既然已经称王建制，那相应大都督府的架构和名称也要有所变化和调整。在整体编制基本不变的情况下，十三判曹升格为十三分司，主官依旧称判事，佐副为左右判；各曹主官则为的参军、左右参，各科负责人则为相应的主事、从事职衔；分别隶属于政务官的初阶和事务官的中阶。
就此形成大都督府内判司——分曹——科房三级直属部门体系，在科房以下又按照需要别设有若干临时性的小组，以抽调人员完成短期或是中期内的的业务需要。除此之外又有若干局、所、院、监、署等，低于判司或是分曹的附属小部门，负责人称为从事或是官正，以掌握特定领域的庶务和技术。
通常情况下，十三判司长官外加特定人选组成的定期政务联席会议，以及相应部门组合沟通协调的日常碰头会，就足以决定管辖下的大多数相关事务。只有政策、方针、指导性质的内容和重大事项的运作，才会交付到周淮安的面前来，由相应的三参团组负责审核，再归总于周淮安最终批复刊行。
其中能够参加的特定人选，就是以所在部门本职加左右参议、左右参政四级头衔，而得以参加相应议题的表决资格；区别的是前者只有表决权和异议权，而后者更拥有提案权。类似于过去历代朝廷的录尚书事、参知政事、同中书门下三品、同平章军国事等等；
主要是为了确保最高统治者，随时有对最高层面的统治机关和决策部门，进行掺沙子和改变权力制衡、调理派系力量对比的权力；以避免其中因为相应人等的长期掌权和机构运作过程当中，天然形成的山头和派系，把持或是垄断某项事务或是整体局面的可能性。
因此，相对于目前大都督府还算是比较简明的行政体系，待到日后相应的职责和组织进一步扩大，正式撤销都督府的名头而转入国家政权层面之后；还会加上若干见习参议和联席会议行走的头衔。前者作为有资格旁观和见证，高层决策过程的荣誉头衔和资格；而后者则是在场负责相应准备工作和记录过程等庶务。
作为唯一的最高统治者，主要掌握住基本的军权、人事和财政权，其实次外交、情报和监察权；其他的完全可以委托给一个运转良好的官僚体系，而只要注意时不时的予以鞭策和刺激，替换掉以及老朽腐坏的零件，以实现及时更新换代的良性循环而已
而在在地方上，依旧还是屯乡三长（司库、巡长、主办）——县三官（县尉、县丞、典史）——州三佐（司马、别驾、长史）；只是在四道十路的路一级，预留了相应“三司四使”和若干别设、差遣职的位置和相应等级的晋升空间。
即（内地）布政使（延边）安抚使、（财赋重心）转运使（普通分路）度支使、（望要区域）按察使（普通地方）提刑使三大司；足以掌握和维持住一路下辖的十余州到二十余州，汇聚起来的大多数行政体系运作需求。
又有（望要重点）巡察使（边远地区）采访使、（人口密集）学政使（人口稀疏）提调使、（内陆）营田使（边疆）垦拓使，营造使，等四位次一等的使职；负责分理监察采风、宣教文选、军民屯垦农渔林牧、工（厂）矿（山）运营等重点事务。
在路与州之间，又有按照实际需要别设的经略使（战备），戍防使（守边）、镇平使（平叛定乱）或是讨击使（局部攻略）等，非定额编制的临时职事差遣。与之对应的军队体系当中十二军序，以及从（士三阶）火长到（将八阶）首席中郎将的配套职阶、军衔基本不动；
但是在一州内委派用兵时，会特任加衔为兵马使守捉使，数州范围内的用兵主官称都兵马使统将，专掌一路用兵的主官称制置使都统。。一旦将来还有横跨数道的大兵团联合作战的需要，则负责总筹局面的主将、副将，则加上相应地域特色的（正副大中小）都督、都护衔以专其事。
而二三线的地方守备序列则又是另一套体系。主要在州城和县下一级，自有相应城内的守备团和市镇中半脱产的巡护队；在重点大州或是名城望要大邑内，还有若干的驻队营作为二线守备力量。
在日常勤务上从属各级地方官府的调遣和指派，并提供福利津贴；在考绩和人事升迁上受到大都督府虞候司节制；而军事训练装备粮饷，则有兵曹守备科进行管理。这样一旦遇到战事和变乱、暴动时，则有委派的将领负责具体指挥，或是统一归在相应辖区内的戍防使、经略使、镇平使的麾下作战。
因为日后的电报线路的铺开和蒸汽车船水运延伸的预期治下，在内陆和大后方地区的三司四使，除了本衙的护卫队和拥有一定武装的诸多役属之外，也不再沾手任何军队相关的成分。但是对于分路内驻留的（直属机动部队）十二军司之一，在突发事件和应急处置上有权要求协力，并拥有相应的监督和弹劾权。
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