在成功击败黑暗首领、拯救宇宙之后，宇宙迎来了一段和平重建的黄金时期。各个星系都在积极投入到修复与发展之中。荒芜的星球上，生命的种子再次播撒，城市废墟上，崭新的建筑如春笋般拔地而起。不同种族摒弃前嫌，携手合作，知识与技术在宇宙间广泛交流，共同推动着文明的进步。
联合舰队在这段时间里，也没有闲着。他们穿梭于各个星系之间，为重建工作提供技术支持和物资援助。探索队队长带领着科研人员，帮助那些受到黑暗力量重创的星球恢复生态环境。他们利用先进的科技，净化被污染的水源，修复受损的土壤，让一片片荒芜之地重新焕发生机。
神秘守护者们则致力于传授神秘力量的运用知识，帮助其他种族提升自身的防御能力。他们在各个星球开设学堂，教导年轻一代如何感知和运用神秘能量，以应对未来可能出现的危机。
然而，在这看似一片祥和的景象背后，一些细微的异常现象开始悄然浮现。在一些偏远星系的边缘，偶尔会出现短暂的能量波动异常，这些波动虽然微弱，但却与之前黑暗力量的能量特征有着微妙的相似之处。
一支艾塔族的科研小队在进行宇宙探索时，发现了一颗被黑暗气息笼罩的小行星。当他们试图靠近这颗小行星进行研究时，飞船的通讯系统突然失灵，仪器设备也出现了奇怪的故障。科研小队成员们不得不紧急撤离，但在撤离过程中，他们发现有一股神秘的力量在暗中跟踪他们。
这个消息引起了联合舰队的高度重视。探索队队长召集了各方专家，对这一情况进行深入分析。神秘守护者首领通过对能量波动的感知，忧心忡忡地说道：“这股黑暗气息虽然微弱，但却有着一种熟悉的邪恶味道，很可能是黑暗势力的残余在暗中活动。”
科研人员经过对相关数据的仔细研究，推测黑暗势力可能在之前的战斗中，留下了一些隐藏的能量节点。这些节点在经过一段时间的潜伏后，开始重新激活，试图再次引发黑暗力量的复苏。
“我们不能掉以轻心，必须尽快找到并摧毁这些隐藏的能量节点，否则，刚刚恢复和平的宇宙可能又将陷入危机。”探索队队长面色凝重地说道。
联合舰队迅速制定了应对计划。他们根据已有的线索，对出现异常能量波动的区域进行全面排查。飞船配备了更加先进的探测设备，能够更精准地捕捉到黑暗能量的踪迹。神秘守护者们则加强了自身的修炼，提升法术力量，以应对可能出现的危险。
在排查过程中，联合舰队遭遇了一系列的困难。一些隐藏的能量节点被巧妙地隐藏在复杂的宇宙环境中，难以被发现。而且，每当他们接近这些能量节点时，总会受到一股神秘力量的干扰，使得探测工作变得异常艰难。
在一个充满辐射的星云区域，联合舰队的一艘飞船在探测过程中，突然遭到了一群由黑暗能量凝聚而成的小型生物的攻击。这些生物体型虽小，但行动敏捷，且能释放出强大的电磁脉冲，干扰飞船的电子系统。
“这些生物应该是黑暗能量节点制造出来的防御机制，我们必须想办法突破它们的阻拦。”探索队队长说道。联合舰队能否成功突破这些阻碍，找到并摧毁隐藏的能量节点，彻底消除黑暗势力的残余威胁？在这个过程中，他们又会面临怎样更加棘手的挑战？宇宙的和平能否真正得以长久维持，一切都充满了未知。
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