除了称呼上的改变以外，甄嬛准备在修仙界尚在筹备中的时候，就开始建立起完整的宗门体系。并且，宗门体系将会和现在的大清朝廷并行而立，宗门扶持大清，但是不直接管辖大清。
宗门会设置内门、外门两个部分。外门就是资质一般的弟子，可以获得一般的修行资源，在宗门里算是基础力量。外门弟子要负责很大一部分的宗门日常事务，包括各个部门的基础人员组成。
而内门则由资质上等的弟子组成，可以获得更好的修行资源，是宗门的中坚力量。内门弟子同样需要负责一部分宗门事务，但是总体来说不需要承担和外门一样多的任务。不过，内门弟子则在任务要求上会更加严格。
这一方面是出于公平起见，不能让外门弟子负责更多事务，而内门弟子则可以一心享受，专心修炼。若真是这样，外门弟子必将会逐渐心理不平衡。水能载舟亦能覆舟，外门弟子一旦心理扭曲，对宗门来说，也是一样的损失。
另一方面，内门弟子需要承担更多的任务要求，也可以让内门弟子更加专心修炼。因为修炼进度不够，就会导致修为跟不上，任务就很难完成。而内门弟子的任务，将更多的和秘境探索有关系，这些都是需要修为作为基础的。
除了弟子以外，就是宗门管理层的分布了。现在在宫中的所有修士，都会在宗门的管理层负责一个位置，一起配合起来，统一负责宗门的运行和管理。当然，宗门的管理层的资源会比弟子更多，既是补偿管理层的付出，也是作为管理层的福利。
现在宫中，在修炼的修士，原来是妃嫔的包括甄嬛在内，一共有十四个。
分别是皇后宜修，端贵妃齐月宾，华妃年世兰、敬妃冯若昭、齐妃汤静言，曹嫔曹琴默，丽贵人费云烟、欣贵人吕盈风、富察贵人富察氏、沈贵人眉庄，祺常在瓜尔佳氏、淳常在方淳意、瑢常在陵容以及甄嬛自己。
淳儿天真性子，最多挂个执事吃吃空饷，算甄嬛心疼淳儿的，甄嬛自己补贴，不作数。甄嬛自己总领宗门事务，算个宗主，也不算在内。其他十二个女子，都算长老，一起协助管理宗门。
甄嬛打算分两个先将大清的事务理清楚，稳定现在大清的前朝，一人扮作皇帝，另一人就暂定国师辅助理事。只是现在这两人究竟谁来，倒是也还没有定下。当然，还是具体要看其他姐妹的意见和建议了。
她虽然是宗门宗主，但是甄嬛也不打算自己大包大揽，所有事情都揽在自己身上。很多事，还需要各个长老来统一意见。很多时候，甄嬛自己做一言堂，是不可能发展好宗门的。甄嬛也准备好了，将来的宗主也不能一言堂的准备和规定了。
这两个负责大清事务的长老，甄嬛也打算今后一直维持下来。不过，之后的两个长老，就是都只能作为国师存在，辅助当朝的皇帝或者其他管理国家的人。她也得防止长老过度干预凡间事务，也需要更深层次的规定。
除了这两个长老以外，甄嬛还打算再安排3个长老，管理外门事务。这三个长老分别对外门的人事、杂务以及资源分别管辖。同样的， 也需要由长老层共同选举出来，最后由宗主敲定。
剩下的7个长老，一个管辖风纪堂，负责宗门总体的纪律和风气，手下的弟子和管辖人员都与其他体系独立并行，即便是宗主也不能对风纪堂直接管辖。风纪堂的长老任免和任命都需要由全体宗门弟子投票表决。
而风纪堂可以直接提出对其他长老的弹劾，不过同样需要全体宗门弟子进行投票表决。风纪堂对于弟子有直接处罚的权利，处罚决定由风纪堂长老签发。对于执事的处罚，则需要由三个及以上的长老共同决定签发。
再安排两个长老，主理宗门总体的人事，包括间接管理外门弟子和内门弟子，所有的任务发放、宗门月例发放以及宗门弟子登记。这一部分分别由任务堂和总务堂管理，两个长老共同管理两个堂口，总称总务府。
一个长老管理宗门资源的进出和分配，称资源与财库府，简称资库府。平日里的职责包括总务堂每月的份例，以及各个宗门长老的份例。平日里秘境的资源管理，也由资库府管理，但是所有的资源管理，数额大的也需要通过长老甚至宗主的批准。
两个长老管理宗门的课业，称课业府。平时主要负责宗门里的弟子的平日的课业修行，季度、年度的考核，各种宗门比试等等。还有就是，将来若是建成了宗门的藏书阁，也应该由课业府和资库府综合管理。
剩下的一个长老，负责对接外部宗门及其他外部事务。包括驻守大清作为国师的两个长老，他们的资源分配和考核，也由这个长老牵头负责，由相关的府堂配合管理。不过现在还没有什么其他事务，可以看情况协助其他长老。
而剩下的原本是宫女的修士，在宗门中可以自由选择成为弟子，或者执事。执事就分布在各个府堂下，作为府堂的管理层，负责各府各堂的正常运行。而作为弟子的话，甄嬛也可以破例许她们作为内门弟子。
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