1983年，特蕾莎修女到罗马拜访教宗若望保禄二世时，心脏病第一次发作。1989年心脏病第二次发作时，她接受了人工心脏的安装，1991年从墨西哥拜访回来之后，得了肺炎，健康状况日趋恶化。于是她向博济会提出辞职，理由是她已无法像其他修女一样全天照顾病患，在修会的秘密投票下，其他修女和修士都投票希望特蕾莎修女要留在博济会领导她们。
1997年3月13日，她退出了博济会。4月，特蕾莎修女跌倒并伤到锁骨。8月时接受了心脏移植手术，但健康并没有日渐好转，同年9月逝世，终年87岁。她去世时，个人的全部财产，就是一张耶稣受难像，一双凉鞋和三件滚着蓝边的白色粗布纱丽，一件穿在身上，一件待洗，一件已经破损，需要缝补。
特蕾莎修女留下了4000个修会的修女，超过10万以上的义工，还有在123个国家中的610个慈善工作者。同年印度政府为她举行了只有总统和总理才有资格享有的国葬，来自20多个国家的400多位政府要人参加了她的葬礼，其中包括三位女王与三位总统。
出殡的时候，她身上盖的是印度的国旗，印度为她举行国葬。就在她的遗体被抬起来时，在场的印度人全部下跪，包括印度总理。她的遗体抬过大街时，两边大楼上的印度人全下楼来，统统跪在地上……
二、主要成就
1971年获得“Pope John XXIII”和平奖和肯尼迪奖。
1975年获得Albert Schweitzer国际奖。
1979年获得诺贝尔和平奖。是继1952年史怀泽博士获得诺贝尔奖以来最没有争议的一位得奖者，但她从未在自己身上花过哪怕一分钱的奖金。她认为自己只是穷人的手臂，她的奖都是代世界上所有的穷人去领的。
1985年获得美国总统自由勋章。
1994年获得美国国会金牌。
1996年11月16日美国名誉公民，和许多大学的名誉学位。
2003年10月被列入天主教宣福名单Beatification。被誉为贫民圣人。
特蕾莎修女一生中曾18次被提名为年度最受尊敬人物中的十大最受尊敬女性之一，并在20世纪80-90年代间数次当选。1999年，特蕾莎修女被美国人民投票选为二十世纪最受尊敬人物榜单之首（Gallup's List of Most Widely Admired People of the 20th Century）。排在她后面的是马丁路德金与美国前总统肯尼迪。在此次广泛囊括各年龄层（除婴孩外）的调查投票中，她以压倒性的优势成为全美人民心目中的伟人。
2009年10月4日，诺贝尔基金会评选“1979年和平奖得主特蕾莎修女”为诺贝尔奖百余年历史上最受尊崇的3位获奖者之一（其他两位是1964年和平奖得主马丁·路德金、1921年物理学奖得主爱因斯坦）。
三、人物评价
她把一切都献给了穷人、病人、孤儿、孤独者、无家可归者和垂死临终者；她从12岁起，直到87岁去世，从来不为自己、而只为受苦受难的人活着。
特蕾莎修女以博爱的精神，默默地关注着贫穷的人，使他们感受到尊重、关怀和爱。特蕾莎修女，没有高深的哲理，只用诚恳、服务而有行动的爱，来医治人类最严重的病源：自私、贪婪、享受、冷漠、残暴、剥削等恶行；也为通往社会正义和世界和平，开辟了一条新的道路。
四、特蕾莎修女经典语录
1、困难是一道招牌，世界上最伟大的人都经历过它们。 “困难不应该被视为一个障碍，而是一个机会来展示你是怎样的一个人。最伟大的人都曾经历过困难，而且他们往往从中获得了最大的成长。”
2、要有勇气去释放你的梦想，把它们变成现实。 “要有勇气追求自己的梦想，就像做一把锁，把它们锁在心里，并且去做这件事。有勇气去把梦想变成真实的就是一种成功。”
3、活在现在，你才能实现未来的梦想。 “生活在现在，而不是总在回忆过去，或者思考未来。只有把每一天最大限度地把握在手里，你才能实现自己的梦想和目标。”
4、爱是无界限的，别让你的思想束缚你的心灵。 “爱，没有任何界限，每个人都可以被无论什么地方的爱所拥抱。不要让自己的观点限制你的心灵，这样你的爱将会无边无际。”
5、要有耐心，坚持不懈，做好事就会有人帮助你。 “要有耐心，除非你坚持不懈地做好事，很快就会有人给你帮助，哪怕这时候你得到的只是一点点赞赏。”
6、做一点点，你才能改变一切。 “改变世界的并不只是一件事，但是你可以通过做一点点，来改变一切。爱和善待他人，你就能改善别人的生活。”
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