在三大征结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。
同年，礼部主事卢洪春奏曰：朱翊钧“日夜纵饮作乐”。从同年起，为争立皇太子，演成了旷日持久的“国本之争”。
明末官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。
东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。
在东林党争无休无止之时，由于明神宗私爱贵妃郑氏之子、福王朱常洵，坚持其王府庄田“务足四万顷之数”，才肯让其出京之国，于是在朝廷又掀起了一场长达七八年之久的福王庄田之争。
福王之国洛阳刚刚过了一年，万历四十三年（1615年）五月初四日酉时，又发生了晚明历史上着名的梃击案，作案的是一个名叫张差的蓟州男子，史称“梃击案”。
起初，皇太子也以为“必有主使”。
是时，郑贵妃一再指天发誓，自明无他。
朱翊钧见事涉郑氏，加上多年来人们一直议论他不善待皇太子，感到事情重大，怕火烧自己，很快就亲自定张差为“疯癫奸徒”，并命“毋得株连无辜，致伤天和”，只处决张差及与之有关的太监庞保、刘成二人。
并特地为此于同月二十八日，一反常态，二十五年来第一次召见大臣，宣布他的命令，将此案草草收场。
因立太子之事与内阁争执长达十余年，最后索性三十年不出宫门、不理朝政、不郊、不庙、不朝、不见、不批、不讲。
万历十七年（1589年），朱翊钧不再接见朝臣，内阁出现了“人滞于官”和“曹署多空”的现象。
至于贪财一事，朱翊钧他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。
为了掠夺钱财，他派出宦官担任矿监税使，四处搜刮民财。
万历二十五年（1597年），右副都御史谢杰批评朱翊钧荒于政事，亲政后政不如初：“陛下孝顺父母、尊祖、好学、勤政、敬天、爱民、节约开支、听取意见、亲人和贤人，都不能够像当初一样。”
以至于朱翊钧在位中期以后，方入内阁的廷臣不知皇帝长相如何，于慎行、赵志皋、张位和沈一贯等四位国家重臣虽对政事忧心如焚，却无计可施，仅能以数太阳影子长短来打发值班的时间。
万历四十年（1612年），南京各道御史上疏：“中央机构空虚，各种事务荒废，皇上深居二十多年，从来没有一次接见大臣，天下将有陆沉之忧。”
首辅叶向高却说皇帝一日可接见福王两次。
万历四十五年（1617年）十一月，部、寺大官十缺六、七，风宪重地空署几年，六科只剩下四个人，十三道只剩下五人。
万历中期后虽然不上朝，但是不上朝之后并没有宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有反应，表示虽然忽略一般朝政，还是关心国家大事，并透过一定的方式控制朝局。
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