2007年3月10日，奥特曼帮助梦比优斯击退了暗黑四天王之一的美菲拉斯星人后，与其他兄弟们离开了地球。在3月31日，奥特曼与其他奥特兄弟们一起出动，复原了被黑暗宇宙大皇帝安培拉星人的黑暗力量影响而逐渐走向死亡的太阳。
时光来到了未来，人类迎来了宇宙开拓的时代。
在宇宙的尽头，奥特曼来到波利斯行星，救助因为被怪兽的攻击而困在这颗星球上的人们。但是在救助过程中，奥特曼遭到幕后黑手--究极生命体雷布拉德星人（雷布朗多星人）精神体的攻击，被封印在巨岩中。
为了保护人们免受怪兽的袭击，奥特曼消耗着自己的生命能源在文森特岛上张开结界，防止怪兽靠近人们。在波利斯行星即将爆炸时，奥特曼解除了雷布拉德星人的封印并恢复了能量。他帮助盘龙号脱离了黑色金古桥的控制，成功地拯救了ZAP，事后奥特曼自己也平安脱离。在与赛文会合后，两人联手施展双重光线，保护ZAP逃离了哈马行星，并破坏了雷布拉德星人精神体的手臂。
之后，继承了雷布拉德遗传因子的贝利亚奥特曼越狱。在贝利亚进攻光之国时，奥特曼虽与佐菲、赛文一起联手对付贝利亚但依然不敌。奥特宇宙警备队被击溃，等离子火花塔的能量核被贝利亚抢走，光之国面临毁灭的危机。
幸存下来的奥特曼与赛文、梦比优斯取回变身的能力后，和ZAP的雷一起赶到了怪兽墓场，欲夺回能量核，但在与贝利亚的怪兽军团战斗中陷入了苦战。在赛文之子——赛罗·奥特曼加入战场后形势发生逆转。最后奥特曼与赶来助战的雷欧·奥特曼、阿斯特拉、戴拿、赛罗、ZAP等联手打败了贝利亚变成的百体怪兽贝琉多拉，夺回了能量核，拯救了光之国。
在怪兽墓场一战结束后不久，贝利亚穿越平行宇宙成为了银河皇帝恺撒贝利亚，为了报复光之国而派来黑暗洛普斯进攻光之国。奥特曼等人研究了被击败的独眼巨人残骸，在得知了敌方来自平行宇宙。奥特曼和光之国的全部奥特族人们一起向赛罗贯注能量，送其前往平行宇宙。恺撒贝利亚最终在和赛罗的再度对决被击败，而他派出来袭击光之国的100万台黑暗洛普斯军团，也被奥特曼和宇宙警备队的全体奥特战士们一起消灭。
在贝利亚的野心又一次被粉碎后，来自其他宇宙的杀手比特星出现了。奥特曼与佐菲、赛文合力使用阻挡光线，拦截了比特星的前行，而赛罗则与他的伙伴们成功从内部破坏了比特星。
其他剧情——新生代（具体时间节点不好分辨）：
1.赛迦：在赛迦·奥特曼与宇宙恐龙海帕杰顿交战期间，奥特曼与赛文、杰克、艾斯、雷欧穿越平行宇宙，一起来到了这个世界并帮助赛迦击败了触角宇宙人百特星人的五只怪兽兵器，其中奥特曼以斯派修姆光线击败了怪兽兵器安东拉。
2.银河：在银河火花战争中，奥特曼被黑暗路基艾尔使用黑暗火花变成了火花人偶[52]，因为黑暗虚拟火花的缘故而一度被黑暗实体化为黑暗奥特曼。最终在黑暗赛文被银河·奥特曼打败后，与赛文一同变回了火花人偶并被回收。
之后久野千草用银河亮光火花超实体化为奥特曼，协助银河战斗。在黑暗路基艾尔被击败后，奥特曼和其他的火花人偶解除了黑暗火花的诅咒而返回了宇宙。
两年后，新的敌人来袭。为了帮助银河应对新的战斗，奥特曼等奥特曼六兄弟相助，一起把力量借给了银河，使其能够变身为银河斯特利姆形态。
3.艾克斯：在这个世界，奥特曼是传说中的光之巨人，在太古时期与迪迦一起封印阎魔兽赛格古。
到了现代，因为人类对古代芭罗慈遗迹的破坏而导致赛格古苏醒了过来。在艾克斯奥特曼与人类对赛格古的战斗陷入紧张状态之时，奥特曼与迪迦现身，帮助艾克斯击败了火焰哥尔赞以及安东拉，并把他们自身的力量赋予艾克斯，使得艾克斯获得了贝塔火花武装，战斗力得到了极大提升，最终成功地消灭赛格古。
4.欧布：在远古时期，奥特曼与迪迦、佐菲、杰克、泰罗、梦比优斯、赛罗来到了这个宇宙中的地球，并成功封印了七大魔王兽。其中，奥特曼在北欧森林击败了光之魔王兽·玛伽杰顿，并以自己的力量将玛伽杰顿封印，封印力量后来形成了奥特曼的奥特融合卡片，使欧布能变身为重光形态（斯佩修姆哉佩利敖）。
5.捷德：由于贝利亚奥特曼再度复活并变得更加强大，光之国与贝利亚的战争再次打响。
战争的最后，战场转移到边疆宇宙的地球上，奥特曼和奥特宇宙警备队的全体战士们一同出动作战，但仍无法阻止贝利亚启动超时空消灭炸弹，地球爆炸并引发了能毁灭整个宇宙的时空断层。在这危急时刻，奥特之王与宇宙化为一体拯救了宇宙和地球。在第25话中，奥特曼受到捷德的呼唤，与其他奥特战士们一起用念力传输力量给捷德奥特曼，使捷德能在奥特之王的帮助下顺利制造出四个形态的分身，五个形态的捷德联手将极恶贝利亚打回原形。
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