十八日，官兵攻下水城，叛军被俘者千余人，自缢及投海而死者四、五千，至此，始完全收复山东。
崇祯六年二月十三日，孔有德率叛军近万人突围，弃城登船而逃。
驻守在旅顺、长山、鹿岛的东江总兵黄龙，预计孔有德兵败后必经长山、旅顺而投奔后金，早已严阵以待，周文郁等也穷追不舍。
孔有德部在旅顺一带登陆后，黄龙率兵伏击，擒获孔有德部将毛有顺、毛承禄等人，大败叛军，而孔有德、耿仲明等率余部逃到盖州。
崇祯六年四月，孔有德、耿仲明率叛军及家眷一万多人在辽河口与济尔哈朗、阿济格、杜度率领的后金兵会合，被要求剃发易服，登莱之乱遂告结束。
由于孔有德带来了后金急需的舰队、红夷大炮及匠人，所以皇太极对他们的投降极为重视，亲率诸贝勒出沈阳十里迎接，并使用女真人最隆重的“抱见礼”相待，仍以他为都元帅，安置辽阳，自成一军，称“天佑兵”，给予特殊待遇，随后便引后金兵攻占黄龙所在之旅顺。
吴桥兵变出现在大明和建奴攻守相易的关口，从此彻底改变了双方的军事平衡，同时也极大地影响了之后明清交战的作战方法。
虽然此战以官军胜利告终，但登莱局势彻底糜烂，山东腹地也遭到蹂躏。
大明丧失兵力数万人，良将十多员，战舰、大炮、粮钱无数。
此战过后，登莱荒芜，东江动摇，海上牵制不再被提起，战略进攻更是无人问津，从此建奴来自东面与南面的军事威胁被彻底消除。
吴桥兵变的发生，源于辽西与东江的长期对立，诱发于大凌河之战与山东登莱等处军民长期对东江兵的排挤，糜烂于长期的文贵武贱、武备松弛与指挥混乱。
回想了一番关于吴桥兵变的来龙去脉后，朱由校朝袁世振问道：“现在的山东巡抚与山西巡抚分别是谁？”
“回陛下，山东巡抚是去年六月上任的前江西左布政使冯嘉会，山西巡抚则是今年三月接替武之望致仕后的郑三俊！”袁世振答道。
“跟朕介绍下两人！”朱由校对这两人并没有太深的印象，他知道郑三俊是东林党，但冯嘉会几乎没有什么印象。
袁世振整理一番两人的信息后，开始答道：“是，陛下，冯嘉会嘉靖四十三年生人，字文亨，直隶河间人，万历二十三年进士，观政于工部，翌年授山东冠县知县。
万历二十七年丁忧，终制后起复为陕西华阴知县。
万历三十五年八月授山西道监察御史，万历三十八年巡按山东，万历四十七年升太仆寺少卿，隆武元年三月调任江西左布政使，隆武三年六月调任山东巡抚，接任调任广东的南居益。
郑三俊万历二年生人，字用章，号元岳，江东池州建德人，万历二十六年进士，授直隶元氏知县，累任南京礼部郎中，归德知府，福建提学副使。
泰昌元年召为光禄寺少卿，后改为太常寺少卿，隆武元年五月调任浙江左布政使，今年三月接任因年龄致仕的山西巡抚武之望！”
“那你认为，山东与山西矿山抗税之事，该如何处置？”朱由校盯着袁世振问道。
“回陛下，臣以为当以剿为主，招抚为辅，对于那些抵抗激烈的顽抗之矿工，当派遣税营施以雷霆手段，快速稳定两地局势，之后再来查出幕后之人，并绳之以法！”袁世振躬身答道。
“你们以为呢？”朱由校看向其他人问道。
税部左侍郎王绍微与右侍郎杨一鹏附和道：“臣附议！”
“回陛下，这些矿工或许因受背后矿主挑拨，从而激烈对抗税吏，臣以为当先从这些矿主下手，那些参与抗税的矿工当慎重待之。
另外，前往征税的税吏是否存在激怒矿工的行为， 也值得调查一二！”徐光启给出了他的处置意见。
“禀陛下，臣附议徐阁老！”尚跪在地上的毕自严表态道。
“禀陛下，臣并不完全赞同徐阁老与毕阁老的建议，现在闹事的矿工人数已超五千人，被打死的税吏也足足高达五人，这是公然对抗朝廷的行为，臣以为当以叛乱事件应对，从而快速平息抗税之行为，好给其它跃跃欲试与观望的矿主以警示！”
李长庚作为首辅，给出了他主剿的建议，压在他身上的变革任务太重，他必须要采取快刀斩乱麻，给矿主杀鸡儆猴的同时，也给其它反抗变革的士绅予以警告。
“启奏陛下，现在辽东战事刚刚平歇，漠南蒙古诸部局势并不平稳，而且也要马上派大军攻打广南阮氏，臣还是以为，当采取和缓的手段更为妥帖！”徐光启继续坚持道。
“臣附议！”毕自严马上跟上附和。
很显然，面对强势的皇帝与内阁首辅，不太受皇帝待见的毕自严，选择了与次辅徐光启结盟。
而徐光启之所以坚持怀柔的手段，一是他的确不希望大明因征收矿税之事，出现大量的流血事件，另一个则是山西巡抚郑三俊可是他举荐的，他不希望其在任内出现不可逆的事件。
朱由校沉吟片刻后，答道：“山东与山西两地的暴力抗税事件，信息都是来自于地方的书信回馈，朕和诸位爱卿并不了解实情，这样吧，从朝廷派出钦差，协助两地巡抚调查与处理此次抗税之事。
但是，朝廷也不能任由对抗朝廷的人员逍遥法外，该处理的及时处理，两个钦差各率一个税营千户所前往事发地！”
“禀陛下，臣以为此次抗税事件，皆因征收矿税而起，外派的钦差当由税部派出官员前往！”袁世振在皇帝表完态后，立马将钦差候选揽入税部。
“禀陛下，税部派出钦差虽合适，但正因抗税事件因征收矿税而起，而且还牵涉税吏被打死之事，臣以为税部官员很可能只会站在税吏的一方处理案件！”毕自严急忙反驳道。
“那你以为，当派何人合适？”朱由校看着毕自严问道。
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