制豆腐，首先要将黄豆用水泡发，泡好后用清水洗净，换入清水20至25千克，用石磨磨成稀糊，再加入与稀糊同样多的温水拌匀，装入布袋内，用力把浆汁挤出，再在豆渣内对入沸水拌匀后再挤，如此连续豆渣不沾手，豆浆已挤完时，撇去泡沫，将浆汁入锅用大火烧开，倒入缸内，加进石膏汁，边加边用木棍搅动，约搅15至20转后，可滴上少许水，如与浆混合，表示石膏汁不够，须再加进一些石膏汁再搅。如所滴入的水没有同浆混合，约过20分钟后即成为豆腐脑。将豆腐脑舀入木盒内，盖上木板，压上重石块，压去水分，即成豆腐。
油炸臭豆腐。将青矾放入桶内，倒入沸水用棍子搅开，放入豆腐浸泡2小时左右，捞出豆腐冷却。然后将豆腐放入卤水内浸泡，春、秋季约需3至5个小时，夏季约浸泡2小时左右，冬季约需6至10个小时，泡好后取出，用冷开水略洗，沥干水分，再将茶油全部倒入锅内烧红，放入豆腐用小火炸约5分钟，一待焦黄，即捞出放入盘内，用筷子在豆腐中间钻一个洞，将辣椒油、酱油、麻油倒在一起调匀，放在豆腐洞里即成。
卤水制法以用豆豉2.5千克为标准计算，须加清水15千克烧开，过滤后，在汁水内加碱1500克浸泡半个月左右，每天搅动1次，发酵后即成卤水。
臭豆腐普遍被认为是“不健康”的食物，如今，却摇身一变成了好东西。据台湾《康健》杂志报道，臭豆腐中富含植物性乳酸菌，具有很好的调节肠道及健胃功效。
臭豆腐以优质黄豆为原料。制作工艺较为复杂，黄豆经过筛选、脱壳、浸泡、磨浆、过滤、煮浆、点浆、成型、划块、发酵等十道工序。呈贡臭豆腐质地软滑，散发异香。先人赞誉云：“味之有余美，玉食勿与传”。它不仅有很高的营养价值，而且有较好的药用价值。古医书记载，臭豆腐可以寒中益气，和脾胃，消胀痛，清热散血，下大肠浊气。常食者，能增强体质，健美肌肤。
该报道称，臭豆腐中含有植物性乳酸菌，跟酸奶中的一样。有“植物性乳酸菌研究之父”之称的RB东京农业大学冈田早苗教授发现，臭豆腐、泡菜等食品当中，含有高浓度的植物杀菌物质，包括单宁酸、植物碱等，而植物性乳酸菌在肠道中的存活率比动物性乳酸菌高。
臭豆腐分臭豆腐干和臭豆腐乳两种，都是很流行的小吃。臭豆腐虽小，但制作流程却比较复杂，一般经过油炸、加卤和发酵等几道程序，在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，对温度和湿度的要求非常高。BJ食品酿造研究所所长鲁绯告诉记者，它的原料豆腐干本来就是营养价值很高的豆制品，蛋白质含量达15%—20%，与肉类相当，同时含有丰富的钙质。经过发酵后，蛋白质分解为各种氨基酸，又产生了酵母等物质，所以有增进食欲，促进消化的功效。臭豆腐乳其饱和脂肪含量很低，又不含胆固醇，还含有大豆中特有的保健成分——大豆异黄酮，因此被称为中国的“素奶酪”，它的营养价值甚至比奶酪还高。
吃臭豆腐，对预防老年痴呆还有积极作用。一项科学研究表明，臭豆腐一经制成，营养成分最显着的变化是合成了大量维生素B12。每100克臭豆腐可含有10微克左右。缺乏维生素B12可以加速大脑老化进程，从而诱发老年痴呆。而除动物性食物，如肉、蛋、奶、鱼、虾含有较多维生素B12外，发酵后的豆制品也可产生大量维生素B12，尤其是臭豆腐含量更高。全国各地的臭豆腐经营都以“不臭不要钱”为称，有分析表明：姿色愈佳的美女愈钟意吃臭豆腐。臭豆腐配方佐料里有某些调味品适量吃点是对身体有好处的。譬如辣椒（精制，湖南特产）等诸多调料，适量吃是有好处的。有资料表明：辣椒进入人体以后，可以增加人体内肠胃蠕动，从而促进人体内新陈代谢，使人排便通畅，神清气爽。辣椒里还含有丰富的维生素C而维生素C是维持人体内免疫系统的主要成份。相信许多人也深有体会（喜欢吃辣椒的人比不中意吃辣椒的人的感冒次数明显要少的多）医学专家（营养）提醒，每天应补充足够富含维生素C的食品，如萝卜青菜...但仍然不宜多食。
研究证明，豆制品在发酵过程中会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢。它们具有一股特殊的臭味和很强的挥发性，多吃对健康并无益处。此外，胺类物质存放时间长了，还可能与亚硝酸盐作用，生成强致癌物亚硝胺。
臭豆腐虽小，但制作流程却比较复杂，必须经过油炸、加卤和发酵等几道程序。在整个制作过程中，要求一直在自然条件下进行，而且对温度和湿度的要求非常高，一旦控制不好，很容易受到有害细菌的污染，轻者会引发人体胃肠道疾病，重者还会导致肉毒杆菌大量繁殖，产生一种有毒物质———肉毒毒素。这是一种嗜神经毒素，毒力极强，曾报道过的臭豆腐中毒事件，就是由这种毒素引起的的。
臭豆腐在中国以及世界各地的制作方式和食用方式均存在地区上的差异。长沙和绍兴的臭豆腐干相当闻名，但其制作以及味道均差异甚大。宫廷贡品BJ王致和臭豆腐等曾光临并夸奖，美国《食品》杂志也亲临采访。火宫殿选用上等黄豆做成豆腐，然后把豆腐浸入放有冬笋、香菇、曲酒、浏阳豆豉的卤水中浸透，表面会生出白毛，颜色变灰。初闻臭气扑鼻，用油锅慢慢炸，直到颜色变黑，表面膨胀以后，就可以捞上来，浓香诱人，浇上蒜汁、辣椒、香油，即成芳香松脆、外焦里嫩的臭豆腐。
长沙街头也有很多民间制作臭豆腐的能手，深受民众的喜爱。
绍兴的油炸臭豆腐是用压板豆腐切成2．5厘米见方的块，放入霉觅菜梗配制卤中浸泡，颜色为黑灰色。
BJ闻名的王致和臭豆腐为臭豆腐乳，与南方流行的臭豆腐干是两种不同的食品。
临清臭豆腐，在明末清初位于大运河航道北段出现。临清臭豆腐作坊制作的产品，北上进宫，南下余杭，凡是尝过该产品者，都知晓了真正的臭豆腐究竟是什么样子。相比之于其他任何地方的臭豆腐，临清臭豆腐都是最臭、最香，以至于美食家称其为“真正的臭豆腐在临清”。
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