翰林院相当于国立大学、干部学院，是明代培养后备人才的地方。
负责修书撰史，起草诏书，为皇室成员侍读，担任科举考官等。地位清贵，是成为阁老重臣以至地方官员的踏脚石。
无论政治地位高低，在各朝各代，翰林学士始终是社会中地位最高的士人群体，集中了当时知识分子中的精英，社会地位优越。
入选翰林院被称为点翰林，是非常荣耀的事情。翰林学士不仅致力于文化学术事业的传承，更踊跃参与政治，议论朝政。
由科举至翰林，由翰林而朝臣是科举时代士大夫的人生理想，是儒家学说中达则兼济天下的表现。
然而，成为翰林学士的辉煌前景也使得大量知识分子投身科举，造成了人才浪费。社会重文士轻技工，拖缓了科学技术的发展。
此外，翰林制度也使得文学界和思想界的主流处于皇帝的监管之下，对学术自由和知识分子的思想独立起了压抑作用，有利于皇帝进行专制统治。
国子监监生和翰林院学士示威闹事，刚好让朱由校找到科举改革的理由。朱由校派新锦衣卫公安部采用强硬的手段进行镇压。
参与示威闹事的大部分人被新锦衣卫公安部抓捕。
被抓捕的国子监监生和翰林院学士被剥夺功名，家庭三族成员30年内不得参加科举。并按照军队整肃整编整训条例的标准，严厉惩治。
新锦衣卫公安部趁机对进入北京大学学习的国子监监生和翰林院学士进行政审甄别，例监全部清退。
其它监生和翰林院学士道德品质败坏或有违法犯罪行为的予以开除，有功名的革除功名。家族成员三代内有重大违法犯罪的予以清退。
朱由校安排《中华时报》《内参》猛烈抨击闹事的和道德品质败坏的以及违法犯罪的国子监监生和翰林院学士，并引用因贪腐查处的部分科举官员为反面教材，提出大明的科举制度已经不适应大明的社会发展，不能满足大明朝廷选取德才兼备人才的需求，大明的科举制度改革势在必行。
大明的科举制以八股文取士，以四书五经为命题范围。应试者在答题时必须根据古人的思想和规定的几个注疏来阐释发挥，不能任意表述自己的见解。
八股文又称制义或制艺，形成过程很长，大约定型于明朝中叶成化年间。
八股文每篇由破题、承题、起讲、入手、起股、中股、后股、束股等固定段落组成。八股文的唯一用途就是考科举，此外绝无实用价值。
明朝的科举考试分为童试、院试、乡试、会试、殿试五级。
童试是明朝读书士子的晋升之始，童试包括县试、府试。通过县、府试的称为童生，表明已具备基本的文化知识和写作能力。
院试每三年举行两次，由各省提学官主持。所有童生均可参加，通过院试的童生被称为生员，俗称秀才，算是有了功名，进入士大夫阶层。
乡试每三年一次，一般在八月举行，故又称秋闱。主持考试的正副主考官由皇帝钦派，当地的政府官员组成临时机构配合。
中试者称为举人，俗称孝廉。第一名称解元，第二名称为亚元。凡中试者均可参加次年在京师举行的会试。
乡试录取举人名额由中央规定，各省按人口多少分别为几十至一百多人不等，全国录取总额为1000至1300人。
由于考取举人即具备做官资格，乡试可说是明朝科举最重要也最艰巨的一关。
会试每三年举行一次，于乡试的第二年二月初九、十二、十五日举行三场考试，故又称春闱。
各省的举人及国子监监生皆可应考，以往各届会试中未中的举人也可一同应试。皇帝任命正、副总裁、同考官主持会试。
会试取中者称贡士，第一名称会元。录取名额不定，明代约300名左右，分南、北、中三地域按比例录取。整个明代共计约人考中进士。
通过会试后的最后一道考验是殿试，会试后一个月即三月十五日在紫禁城建极殿举行，殿试一天，只考策问。
殿试一律不黜落，只排定名次。殿试结果填榜后，皇帝于皇极殿举行大典，宣布殿试结果。
进士分为三甲。一甲三人，称状元、榜眼和探花，赐进士及第；二甲若干名，赐进士出身；三甲若干名，赐同进士出身。
进士中一甲三人，殿试后立即授职，状元授翰林院修撰，榜眼、探花授翰林院编修；其他进士，按殿试、朝考名次，分别授以庶吉士、主事、中书、行人、评事、博士、推官、知州、知县等职。
身兼解元、会元、状元三个称号于一身叫连中三元，自隋唐开始科举后，获得这一荣誉的只有14人，明朝时期仅有2人。
天启2年起，大明的科举制度进行全面改革。
大明的科举制度从天启2年的会试开始进行改革，首先改革考试内容，考试内容为教育学院编写的小学教材内容，强制采用白话文书写方式。
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