张居正
明穆宗还采取恤商与开关政策，减轻商人的负担。明朝曾多次颁布禁止百姓私自下海的命令，而隆庆帝颁布大开关禁，使明朝对外政策发生重大变化，海外贸易也出现了新局面，史称隆庆开关。同时，隆庆帝也加强军队的训练，巩固边防。同时在北方缓解与北方蒙古族的矛盾，开展互市贸易，使北方汉、蒙人民有了安定的生活环境，史称隆庆和议。 [324]
1572年，明穆宗因中风突然驾崩，年仅九岁的皇太子朱翊钧继位，改元万历。 [94]由于年幼由太后摄政，重臣高拱因与太后信任的宦官冯保对抗而被罢官，张居正则得到冯保的鼎力支持。张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担。 [96]军事上，加强武备整顿，平定西南骚乱，重用抗倭名将戚继光总督蓟、昌、保三镇练兵镇守长城，使边境安然。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时张居正严惩贪官污吏，裁汰冗员。 [96]张居正整顿朝正，改革体制，史称万历中兴。 [97]
1577年秋，张居正父亲去世，按常理他需要丁忧，但张居正以为改革事业未竟，不愿丁忧。他的政敌借此大做文章，史称夺情之争。最后在明神宗和两太后的力挺下张居正被夺情起复，使得其改革并未被中断。但是，这成为了他的政敌之借口。同时张居正利用职权让亲子通过科举进入翰林院。张居正死后被反对改革的政敌清算。张府家属被囚禁于内，饿死十余口，生前官爵也被剥夺。 [94-95]
万历怠政
张居正死后初期，明神宗尚能保持对朝政的兴趣，在位期间有东林党争、国本之争等重大事件，对外有朝鲜之役与萨尔浒之战。万历一朝成为明朝由盛转衰的转折期。 [98]
国本之争主要围绕着皇长子朱常洛与福王朱常洵。明神宗迟迟不立太子， [99]令群臣忧心如焚。直到1601年，朱常洛才被封为太子，朱常洵被封为福王。但是福王迟迟不离京就任藩王。直到梃击案发生，舆论对郑贵妃不利后，福王才离京就藩。 [100]明神宗于国本之争对大臣极度不满，自1587年后，就开始连续不上朝作为报复，仅处理一些重要事件。 [101]自1588年后，早朝也经常看不到他，整日在深宫中不理政事。 [102]万历帝是个贪婪的君主，他和皇室大肆侵占土地，以采木、烧造、织造、采办为名搜刮民财。万历十九年（1591年），仅景德镇御窑厂烧造的瓷器就达23万多件。他派遣宦官为矿监税使，盘剥工商，引发了百姓的抗税斗争。万历帝又废除考成法，形成了皇帝黩货、臣下贪污、党争激烈的状况。 [330]
长期怠政的明神宗朱翊钧
东林党源于顾宪成组办的东林书院。东林党争起因是内阁缺人，顾宪成极力主张颇有政绩的淮扬巡抚李三才入阁，结果被反对李三才入阁的势力抹黑漫骂，东林党因此兴起，即淮抚李三才之争，朝中其它各党便集中火力攻击东林党。阉党专权后，东林党更受到严重打击，直到崇祯年间东林党才重新被启用。 [100]
由于明神宗不理朝政，缺官现象非常严重。1602年，南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。 [103]明神宗委顿于上，百官党争于下，明廷完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。在东北，由于深受明神宗信任的辽东总兵李成梁后期腐化堕落，大肆谎报军情，骗取军功封赏，军事打击目标上偏袒努尔哈赤势力，致使明末边患严重，并最终导致清朝入主中国。因此《明史》言：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。” [100] [104]
在军事方面，万历朝以万历三大征最为功勋卓着，三战皆胜以巩固明朝边疆、守护朝鲜王朝，但也消耗了明朝国库存银。 [105-106]1617年，努尔哈赤以“七大恨”反明，两年后在萨尔浒之战中大败明军，明朝对后金从此转为战略防御。 [100]
1620年，明神宗驾崩。 [107]其长子朱常洛登基，是为光宗。朱常洛登基后，面临着其父朱翊钧遗留下的严峻形势，朝纲腐败，经济凋落，宫内纠纷无休无止，军力日衰，边疆吃紧，后金崛起，封疆残破，大明王朝的江山摇摇欲坠。而体弱、孤僻、压抑而又好色的朱常洛又无力挽回即将崩溃的局面。 [327]明光宗仅在位一个月，朝内党争和宫闱纠纷更为尖锐，先后发生了“红丸案”和“移宫案”。万历帝死后，贵妃郑氏又竭力笼络泰昌帝的宠妃李选侍，以献美姬请封皇太后和皇后之号。新皇帝朱常洛登基以后，每日沉于酒色，无几日就一病不起。八月二十九日，又因服用李可灼的红丸，九月一日五更时猝死。李选侍又与太监李进忠（魏忠贤）密谋挟持皇太子朱由校于乾清宫，欲争当皇太后以把持朝政，此举引起朝臣的极力反对。在以东林党人为主力的朝臣的强大压力下，才迫使李选侍移出乾清宫。 [327]明熹宗继位，改元天启。 [108]
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