几年工夫，到处兴屯，府库充盈，军粮充足。
在至正二十年（1360年），朱元璋下令不再征收“寨粮”，以减轻农民负担。
为了积粮，朱元璋明令禁酒，但是其手下大将胡大海的儿子胡三舍与别人违法犯禁，私自酿酒获利，朱元璋知道后，下令杀了胡三舍。
有人进谏说胡大海此时正在攻打绍兴，希望朱元璋可以看在胡大海的面子上放了胡三舍。
朱元璋大怒，坚决严明军纪，于是自己动手将胡三舍杀掉。
在争取民心的同时，朱元璋还不断网罗人才，特别是知识分子，朱元璋在应天还专门修建了礼贤馆来接待他们。
这些人在朱元璋统一全国的过程中起了重要作用。
朱元璋十分尊重儒士，他曾在至正十八年（1358年）召见儒生唐仲实，询问汉高帝、汉光武帝、唐太宗、宋太祖、元世祖平定天下之道 ，这也表明朱元璋决心要开创一个新的皇朝。
攻灭陈汉
朱元璋建立以应天为中心的根据地，在长江上游有陈友谅，下游有张士诚，东南邻方国珍，南邻陈友定。
方国珍、陈友定的目标在于保土割据，张士诚则对元朝首鼠两端，没有多大雄心；陈友谅最强，是朱元璋占领应天后遇到的最危险的敌人。
鄱阳湖之战形势
陈友谅本是徐寿辉手下大将倪文俊的部下。
后来他杀死倪文俊，并于至正二十年（1360年）挟持徐寿辉，攻占了太平、采石。
于是陈友谅以为应天唾手可得，就杀了徐寿辉，在采石称帝，国号汉，改元大义。
接着，陈友谅约张士诚东西夹击应天，平分朱元璋的领地，应天大震。
朱元璋只好召集众将商量对策，一时众说纷纭。
惟有刘基默不作声，朱元璋于是征求他的意见，刘基认为如今最危险的敌人莫过于陈友谅，必须集中力量消灭他。
虽然陈友谅势力强大，但他杀君自立，部众离心，人民疲敝，故而不难战胜，只要等他们深入，再以伏兵击之，不难取胜。
朱元璋同意刘基的判断，于是设计诱敌深入，制造战机。
朱元璋的部将康茂才和陈友谅是老朋友，于是修书一封，派人送到陈友谅营中，约陈攻击应天，并说愿意在江东桥作内应。
六月二十三日早晨，陈友谅率舰队主力赶到应天郊外的江东桥，才发现桥是石桥而非木桥，方知受骗中计。
但为时已晚，朱元璋的伏兵奋起攻击，陈友谅大败。
朱元璋收太平，占领信州、安庆。
陈友谅败逃九江，第二年八月攻下安庆，于是朱元璋率军直取陈友谅的老巢江州，陈友谅逃往武昌， 朱元璋攻克江西和湖北东南部。
正在这时，中原红巾军发生分裂，力量削弱。
至正二十三年（1363年）二月，张士诚趁人之危，派部将吕珍进攻安丰，刘福通向朱元璋求救。
朱元璋率军赶到安丰，救出小明王韩林儿等，把他们安排在滁州居住。
朱元璋率主力营救小明王时，陈友谅认为反攻时机已到，于是率兵进攻洪都。
朱元璋的侄子朱文正率领将士坚守八十五天。
至正二十三年（1363年）七月，朱元璋统兵二十万，进发洪都，陈友谅获悉后，撤出围军，迎战朱元璋，双方在鄱阳湖展开决战。
鄱阳湖水战从八月二十九日开始，至十月三日结束，进行了三十六天。
朱元璋的军队充分发挥小船灵活的长处，火攻陈军，最终取胜， 陈友谅被乱箭射死。
至正二十四年（1364年）元旦，朱元璋被百官推举为吴王，建百官司属，仍以龙凤纪年，以“皇帝圣旨，吴王令旨”的名义发布命令。
因至正二十三年（1363年）张士诚早已自立为吴王，故历史上称张士诚为东吴，朱元璋为西吴。
至正二十四年（1364年）三月，朱元璋再次到武昌督兵攻城，陈理最终出城投降。
在吞并了陈友谅后，朱元璋的下一个目标就是张士诚。
张士诚早年贩卖私盐为业 元末发动盐徒起义，于至正十四年（1354年）在高邮称诚王，建国号为周，建元天佑。
至正十六年（1356年），建都平江。消灭陈友谅后，朱元璋于至正二十五年（1365年）十月进攻张士诚，一举攻下通州、兴化、盐城、泰州、高邮、淮安、徐州、宿州、安丰诸州县，将东吴的势力赶出江北地区。
至正二十六年（1366年）五月，朱元璋发布檄文声讨张士诚。
同年十一月，杭州、湖州先后投降朱元璋，平江成为孤城。
朱元璋以重兵包围平江，发动平江之战。
在围城的同时，朱元璋派廖永忠去滁州接小明王韩林儿到应天来，但在瓜步渡江时悄悄将船底凿漏，小明王沉于江底。
接着，朱元璋宣布不再以龙凤纪年，称至正二十七年（1367年）为“吴元年”。
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