赵文清县令收到匪患已平的通告时，他售粮的工作总结也刚写好。
他不由得感慨：昔日皇权不下县，地方豪强、三司、藩王相互掣肘的局面已彻底改变。
如今，朝廷的政令能如同一袋粮食般，从中央的粮仓出发，顺畅地抵达最偏远的乡村；而地方的任何风吹草动，也能如同那剿匪的军报一般，迅速反馈至帝国的权力中枢。
这一套“垂直管控、行政一体”的新体系，真正将散沙般的大明各地，熔铸成了一个血脉相通、神经相连的有机整体。
接下来是魏渊最为重视的军事方面改革，首先是在中央设立统帅部，作为代替皇权形式军政领导权的核心机构。由负责军事国防的辅臣兼任统帅部总长，受皇家内阁领导。
统帅部总揽全军行政，包括兵员征召、粮草调配、武器采购；另设“参谋总署”，选拔懂战术的将领任“参谋署长”，专司作战计划制定、军队调动指挥，实现“军政—军令分离”，避免地方将领拥兵自重。
划“军区”控战略要地：将全国划分为“京畿、辽东、陕甘、江南、川蜀”五大军区，每个军区设“军区总督”，受统帅部与参谋总署双重管辖，负责辖区内军队训练、防务部署，同时取消地方巡抚、总兵对军队的直接指挥权，确保兵权收归中央。
禁止将领私蓄“家丁”，所有士兵统一编入统帅部下辖部队，士兵晋升只看军功、不看出身，无论是农民、手工业者，甚至降兵，只要作战勇猛，均可提拔为下级军官，瓦解旧军“私兵化”根基。
定“军镇制”建标准化部队：每支常备军设“军镇”为基本作战单位，1个军团辖3个步兵镇、1个炮兵大队、1个骑兵大队、1个工兵大队、1个辎重大队，总兵力约2万人。
步兵镇下设3个步兵支队，每个步兵支队配火铳手60％、长矛手40％；炮兵大队配备新式大炮12门、猛虎炮24门，实现“步炮协同”。
在京师、南京、广州设立三大“军器局”，统一管理武器生产，不再依赖地方作坊；与宋应星负责的学士苑（大明科技研究机构）联合火铳、大炮的铸造研发技术，批量生产“制式火枪”和“新式火炮”，同时规定各军镇武器由陆军省统一调配，禁止将领私自囤藏武器。
依托大运河、官道，在军区内设立“补给站”，储存粮草、弹药、被服，由统帅部下辖的“辎重总队”负责运输，同时征调民间马车、船只（给予运费），建立“兵站—前线”的短途运输线；在北方军区（蓟辽、陕西）推广“屯田制”，让部分预备役士兵在非战时开垦荒地，补充军粮，减少对漕运的依赖。
在统帅部下设“军医司”，每个军镇配“军医队”（含医生10人、护士20人、担架兵50人）；在京师设立“大明陆军军医学校”，培养懂外科、防疫的军医；规定士兵作战受伤由军医队救治，阵亡者由军队负责安葬并给家属抚恤金（银50两），稳定军心。
推行“全民义务兵役制”：废除“军户世袭制”，颁布《大明征兵令》，规定全国18—40岁男性，除官绅、残疾外，均需服3年常备兵役，之后转为预备役，战时可随时征召；每户若有2名及以上男丁，需至少1人服役，服役期间由朝廷发放粮饷（每月银2两、米3石），免除家庭赋税，吸引平民参军。
设“军校体系”育新式军官：在京师设立“大明陆军士官学校”，选拔16—22岁的识字青年（不限出身）入学，学制3年，课程分“军事理论”（如队列、战术、地图测绘）与“实操训练”（火铳射击、炮兵瞄准、骑兵冲锋），聘请军队中服役的过的优秀武官担任教官，毕业后分配到各师团任基层军官，替代旧军“世袭武官”。
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