气，严厉禁止不合礼制的祭祀活动。在曹操的铁腕治理下，那些作奸犯科的人纷纷逃窜，济南国境内一片肃然，社会秩序焕然一新。
据《魏书》记载，以往的官吏贪婪成性，依靠权贵的势力为非作歹，历任济南相都不敢对他们进行检举揭发。曹操到来之后，将这些违法乱纪的官员全部检举并罢免，这一举措让大小官员都惊恐万分，那些奸邪之徒更是纷纷逃往其他郡县。曹操推行的政令和教化得以顺利实施，整个济南国政治清明，百姓安居乐业。起初，城阳景王刘章因对汉朝有大功，他的封国为他建立了祠庙。青州各郡纷纷效仿，济南国的祠庙数量尤其众多，多达六百多座。有些商人甚至借用二千石官员的车马服饰和仪仗队，举办倡乐表演，奢侈之风日益严重，百姓因此陷入贫困。然而，历代的地方长官都不敢禁止这种现象。曹操到任后，果断下令毁坏这些祠庙，严禁官吏和百姓进行不合礼制的祭祀活动。后来曹操掌权，更是大力革除奸邪鬼神之事，世间不合礼制的祭祀活动从此逐渐绝迹。
过了一段时间，曹操被朝廷征召，准备任命他为东郡太守。但曹操却拒绝了这一任命，称自己身体有疾，于是回到家乡隐居。据《魏书》记载，当时朝中权臣专权，贵戚横行霸道，曹操不愿违背自己的原则去迎合他们。他多次与权贵们发生冲突，担心会给家族带来灾祸，于是请求留在宫中担任宿卫。曹操被任命为议郎后，常常以生病为由，辞官回乡。他在城外修建了一座房屋，春夏时节便专心研读经史典籍，秋冬之际则外出打猎，以此来消遣娱乐。
不久之后，冀州刺史王芬、南阳人许攸、沛国人周旌等人联合各地豪杰，谋划废掉汉灵帝，拥立合肥侯为帝。他们将这个计划告知曹操，希望曹操能加入他们。曹操坚决拒绝了他们的提议，认为这种废立皇帝的行为是极其危险和不祥的。后来，王芬等人的计划果然失败了。据司马彪所着的《九州春秋》记载，当时陈蕃的儿子陈逸与术士平原人襄楷在王芬家中相聚。襄楷说：“从天文现象来看，对宦官极为不利，黄门、常侍这些宦官恐怕要被灭族了。”陈逸听后十分高兴。王芬则说：“如果真是这样，我愿意为铲除宦官出一份力。”于是，王芬便与许攸等人谋划起来。恰逢汉灵帝打算北巡河间旧宅，王芬等人便想趁机发动政变，他们上书朝廷，谎称黑山贼攻打劫掠郡县，请求朝廷允许他们起兵平叛。然而，就在此时，北方天空出现一道赤气，横贯东西，遮天蔽日。太史向皇帝上奏说：“这预示着将会有阴谋发生，陛下不宜北行。”汉灵帝听后，便取消了北巡的计划，并下令王芬停止起兵，不久后又征召他入朝。王芬害怕事情败露，畏罪自杀。《魏书》中记载了曹操拒绝王芬的言辞：“废立皇帝这件事，是天下最不吉利的事情。古代有人权衡成败、估量轻重后才施行此事，比如伊尹和霍光。伊尹心怀赤诚的忠心，又占据着宰相的高位，处在百官之上，所以他无论是进是退、是废是立，都能依据形势做出决策，事情也都能顺利办成。霍光接受了辅佐国家的重任，凭借着宗室大臣的地位，在内依靠太后秉政的威严，在外有群臣共同支持的态势，而且昌邑王即位时间很短，没有形成庞大的势力，朝中也缺乏敢于直言的大臣，决策又出自亲近之人，所以他的计划实施起来如同转动圆木一样轻松，事情成功也像摧毁腐朽之物一般容易。如今你们只看到了从前的容易，却没有看到当下的艰难。你们自己想想，你们聚集的党羽，与当年的七国之乱相比如何？合肥侯的尊贵，又怎能与当年的吴、楚两国相比？你们谋划如此不寻常的大事，却希望必定成功，这不是很危险吗！”
在金城地区，边章、韩遂二人起兵叛乱，他们杀害了当地的刺史和郡守，纠集起十余万部众，一时间，天下为之震动，局势陷入极度的动荡不安之中。就在此时，朝廷征召曹操担任典军校尉一职。然而，命运的轨迹总是充满变数，恰逢汉灵帝驾崩，太子顺利即位，太后临朝听政，掌控着朝堂大权。
大将军何进与袁绍商议，打算一举铲除宦官势力，以此来稳固朝廷的统治。他们向太后提出这个建议，却遭到太后的坚决反对。何进在无奈之下，竟然想出了一个昏招，他决定征召董卓进京，企图借助董卓的力量来胁迫太后同意诛杀宦官的计划。曹操听闻此事后，不禁苦笑着评论道：“宦官这一官职，从古至今都存在，这本身并无不妥。但历代君主不应该过度给予他们权力和恩宠，以至于让他们发展到如今这般猖獗的地步。如今既然要惩治他们的罪行，只需抓住为首的元凶，派一个狱吏就足以完成此事，又何必大费周章地召集外地的将领呢？想要将宦官一网打尽，如此大的动作，事情必然会泄露出去，依我看，这个计划必定会失败。”果不其然，董卓还未抵达京城，何进就因计划泄露，被宦官们抢先下手杀害。
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