开头前，小智就和一个大叔打了起来，来了场神奇宝贝对战。
“妙蛙草，使用能源球”。
“铁甲暴龙，使用猛撞攻击”。
但是铁甲暴龙还并未使出猛撞攻击的时候，小智的妙蛙草已经使用了能源球将他打倒。
小智则上去摸了摸妙蛙草的头，而一旁的大叔则走过来来表示称赞
“认输了，小弟弟，你很了不起，而且你的妙蛙草居然快要比普通的妙蛙花还要大，以后必然是优秀的神奇宝贝大师。”
小智也是礼尚往来的说道：“哪里了？铁甲暴龙其实也是很厉害的。”
而此时的妙蛙草背上的草包，好像开始发出了亮光，而妙蛙草显得很痛苦的样子，仿佛是在积蓄能，这就表明快进化。
大叔则说道：“我听说这一带有个叫做不可思议花园的地方，但是从来没有人找到这个地方，小弟弟，你快把他送到神奇宝贝中心。”
小智把妙蛙种子送到了附近的神奇宝贝中心，乔伊小姐反复检查了一番，并给他装上了仪器，查看电波。”
说道：“不用担心了，你的妙蛙草只是出现进化的征兆了，而已有进化的妙蛙草，据说好像都要到一个什么叫做不可思议花园的地方。“
此时，小刚也识趣的并没有上前搭讪，而是拿起了一本书说道：“这个地方我有听说过，据说所有快要进化的妙蛙种子，都会前往这个叫做不可思议花园的地方，完成进化。”
“而且据说不可思议，花园里的妙蛙种子进化之后会仿佛产生一股神秘的力量，只是谁都不知道这力量到底是什么？”。
而小智已经猜到了那股力量，正是那股能够控制大自然的力量。
前世妙蛙种子因为看到了喷火龙进化之后不听话的情况，所以就放弃了进化，同时也放弃了这种控制大自然的力量。
小智心想：“这一世，它估计要进化，毕竟它都已经进化成为了妙蛙草，马上应该就可以进化成妙蛙花。”
小智想想就兴奋了，毕竟他看到妙蛙种子的资料之后，觉得它前世没进化，实在太可惜。
而此时的乔伊小姐打开了一个窗户，打开了一个窗户，外面的鲜花直接瞬间绽放。
小霞惊呼道：“跟刚才很像，刚刚桌子上的花也是瞬间绽开了花瓣。”
此时，草地上那些本来已经收拢了花瓣的花朵，忽然全部都绽放开来，且花海正在迅速的蔓延，散发出一股白色的光点。
“说妙蛙种子到达了某个时期会从四面八方聚集在一块，举办者类似一个类似于进化的祭典，对了，他们不见得是每年的同样的季节举行。”
此时，小霞则问道：“那个不思议花园到底是在什么地方？”
乔伊小姐则开心的说道：“可是从目前为止，从来就没有人看到过那个地方，所以被认为甚至只是幻影而已。“
而此时在甲板上的妙蛙草，忽然感觉到了什么，开始起身离开了神奇宝贝中心。
小智一行人尾随着他来到了一个平原地带，此时，天上正是满月无数的白色粉光，正在闪耀。
此时小智他们看到了妙蛙草，被无数的藤鞭给拽进了丛林里，小霞刚想出声阻拦，被小智打断了
“不用担心了，小霞，那些并不是什么生物，而是妙蛙草的同类妙蛙种子，他们是来迎接妙蛙草的”。
所有妙蛙种子，把妙蛙草放在了队伍的前面，妙蛙草带领着队伍不断的往树丛深处前进。
小智则说：“看来妙蛙草现在已经成为了一个小首领，带领着他们前往。”
此时，在一旁的火箭队还想出手抓住妙蛙种子他们，结果无数的妙蛙种子都使出藤鞭，把他们打飞了
“好讨厌的感觉”～～
小次郎说道：“明我们什么东西都还没有开始做呢。“
此时丛林里面开始闪烁着无数的白色花粉，小吃走后，有无数的藤鞭围起了树林。
此时，小刚说道：“怪没有人看到过真正的不可思议花园，原来是有原来是有这些巨大的藤鞭呢。
此时小智他们来到了一块高原之上，看着底下有一大片的妙蛙种子，其中，小智的妙蛙草正在最前面。
夜晚本来是黑夜的，结果被无数闪着白光的花粉给照了个透亮，此时，无数的花朵开始绽放。
所有的花朵仿佛像是有目的的般前往了那棵巨大的枯树面前。
空中那些漂浮的光点立马开始聚集在一棵巨大的枯树身上，那棵枯树瞬间开始死灰复燃，重新发了芽，长出了叶子，开了花朵。
小刚说道：“没想到这里居然能够控制大自然植物的生命成长，真的是不可思议。”
小霞则惊讶的说：“那实在是太惊讶了，我们居然在短时间内看完了一棵树的成长。”
“就是就是”
“种子”～～～
此时，从四面八方汇集过来的妙蛙种子，忽然全都仰天发出了声音，仿佛是在迎接什么的到来。
此时地面开始不断的震动，仿佛是有什么巨型的生物要往这里靠近了，此时，那棵枯树中间有一颗树洞，泛着白光从里面出来了一只体型巨大的妙蛙花。
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