傍晚时分，联军撤回船上休整。此时，九州沿海突然刮起强烈台风，狂风巨浪将联军战船冲得七零八落。据《高丽史》记载，“是夜，大风雨，战舰触岩崖，多败溺，师遂退”。台风过后，联军损失惨重，约1.3万人葬身海底，战船损毁过半。忻都、洪茶丘见势不妙，率领残部仓皇撤退，第一次征伐以失败告终。
文永之役的失败，对元朝和日本都产生了深远影响。元朝方面，忽必烈虽震怒于失利，却并未放弃征服日本的计划，而是将更多精力投入平定南宋残余势力，同时着手准备第二次征伐。日本方面，此战虽胜，却也让镰仓幕府意识到元朝的威胁远超想象，开始积极备战：在博多湾沿岸修筑“石垒”（防御工事），从全国各地征集武士驻守九州，加强沿海警戒。北条时宗的威望因“击退元寇”而空前提升，镰仓幕府的统治得以巩固。
值得一提的是，日本将此次胜利归功于“神风”保佑，认为是天照大神显灵，派遣台风摧毁了元军。这种“神风信仰”在此后数百年间逐渐深入人心，成为日本民族意识的一部分，甚至在二战时期被军国主义者利用，组建“神风特攻队”。
三、弘安之役：更大的规模，更惨的结局
1281年（日本弘安四年），经过七年的准备，元朝发动了第二次对日征伐，史称“弘安之役”。此次忽必烈投入了更大的兵力，试图一举征服日本。
元朝将远征军分为两路：东路军由忻都、洪茶丘率领，兵力约4万人，战船900艘，从高丽合浦出发；江南军由阿剌罕、范文虎率领，兵力约10万人，战船3500艘，从庆元（今浙江宁波）出发。两路大军计划在日本壹岐岛会师，然后共同进攻九州。
然而，这次征伐从一开始就埋下了失败的隐患。东路军与江南军分属不同系统，指挥不统一，将领之间矛盾重重。东路军多为蒙古、高丽将士，骄横轻敌；江南军则以南宋降兵为主，士气低落，战斗力不强。此外，战船的建造质量也存在严重问题：江南军的战船多由南宋工匠赶制，为了赶工期，大量使用劣质木材，船体脆弱，难以抵御海上风浪。
五月，东路军率先出发，攻占对马岛、壹岐岛后，不等江南军抵达，便擅自进攻博多湾。但此时日本已在博多湾沿岸筑起了长达20公里的石垒，日军依托石垒顽强抵抗。东路军多次登陆均被击退，伤亡惨重，被迫撤回壹岐岛等待江南军。
七月，江南军终于抵达壹岐岛，与东路军会师。联军总兵力达到14万人，战船4400艘，规模远超文永之役。然而，指挥混乱的问题愈发严重：阿剌罕在出征前病逝，范文虎接任江南军统帅，此人昏庸无能，与忻都、洪茶丘互相掣肘，迟迟不能制定统一的作战计划。
联军在九州沿海徘徊月余，始终未能突破日军的石垒防线。日军则利用熟悉地形的优势，不断袭扰联军船队，烧毁船只，斩杀落单士兵。联军士气日益低落，粮草也逐渐告罄。
八月一日，就在联军准备撤退之际，九州沿海再次遭遇强烈台风，风力较文永之役时更为猛烈。《元史·日本传》记载：“八月，飓风大作，战船皆破坏终覆没，范文虎等诸将各自择坚好船乘之，弃士卒十余万于山下。”台风过后，联军战船几乎全军覆没，14万大军生还者不足五分之一。据日本史料记载，被遗弃在九州岛上的元军士兵约有两三万人，他们大多被日军俘虏，除少数工匠被留用外，其余全部被斩杀。
弘安之役的惨败，给元朝带来了沉重打击。不仅军事力量损失惨重，国库也因连年征战而空虚。忽必烈虽仍有征伐日本之心，但在大臣的劝谏下，最终放弃了这一计划。1294年，忽必烈去世，元朝的对日征伐彻底画上句号。
四、败因探析：天灾与人祸的交织
元日战争中，元朝两次征伐均以失败告终，其原因是多方面的，既有天灾的偶然因素，也有人祸的必然因素。
从自然因素来看，台风无疑是元军失败的直接原因。两次战争期间，九州沿海均遭遇强烈台风，而元军战船多为平底船，抗风浪能力差，一旦遭遇台风便难以幸免。日本学者研究发现，这一时期正值太平洋“厄尔尼诺现象”活跃期，九州沿海台风频发，元军的出征时间恰好撞上了台风季，这在一定程度上属于“运气不佳”。
但天灾背后，更多的是人祸。首先，元朝对日本的地理环境和气候条件缺乏了解。蒙古人是游牧民族，不熟悉海战，对海洋气候的变化更是一无所知。两次出征均选择在夏季，而夏季正是日本台风多发的季节，这反映出元朝军事决策的盲目性。其次，战船质量低劣。第一次征伐的战船主要由高丽建造，质量尚可；第二次征伐时，为了赶工期，元朝强征南宋工匠造船，这些工匠多有抵触情绪，偷工减料，导致战船“脆薄易坏”，难以抵御风浪。据《元史·食货志》记载，江南军的战船“每船载兵百余人，船身狭小，不堪巨浪”。
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