于是袁崇焕只能再次召集诸将，言明朝廷态度，又分析了利弊，再次主张重修大凌河堡。虽然仍然有辽东军将反对，但祖大寿，祖大乐，朱梅等人从大局考虑，还是勉强选择了支持。
崇祯四年九月，袁崇焕遣祖大寿，朱梅领一万五千军秘密驻防大凌河堡， 同时征用卫所班军一万五千人开赴大凌河堡。（所谓的班军，指的就是以卫所军为主体的，离开自己的原来卫所，周期性质的驻守某地的军队），这一万五千人名为班军，实际上就是建筑部队和民夫，是袁崇焕专门安排修城之用的。
十月，袁崇焕联系徽商，浙商和四海商会，陆续采购了十万石粮食秘密运往大凌河堡。同时，为了预防皇太极发兵来攻，袁崇焕命祖宽领所部驻防右屯，曹文诏率部驻防松山堡，同时在锦县屯兵，自己则将剩余主力调至锦州，随时策应。
由于上书耽误了一个月，随后调集民夫又耽误了些时间，一直拖到九月中旬，大凌河堡方才开始秘密动工。到十一月，大凌河堡已经修缮过半，囤积了三万大军，其中辅兵（班军）一万五千，粮食十万石，大小火炮三千五百余门，鸟铳火枪无数。
清军方面，睿亲王多尔衮在反复侦查大凌河堡情况之后，于十一月突然率军杀至大凌河堡。同时，命多铎率镶白旗分别进攻锦县与右屯，多尔衮则亲率正白旗和蒙八旗，汉军旗进攻大凌河堡。
至此。崇祯四年。大凌河战役拉开帷幕…
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