装置交给了泽井后，两人再次前往其他宇宙。
高斯宇宙，当年的小武藏已经长大了，变成了一个帅小伙，也变身成为高斯奥特曼保护着怪兽和人们。
武藏也逐渐明白了勇气和爱的意义，高斯也领悟到了真正的仁慈。
但是，一场针对他们两人的危机，悄然来临。
就在青年精英队休闲的时候，远在太阳系另一侧的混沌病毒开始活跃起来。
另一边，两道光芒从宇宙外太空飞向地球，没有惊动任何卫星。
蓝澜和七濑看了看周围的情况后，创建两个合理的身份，租了一间房子。
此时青年精英队基地附近发生震动，基地中的众人疑惑起来。
日浦看着电脑旁的绫乃：“绫乃，刚才地震损害情况如何？”
“EYES基地内完好无损，至于外面的检测数据……刚才不只是霓虹，世界各国同时发生了地震。”绫乃急忙说道。
武藏走到电脑旁看着电脑屏幕中的情况，瞬间凝重起来：“显示怪兽活动的光点，数目很多！”
“不会是因为刚才地震，长眠的怪兽一起苏醒了吧？”风吹在一旁喃喃道。
“别瞎想，不可能这么……”
忍副队长话还没有说完，就被大屏幕上的通讯打断了。
“这里是杰露米娜3号，在宇宙坐标P-87点观测到强烈的混沌病毒能量反应，正在急速增加，集合速度之快！令人难以想象。”
家中，蓝澜和七濑站在阳台上看着天空，视线穿透云层看到了宇宙中的混沌病毒。
“没想到我们才来，它就要搞事情了。”七濑站在蓝澜身旁说道。
“它的目标是武藏和高斯，不过它注定会失败。”
EYES基地内，大屏幕上的杰露米娜三号的通讯断开了。
“异常强的能量波正向地球袭来！”绫乃看着电脑说道。
“一定是刚才地震！队长，混沌病毒的能量波已经影响到了地核。”武藏看着日浦说道。
“原来如此！核变动扭曲了地球磁场，扰乱了怪兽们的生理时钟。”
“所以怪兽们一起……”
绫乃抬起头看着日浦：“镝矢群岛池山管理员紧急来电！”
大屏幕上，众人看见了镝矢群岛中的怪兽开始躁动起来，众多怪兽都在害怕。
说着说着，大屏幕上的通讯也断开了。
此时的混沌病毒降临到地球，随后变成了混沌奥特曼。
“队长，D-9地区出现混沌奥特曼！”绫乃汇报道。
“纳尼？”
“明明已经打败它了啊！”武藏在一旁疑惑道。
混沌奥特曼双手凝聚能量，对着不远处的建筑发射而去，直接破坏了整个建筑。
日浦看着众人：“红色等级状态，阻止混沌奥特曼的破坏行动！”
“明白！”
随后，风吹驾驶泰克回旋者1号，忍驾驶泰克回旋者2号，武藏驾驶泰克雷霆4号出动。
三架战机赶到现场后，直接对着混沌奥特曼攻击。
忍趁机驾驶着战机飞到对方面前，发射镭射光线绳捆住它。
然而却被对方挣脱了，随后发射光线击中战机，最后直接迫降了。
另一边的风吹也驾驶战机疯狂的攻击混沌奥特曼，一波操作猛如虎，结果被对方抓住了战机。
只有武藏一直保持着冷静，但是终究被队友坑了。
只见混沌奥特曼扔出泰克回旋者1号，驾驶舱内的风吹急忙喊道：“武藏，快躲开！”
武藏闻言急忙操控操纵杆躲开了战机，但是被混沌奥特曼的光线击中。
最后武藏坠机了，虽然他人没事，但也昏了过去。
此时科学分析中心，土井垣和羽角正在这里研制出混沌破坏酵素。
而混沌奥特曼的目标就是混沌破坏酵素，毕竟那东西可以伤到它。
当日浦听到绫乃这样说后，突然恼怒起来：“它一开始的目标就是混沌破坏酵素！”说完看向绫乃：“绫乃，我们出动。”
绫乃取下耳中的麦克风后，跟着日浦一起去驾驶战机出动。
此时的混沌奥特曼已经看到了不远处的科学分析中心，随后不紧不慢地走向那里。
当日浦和绫乃找到了风吹和忍副队长后，还没说上几句话，就被不远处的混沌奥特曼打断了。
“快跑！”日浦拿起手中的枪射向对方，一边开枪一边说道。
然而手枪并没有多大的威力，根本伤害不了混沌奥特曼。
只见它发射紫色的光弹，使地面上的四人就像老鼠一样乱窜。
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