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第22章 开源三维软件

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曲终人散之际,喧嚣声逐渐消散,翟中和趁此机会不动声色地凑近李旭,压低声音向他打探道:“我想问问你,先前那潘氏鱼究竟是在哪儿被发现的呀?”面对询问,李旭也不藏着掖着,竹筒倒豆子般知无不言、言无不尽,将所有相关信息都一五一十地告知给了翟中和。

李旭缓缓地走进宿舍,他像往常一样轻轻地坐在椅子上。然后伸出右手,滑动鼠标,随着一阵轻微的电流声响起,电脑屏幕被成功激活亮起。

李旭定睛一看,发现之前下载的数据已经全部完成了。他那原本紧绷着的脸终于放松下来,嘴角也微微上扬露出一丝笑容。

数据文件采用 PDB(蛋白质数据库)格式,他熟练地使用两款开源软件——Jmol 和 pymol,将数据清晰地呈现为三维立体图像。此外,这两款软件还可以任意旋转三维立体图像,以便观察任意结构的细节。

打开数据文件后,李旭选择了自己最为熟悉的两种模式:卡通模式用于观察整体结构,卡通的展现手法让分子如动画中的精灵美仑美奂,可以更直观地了解大分子的全貌;而球棍模式则侧重于展示元素组成和原子间化学键,每个原子都被纤毫毕现地呈现出来。

当那些清晰明了的三维立体图像展现在眼前时,李旭对大分子结构就可以了然于心。他的心中顿时涌起一股无法言喻的喜悦之情。这些立体图像传达的信息是他和同学们努力的成果,凝聚着大量的辛勤付出。此刻,所有的汗水与坚持都得到了最美好的回报。

当谈到如何理解那些诸如坐标系、立体几何和大分子三维结构之类较为抽象的概念时,李旭心里很清楚,光看数据是远远不够的,还必须得展现出直观的模型才行。虽然,世界上也存在着那么一种天才,他们仅需通过数据、二维图像就能在自己的脑海当中成功地构筑出一个完整的三维立体图像来。只可惜,李旭心里明白,他并不是那样的天才。

对李旭而言,只有三维立体图像才能带来最直观的感受。其实这种情况,跟中国历史上学现代数学的时候非常相似,那时大家也觉得还是直观一点更好理解。而要说起这个,那就让李旭想到留学生给李鸿章讲抛物线的趣事。

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