最终，康熙力排众议亲征。大军一路北上，气势如虹。在乌兰布通与噶尔丹军队相遇，噶尔丹军队凭借骆驼阵负隅顽抗。康熙沉着应对，指挥清军以火器攻击骆驼阵。虽此次战斗未能彻底击败噶尔丹，但成功阻止了他的进一步扩张，为后续作战奠定了基础。
康熙第二次亲征1696年，噶尔丹在第一次受挫后并未收敛，继续在西北边疆制造动乱。
康熙再此次出征的部队规模比第一次更大，约有十二万人。其中包括精锐的骑兵、步兵以及炮兵。随军将领除了上次的一些将领外，还增加了一些年轻有为的将领。
康熙精心策划战略，兵分几路向噶尔丹军队逼近。在昭莫多，双方展开激烈交锋。康熙充分发挥清军的优势，利用炮兵对噶尔丹军队进行猛烈轰击，同时指挥骑兵和步兵协同作战。此次战斗给噶尔丹军队造成重大损失，极大地削弱了其势力。
康熙第三次亲征1697年，康熙决心彻底消灭噶尔丹。他带领着约十万人的精锐部队出发。康熙采取围追堵截的战术，深入噶尔丹的势力范围，不断压缩其生存空间。最终，噶尔丹在走投无路的情况下服毒自杀（也有说法是病死）。
康熙三次亲征噶尔丹，成功平定了噶尔丹之乱，维护了国家的统一和稳定最终结束了噶尔丹带来的边疆危机。
康熙是一位勤勉有为的皇帝，他一生心系国家社稷与百姓福祉。在其统治期间，曾六次南巡，足见其对国家事务的高度重视与亲力亲为。
康熙南巡，主要目的在于视察河工、了解民间疾苦、稳定江南局势等。每一次南巡，他都深入实地，与官员、百姓交流，力求找到解决问题的最佳方案。这六次南巡，不仅展现了康熙的治国智慧和务实精神，也对清朝的稳定与发展产生了深远影响。
康熙第一次南巡，康熙二十三年，此时31岁，历时约两个月。
他从北京出发，先到了山东。经过了济南府、泰安州、沂州这些地方。后来到了德州等地，最后进入了河北省景州。
在济南，康熙去看了趵突泉，看了好久，还夸这是个好地方，写了“激湍”两个大字。他还去看了珍珠泉，写了“清漪”两个字。
康熙爬泰山，去了天仙殿、东岳庙、玉皇宫这些地方逛了逛，又到孔子小天下处和日观峰看风景。
第二天，康熙带着官员在天仙殿行礼，写了“坤元叶德”四个字挂在殿里，又写了“普照乾坤”四个字，还让人在孔子小天下处建个亭子把这几个字挂上去，又写了“云峰”两个字让人刻在石头上。然后在东岳庙祭祀泰山之神。
在南巡回程，康熙专门去曲阜祭孔。康熙在费县的时候就想着祭孔的时候还要讲经呢，赶紧派人星夜赶到曲阜去通知准备讲经的事儿。
接着又去泗水县看泉林。到了曲阜，住在城南的行宫里，还看了第二天孔尚任他们准备讲的经书文稿。
康熙到孔庙，在大成殿行了三跪九叩的大礼，又派国子监祭酒阿礼瑚去祭启圣公。
听监生孔尚任讲《大学》的第一节。讲完学后，康熙又去看了大成殿、奎文阁这些先圣的遗迹还有历代的礼器。最后到孔林，在孔子墓前跪下倒了三杯酒。
康熙二十八年（1689 年），康熙进行了第二次南巡。主要目的是勘察治河事宜，当时官员对于治河的方案存在诸多争议，康熙决定亲自前往实地考察。
康熙抵达南京后，驻跸临时行宫“江宁织造署”，三月一日离宁返回。莅临当天接见当地军政要员。
二十七日赴江宁教场巡阅驻军、再赴鸡鸣山观象台巡视，第二天继续接见官员，诫勉并予以赏赐等。
康熙率领文武大臣前往东郊参谒明太祖孝陵，他在明孝陵步行至享殿，行三跪九叩顶礼，又到陵前行三奠酒礼，祭祀完毕后“赐守陵人白金百两”，以示慰劳。
康熙六下江南，除了第四次南巡时让大学士马齐代为祭拜明孝陵外，其它五次皆亲临祭祀。此举包含消弭满汉民族矛盾，以及进一步笼络江南民众尤其是汉族知识分子的用意。
康熙前往玄武湖，因看见当地官吏用装饰良好的御船供其乘载，当场予以拒绝，而只肯坐一小舟泛湖，欣赏湖光山色，并留下了“淼淼长湖水，春来发绿波。飞鸣下凫雁，朝暮集渔蓑”的诗句。
之后还巡察了明成祖朱棣敕建的金陵大报恩寺，登上琉璃佛塔，环顾四周，眺览古都金陵的山川形胜，心情旷然欣悦，并赋诗“涌地千寻起，摩霄九级悬。琉璃垂法相，翡翠结香烟。缔造人功巧，流传世代迁。旷然弥远望，万象拱诸天”。
在南巡途中，康熙在泰山脚下举行祭祀活动，祈求国家风调雨顺、国泰民安。
康熙三十八年（1699 年），46 岁的康熙开启第三次南巡。此次南巡，康熙带着皇太后以及七个皇子一同出行。
此次南巡主要是为了解决黄河、淮河等流域的水患问题，当时黄淮连年决口，水患不断，治河成效不显着，康熙决定亲自前往测量，规划部署治河事宜，并于次年任命两江总督张鹏翮为河道总督。
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