诏书中言辞犀利地揭露了桓玄拥兵自重、图谋不轨等一系列罪状，并宣称要对其进行严厉惩处。随后，司马元显亲自担任大都督一职，开始大规模地调动兵马，派遣将领出征，准备与桓玄展开一场生死较量。
然而，面对来势汹汹的讨伐大军，桓玄并未坐以待毙。他迅速作出回应，同样发布了一篇檄文，指责司马元显弄权误国，祸乱朝纲。同时，桓玄率领着自己麾下精锐之师，如猛虎下山般直扑国都建康而来。一时间，战云密布，整个建康城都陷入了恐慌之中。
尽管双方剑拔弩张，但司马元显毕竟还是太过年轻，缺乏足够的经验和勇气。他深知桓玄威名赫赫，心中不禁生出几分畏惧之情。因此，尽管已经调集好了军队，但他却迟迟不敢下令出兵迎敌。时间就这样一天天过去，局势愈发危急。
二月，眼见战事一触即发，朝中大臣们经过商议，决定采取一项特殊举措来鼓舞士气。他们精心为司马德宗换上一身崭新的军装，并小心翼翼地搀扶着这位年幼的皇帝来到西池，为即将出征的司马元显举行隆重的饯行仪式。此举意在向天下人表明朝廷对抗桓玄的决心以及对此次战役的高度重视。
然而，令人意想不到的是，尽管有着如此盛大的送行场面和众人的殷切期望，司马元显最终还是未能战胜桓玄。这场战争以司马元显的失败告终，不久之后，他本人也惨遭杀害。与此同时，司马道子作为司马元显的父亲，也受到牵连被流放他乡。至此，东晋的朝政大权完全落入了桓玄手中。
桓玄先是废掉并诛杀了司马道子和司马元显父子二人，彻底消除了潜在的威胁。紧接着，他又毫不客气地自封为丞相、太尉等要职，堂而皇之地登上了权力的巅峰，成为东晋实际上的最高统治者。
自从掌控建康以来，桓玄可谓意气风发。他不仅统领着满朝文武官员，而且还将所有重要事务统统包揽于己手，真正做到了大权独揽。可怜的司马德宗，则再一次沦为了权臣操纵之下的傀儡皇帝，失去了自由和尊严。
或许是胜利来得过于容易，桓玄在进入建康没多久之后，就逐渐变得骄奢淫逸起来。他终日沉迷于酒色声乐之中，不理政事，致使民怨沸腾，社会动荡不安。曾经那个雄心勃勃的英雄人物，如今已渐渐迷失在了权力的旋涡里……后来，三吴一带发生大饥荒，饿殍[piǎo]无数，桓玄照旧开销巨大，却大幅度削减了司马德宗的供养。与此同时桓玄也加紧了篡位的步伐。元兴二年（403）十一月，桓玄命卞范之扶着司马德宗的手写下禅位诏书，又命王谧解下了司马德宗的玺绂[fú]，司马德宗被迫禅让。翌年十二月壬辰（404年1月1日），桓玄篡位，建立桓楚政权，废安帝为平固王，将他安置到浔阳。
桓玄称帝后，朝令夕改，纪纲不整，广建宫室，大兴土木，政局变得动荡不安，地方将领蠢蠢欲动。元兴三年（404）四月，桓玄篡位后仅两月，刘裕举兵京口，匡扶晋室；刘毅在广陵响应，声势浩大，桓玄急忙挟持司马德宗，从浔阳逃往江陵。桓玄在江陵试图重整旗鼓，于五月癸酉（404年6月10日）逼令安帝随军之下于峥嵘洲与刘毅等军决战。桑落洲、峥嵘洲两次兵败后，桓玄主力殆[dài]尽。大势已去，桓玄急于逃命，把司马德宗丢在江陵，带领部分亲信逃往四川，路上被刘毅将士杀死，与此同时，桓氏一族遭到了清算。五月，刘毅率兵占据江陵，司马德宗暂时脱离了苦海。然而，到了闰五月，桓玄的侄子，扬武将军桓振再次攻陷江陵，刘毅等人只好退守浔阳，司马德宗又一次落入敌手。当时，司马德宗身边只剩下司马德文，由司马德文照顾其生活起居，兄弟二人在桓振的挟持下相依为命。元兴五年（405）三月，司马德宗被迎回建康，在遭废黜一年零四个月后重登皇位。当时朝廷就由刘裕为首主政，至义熙四年（408年）接替去世的王谧领扬州刺史、录尚书事时完全掌握朝权。
驾崩去世
在刘裕那强大的掌控之下，可怜的司马德宗无奈地再度沦为任人摆布的傀儡。自此以后，刘裕一路高升，先后担任相国、宋公以及宋王等要职，同时还兼任都督中外诸军事这一关键职务，从而将东晋王朝的军政大权牢牢握在了自己手中。
时间来到义熙十四年十二月（公元 419 年 1 月），此时刘裕的权势已然达到巅峰，他的声威更是如日中天，若想改朝换代简直就是轻而易举之事。然而，就在这关键时刻，一句“昌明之后有二帝”（出自《晋书》）的谶语却在刘裕心中不断回响。经过深思熟虑后，刘裕认定按照这句谶语所言，在司马德宗之后应当还会再有一位东晋皇帝。于是乎，他狠下心来，派遣手下亲信秘密将司马德宗杀害。
义熙十四年十二月戊寅日（公元 419 年 1 月 28 日），这位曾经贵为晋安帝的司马德宗最终命丧黄泉，结束了他年仅三十七岁的短暂人生。而在他离世之后，其弟弟司马德文继承大统，成为新的东晋皇帝，并改年号为元熙。
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