实际上藤宫博也并未被巨兽佐利姆的火焰杀死，在失去光之后，他在世界各地游荡，寻找能够对抗根源的破灭招来体的方法，但多次尝试都以失败告终。藤宫意识到，不再是阿古茹奥特曼的自己根本无力阻止毁灭的根源，他的内心变得更加消极和不甘。
根源的破灭招来体伪装成藤宫生命中的重要之人·稻森京子博士，趁机来迷惑藤宫，更制造出幻影阿古茹奥特曼，希望把藤宫拉拢来对付人类，但藤宫博也在KCB电视台主播吉井玲子的支持下觉醒，两人互相扶持地渡过了难关。
破灭招来体的魔爪再次袭来，派出捕获机器兽抓走了我梦，藤宫博也虽然仍认为人类改为地球的灾难负责，但他也明白了“人类会改变”的道理，他想要为真正的应该守护的东西而战斗。地球回应了藤宫的呼唤，重新赋予他海洋之光，使藤宫博也再次变身为阿古茹奥特曼，并升级为阿古茹V2型，轻松击败了宇宙捕获机器兽西格玛茨依古尔，救下了高山我梦。
这次的阿古茹奥特曼，不再是想要消灭人类，而是为了保护地球和人类的明天，携手盖亚奥特曼并肩作战，击败了超戈布和超巴茨斯等强敌。但根源的破灭招来体的攻势也逐渐加强，接踵袭来的强敌---破灭魔人破灭魔人布里茨布洛茨和泽布卜，最后虽然都被击败，但阿古茹奥特曼也身受重伤，地球防卫力量也受到重创。
战斗到了最后阶段，空中基地因破灭魔人基普布和单极子生物莫奇安的袭击而毁灭，XIG的据点迁至吉欧基地，而我梦与藤宫的身份亦被XIG重要成员得知。“根源的破灭招来体”派出大量破灭魔虫覆盖地球表面，阻挡阳光，影响通讯，但故意未将报导坏消息的新闻转播屏蔽。
阿古茹奥特曼和盖亚奥特曼联手对战魔虫的集合体--破灭魔虫恺撒德比西，但是由于敌人数量太多而陷入苦战[19]。在破灭招来体的最终兵器--根源破灭天使佐格出现后，更以压倒性实力击败盖亚和阿古茹，通过新闻播放转播给全世界，以此把人类最后的希望一举击溃。
此时，地球怪兽却大举出现对付蝗虫，我梦以地球内部的力量回复通讯，“炼金之星”亦与XIG合作，利用怪兽的能量转化成光，使我梦与藤宫再次变回奥特曼并且得到强化，阿古茹V2联手至高型盖亚，歼灭了全部的破灭魔虫，并一举打败根源破灭天使佐格，恢复和平。决战之后，两人都没有了光的力量，我梦最后选择回到大学继续从事研究，而藤宫则独自踏上了旅途。
在击败佐格后的数年里，不再是阿古茹的藤宫，一人四处旅行，寻找着人类和地球怪兽共存的方法。但由于根源破灭海神伽库佐姆的苏醒，地球怪兽们受到影响又再次活跃。藤宫为了保护怪兽们不惜对抗军队，因此被遭到各国军事机构的通缉。
身负重伤的藤宫被神秘的金发少女所救，伤势也被对方的特殊能力治愈。这个少女实际上是海底智慧生物·里纳尔的化身，人类未知的存在。由于伽库佐姆吞噬着里纳尔的力量，使其种族日渐衰弱。里纳尔的少女探知着藤宫对于人类和地球上其他生物共存的看法，在得知了藤宫坚定“人类会改变”的信念后，少女以自身的力量唤醒了海洋之光，让藤宫能再次成为阿古茹奥特曼。
伽库佐姆的黑暗遮蔽了地球，开始灭亡行动，藤宫变身为阿古茹迎战。起初，阿古茹压制住了破灭海神，但不久就因大量的巴伊库赫支援海神而被打倒。盖亚再现后，帮助阿古茹脱离束缚，但两人联手也无法战胜伽库佐姆的强化体形态，命悬一线。危急时刻，里纳尔集合全族的力量，为两位奥特曼补充光之能源。力量增强的阿古茹和盖亚再度迎战，对破灭海神展开压倒性的反攻，最终以组合技“光子方场”消灭了伽库佐姆（强化体），破灭招来体的毒手再一次被粉碎。
地球和平的若干年后，藤宫博也感受到来自其他平行宇宙的地球的呼唤，以阿古茹地球之光的力量穿越次元，来到了生命之树所在宇宙的地球。
阿古茹刚到达，便和宇宙恶魔巴力西卜发生战斗，并救下了孤军奋斗的伽古拉。藤宫随后与先一步到达的我梦会合，并帮助凯和天照女王等人对付才气博士的阴谋。对于才气博士想要“剥夺智慧生命体的自由意志”的想法，藤宫表示理解，觉得才气就像过去的自己，想法既是对的，也是错的。
战神被库因蒙蔽而被傀儡毒侵蚀，欧布也被傀儡毒折磨着。藤宫变身为阿古茹，和盖亚联手迎战库因。在知道库因的真正目的是彻底抹消所有生物的智慧和文明后，阿古茹奋力要帮战神摆脱库因的控制，但因分心而遭到暗处的巴力西卜用大招偷袭，解除了变身。
重伤的库因和才气融合为才库因，面对实力更强的恶魔，飞鸟和武藏及时赶来支援，与藤宫等人会合。阿古茹、盖亚、欧布、戴拿和高斯等五位奥特战士联手对战巴力西卜军团，形势仍是充满危机。最后在翔平和女王情感羁绊引发的奇迹下，生命之树的果实发出光芒，战神得到净化，才库因被阿古茹等五位战士的组合光线击败，巴力西卜军团终被消灭。
危机解除，阿古茹和盖亚等奥特曼将自己的部分力量交给欧布，帮其在今后的冒险中渡过难关，之后返回自己的宇宙。
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