公元前54年，凯撒继续征服高卢，克拉苏斯开始对帕提亚（Parthia）的远征，而庞培留在罗马，他的妻子朱莉亚（Julia）在九月分娩时去世。
克拉苏斯和他的儿子普布利乌斯（Publius）在公元前53年5月的卡尔哈（Carrhae）战役中去世，这使得凯撒与庞培之间直接对抗的障碍消失了。
由于广泛的暴力行为，公元前52年的执政官选举不得不中止。
为了结束与凯撒的联盟，保守派比比卢斯（Bibulus）提议让庞培单独当选为执政官，这是一个前所未有的举动，得到了卡托（Cato）和人民代表的支持。
恢复秩序后，庞培娶了普布利乌斯·克拉苏斯的遗孀科尔内利亚（Cornelia），她是梅特卢斯·西比乌斯·纳西卡（Metellus Scipio Nasica）的女儿，庞培任命她为他年内最后五个月的同事。
作为执政官，庞培帮助推动了一些历史学家认为对于理解公元前49年走向战争至关重要的立法。
凯撒因在公元前59年执政期间使用暴力而被指控，但他之前受到总督豁免权的保护。
在庞培的私下支持下，新法律使此类起诉追溯生效，这意味着凯撒在离开高卢并失去权力时，很可能会被提起诉讼。
为了避免这种情况，他在高卢期间已经获得了公元前48年竞选执政官的批准，但庞培支持的另一项法律要求选举候选人必须亲自到罗马。
尽管两人继续在公共场合合作，庞培显然将凯撒视为威胁，参议院中的许多人也有同感。
公元前50年的两位执政官，保卢斯（Paullus）和盖乌斯·克劳狄乌斯（Gaius Claudius），都是凯撒的对手，民众代表库里奥（Curio）也是。
他们发起立法，试图解除凯撒在高卢的指挥权，凯撒通过贿赂保卢斯和库里奥来绕过这一法案。
无论出于何种原因，库里奥提出了另一个替代提案。
凯撒和庞培应同时解除武装，否则将被宣告为国家的敌人。
这是一个巧妙的举动，因为它受到了希望避免战争的人们的欢迎，但对于认为凯撒必须被消灭的保守派来说则是不可接受的。
拒绝使公开冲突的可能性增加，参议院同意资助由庞培组织的执政官军队。
当他在那不勒斯招募时生病后，随后的庆祝活动使庞培相信他的受欢迎程度足以击败任何对手。
公元前12月，凯撒带着一支退伍军团穿越阿尔卑斯山，抵达拉文纳（Ravenna），靠近罗马共和国的边界。
许多参议员反对对凯撒做出任何让步，但许多人也对庞培表示不信任，他在这一时期因“软弱和无效的领导”而受到批评。
公元前49年1月1日，凯撒发出最后通牒，要求接受他的妥协，否则他将“为国家的冤屈”进军罗马。
由于他们自信于自己的军力明显超过凯撒，参议院在公元前1月7日宣布凯撒为公敌。
四天后，凯撒跨越了鲁比孔河（Rubicon），进入意大利。
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战争开始时，凯撒是一个没有海军且只有三支不足编制的军团的叛乱者，而庞培则得到了罗马国家的所有资源以及他在东部的客户的支持。
然而，他的处境并没有看上去那么强大，因为他仅仅是参议院的顾问，参议院中许多成员要么更倾向于谈判解决，要么对他和凯撒持有同样的怀疑态度。
他的军事战略必须得到执政官的批准，而他只能提出建议，这些建议并不总是被采纳。
例如，西塞罗（Cicero）拒绝了他寻求招募援助的请求，卡托（Cato）拒绝接管西西里岛的指挥，这对于控制罗马的粮食供应至关重要。
为防御意大利的计划被凯撒快速的行动打乱，凯撒几乎没有遭遇抵抗地直接向罗马推进。
尽管庞培的军队数量较多，但凯撒的部队是经验丰富的退伍军人，而庞培的许多士兵则是新兵，这一弱点因缺乏协调而加剧。
卡托的姐夫、保守派领袖卢修斯·多米提乌斯（Lucius Domitius）在对科尔菲尼姆（Corfinium）的绝望防御中被围困并被捕，他的名士兵被并入凯撒的军队。
由阿西尼乌斯·波利奥（Asinius Pollio）领导的这些士兵后来被用来占领西西里岛。
庞培放弃了罗马，命令所有参议员和公职人员陪同他向南撤退到布伦迪西乌姆（Brundisium）。
随后，他将军队通过亚得里亚海运输到塞萨利的迪尔拉基翁（Dyrrhachium），这一行动几乎完全成功。
由于缺乏船只追击他，凯撒首先通过征服西班牙（Hispania）中的庞培军队来确保自己的后方，然后在公元前49年12月返回罗马。
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