第二天一早，康熙命令直郡王、诚郡王率大学士伊桑阿.阿兰泰、张立书一同前往明孝陵行礼，安奉孝陵殿内，并传谕道：“朕昨奠洪武陵寝，见墙垣复多倾圯，可交与江苏巡抚宋辇、织造郎中曹寅会同修理，朕御书‘治隆唐宋’四个大字，交与织造曹寅制匾悬奉殿上，并行勒石，以垂永久。”
随后，康熙又命直郡王、诚郡王和大学士修建重整明孝陵殿内，但修整时遇到连续阴雨，导致贻误工期，至秋凉时工程才结束。
康熙帝的这一举措受到省文武官员及南京城中父老子弟的拥护，施工期间，前去明孝陵观看者犹如潮涌。大大缓解了当时汉人对清政权的不满情绪，进一步巩固了清王朝的统治。
如今明孝陵殿前的御碑殿内陈列的五块石碑，正中的一块就是康熙三十八年康熙帝———爱新觉罗.玄烨所立。
康熙四十二年(1703年)二月，康熙第四次南巡至南京，入住在吉祥街(今大行宫)织造行宫内，派遣大学士马齐祭明孝陵。
康熙四十四年(1705年)四月，康熙第五次南巡，入南京城后，入住在吉祥街行宫内，派遣尚书徐潮祭明孝陵。康熙的车驾东行，路过明孝陵，从乐角门进入，对诸臣说：“非尔等道，引有秩，特朕之敬心耳。”接着便率领诸位皇子以及大臣侍卫等入明孝陵行礼。
康熙四十六年(1707年)三月，康熙第六次南巡至南京，仍然入住吉祥街行宫，康熙亲自率领文武百官祭明孝陵，至大门下辇，由东陛升殿。这是康熙最后一次祭奠明孝陵。
康熙在位六十一年，六次南巡，六次祭奠明孝陵，一直被世人传为佳话。
当朝皇帝祭拜前朝的开国皇帝，这也算是难得一见！
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